Andrew Kasarskis - Andrew Kasarskis - Wikipedia

Andrew Kasarskis
Andrew Kasarskis-1.jpg
narozený (1972-11-02) 2. listopadu 1972 (věk 48)
Madison, Wisconsin
Státní občanstvíamerický
Alma materUniversity of Kentucky
University of California, Berkeley
Vědecká kariéra
PoleBioinformatika, genomika
InstituceLékařská fakulta Icahn na hoře Sinaj
Icahn Institute for Genomics and Multiscale Biology

Andrew Kasarskis (narozený 2. listopadu 1972) je americký biolog. Je Chief Data Officer (CDO) a výkonný viceprezident (EVP) v Zdravotnický systém Mount Sinai v New Yorku. Předtím byl místopředsedou Ústavu genetiky a genomických věd a spoluředitelem Icahn Institute for Genomics and Multiscale Biology na Lékařská fakulta Icahn na hoře Sinaj.[1] Kasarskis je známý tím, že využívá síťový přístup k biologii a řídí první třídu lékařské školy, která studentům nabízí možnost plně sekvenovat a analyzovat své vlastní genomy.[2]

raný život a vzdělávání

Kasarskis dokončil bakalářské studium chemie a biologie na univerzitě University of Kentucky v roce 1992. V roce 1998 ukončil doktorát z molekulární a buněčné biologie na Univerzitě Palackého v Olomouci University of California, Berkeley pod dohledem Kathryn Andersonové.[1]

Kariéra a výzkum

Během své kariéry v průmyslu a na akademické půdě se Kasarskisův výzkum zaměřil na využití genetických a genomických dat společně s vysoce výkonnými výpočetními prostředky a pokročilými analytickými nástroji k řešení biomedicínských potřeb a zlepšení klinické léčby.

Po dokončení doktorátu v roce 1988 pracoval Kasarskis ve společnosti Stanfordská Univerzita po dobu dvou let, což přispívá k rozvoji různých databází genomu. V roce 2000 vstoupil do průmyslu a pracoval ve výpočetní biologii ve společnosti DoubleTwist a později Rosetta Inpharmatics (získaná společností Merck Research Laboratories). Jeho práce se soustředila na generování a těžbu komplexních biologických datových souborů a používání těchto informací k vytváření, předpovídání a modelování lidských nemocí. Kasarskis také pracoval pro Sage Bionetworks a Pacific Biosciences před návratem na akademickou půdu.[3]

V roce 2011 se Kasarskis stal místopředsedou Ústavu genetiky a genomických věd na Lékařské fakultě Icahn v Mount Sinai a spoluředitelem spolu s Eric Schadt, Icahn Institute for Genomics and Multiscale Biology, kde se Kasarskisův výzkum zaměřuje na zlepšování zdravotních výsledků pomocí lepší těžby dat a jeho výzkumný program zahrnuje sledování patogenů na základě sekvenování; farmakogenomika; elektronické zdravotní záznamy; a systémová biologie spánku, chování a stresu.[1] V roce 2019 byl Kasarskis jmenován datovým ředitelem a výkonným viceprezidentem zdravotního systému Mount Sinai,[4] kde vede úsilí o zlepšení infrastruktury klinických dat[5] a využívat údaje ke zlepšení výsledků pacientů při zrychlení výzkumu a inovací.[6][7]

Kasarskis je známý tím, že řídí první postgraduální kurz, který umožnil studentům medicíny a doktorandů plně sekvenovat a analyzovat jejich vlastní genomy, spolu s dalšími instruktory Michaelem Lindermanem, Georgem Diazem, Ali Bashirem a Randi Zinbergovou. Řekl, že takové kurzy budou rozhodující pro tréninkové týmy lidí schopných provádět tento typ analýzy v lékařském prostředí. Vybral si sekvenování celého genomu protože očekává omezenější sekvenování exome z dlouhodobého hlediska nebude relevantní technologický přístup.[2]

Společnost Kasarskis vyzvala k vylepšení protokolů informovaného souhlasu ve výzkumu pacientů na základě konceptu, že studie zahrnující DNA nelze plně anonymizovat. Byl citován v časopise Nature a řekl: „Musíme přejít od předpokladu, že vás nelze identifikovat z údajů, které o vás existují, a skutečně pracovat na tom, abychom zajistili ochranu práv lidí způsoby, které nám umožňují používat údaje, které jsou k dispozici pro prospěch jednotlivců a výzkumných pracovníků. “[8]

V roce 2019 se společnost Kasarskis připojila k pětileté společné studii se společnostmi Mount Sinai Health System, Sanofi a Sema4, jejímž cílem bylo poskytnout vhled do biologických mechanismů astmatu pomocí různých datových souborů, jako jsou klinická data, genomika, imunologické prostředí a data ze senzorů zařízení k provádění pokročilého síťového modelování nemoci. Kasarskis uvedl, že pochopení molekulárního základu klinických podtypů astmatu ve studii by umožnilo lepší léčbu astmatu a mohlo by poskytnout příležitosti k objevení nových způsobů léčby této nemoci. [9]

Vybrané publikace

Farmakogenomika

  • Smith, Catherine C .; Wang, Qi; Chin, Chen-Shan; Salerno, Sara; Damon, Lauren E .; Levis, Mark J .; Perl, Alexander E .; Travers, Kevin J .; Wang, Susana; Hunt, Jeremy P .; Zarrinkar, Patrick P .; Schadt, Eric E .; Kasarskis, Andrew; Kuriyan, John; Shah, Neil P. (2012). "Validace ITD mutací ve FLT3 jako terapeutický cíl u lidské akutní myeloidní leukémie". Příroda. 485 (7397): 260–263. Bibcode:2012Natur.485..260S. doi:10.1038 / příroda11016. PMC  3390926. PMID  22504184.
  • Kasarskis, Andrew; Yang, Xia; Schadt, Eric (2011). „Integrativní genomické strategie k objasnění složitosti reakce na léky“. Farmakogenomika. 12 (12): 1695–1715. doi:10,2217 / str. 11,115. PMID  22118053.
  • Gargis, Amy S .; Kalman, Lisa; Berry, Meredith W .; Bick, David P .; Dimmock, David P .; Hambuch, Tina; Lu, Fei; Lyon, Elaine; Voelkerding, Karl V .; Zehnbauer, Barbara A .; Agarwala, Richa; Bennett, Sarah F .; Chen, Bin; Chin, Ephrem L H .; Compton, John G .; Das, Soma; Farkas, Daniel H .; Ferber, Matthew J .; Funke, Birgit H .; Furtado, Manohar R .; Ganova-Raeva, Lilia M .; Geigenmüller, Ute; Gunselman, Sandra J .; Hegde, Madhuri R .; Johnson, Philip L F .; Kasarskis, Andrew; Kulkarni, Shashikant; Lenk, Thomas; Liu, CS Jonathan; et al. (2012). „Zajištění kvality sekvenování nové generace v klinické laboratorní praxi“. Přírodní biotechnologie. 30 (11): 1033–1036. doi:10,1038 / nbt.2403. PMC  3827024. PMID  23138292.

Patogeny

Složitá nemoc

Reference

  1. ^ A b C „Andrew Kasarskis - Icahn School of Medicine at Mount Sinai“. Icahn.mssm.edu. Citováno 10. června 2013.
  2. ^ A b Nicholas Tatonetti. "Otázky a odpovědi: Andrew Kasarskis z Mount Sinai o výuce studentů, jak analyzovat své vlastní genomy | Zprávy o klinickém sekvenování | Sekvenování". GenomeWeb. Citováno 10. června 2013.
  3. ^ „BIOMEDIN 206: Informatika v průmyslu - Stanford University“. Stanford.edu. Citováno 10. června 2013.
  4. ^ „Mount Sinai zrychluje zjišťování na základě dat a péči o pacienty s novou rolí datového ředitele | Mount Sinai - New York“. Zdravotnický systém Mount Sinai. Citováno 9. září 2019.
  5. ^ „Otázky a odpovědi: Datový ředitel Mount Sinai Andrew Kasarskis o nové roli“. GenomeWeb. Citováno 9. září 2019.
  6. ^ „Mount Sinai zrychluje zjišťování na základě dat a péči o pacienty s novou rolí datového ředitele | Mount Sinai - New York“. Zdravotnický systém Mount Sinai. Citováno 9. září 2019.
  7. ^ „Zdravotnický systém Mount Sinai vybírá prvního vedoucího datového úředníka: 6 věcí, které je třeba vědět“. www.beckershospitalreview.com. Citováno 9. září 2019.
  8. ^ Podívejte se na Hayden, Erika (25. dubna 2012). „Cílem projektu otevřených dat je usnadnit cestu genomickému výzkumu“. Zprávy o přírodě. Nature.com. doi:10.1038 / příroda.2012.10507. Citováno 10. června 2013.
  9. ^ "Sanofi, Sema4, Mount Sinai spolupracuje na největší studii svého druhu o astmatu | Mount Sinai - New York". Zdravotnický systém Mount Sinai. Citováno 9. září 2019.