ALYREF - ALYREF

ALYREF
Dostupné struktury
PDB	Lidské vyhledávání UniProt: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	3
Identifikátory
Aliasy	ALYREF, ALY, ALY / REF, BEF, REF, THOC4, exportní faktor Aly / REF
Externí ID	OMIM: 604171 HomoloGene: 134554 Genové karty: ALYREF
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 17 (lidský)
Konec	81,891,586 bp
Genová ontologie
Molekulární funkce	• GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba nukleové kyseliny; • Vazba RNA;
Buněčná složka	• cytoplazma; • cytosol; • jaderná skvrna; • katalytický krok 2 spliceosom; • membrána; • transkripční exportní komplex; • komplex spojení exon-exon; • spliceosomální komplex; • extracelulární exosom; • jaderný chromozom, telomerická oblast; • buněčné jádro; • nukleoplazma;
Biologický proces	• regulace rekombinace DNA; • Sestřih mRNA prostřednictvím spliceosomu; • ukončení transkripce RNA polymerázy II; • transport mRNA; • Zpracování mRNA; • export virové mRNA z jádra hostitelské buňky; • export mRNA z jádra; • pozitivní regulace transkripce s templátem DNA, prodloužení; • diferenciace osteoblastů; • zpracování replikační vidlice; • GO: virový proces 0022415; • Zpracování mRNA 3'-end; • Sestřih RNA; • Export RNA z jádra; • doprava;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	10189
	n / a
	ENSG00000183684
	n / a
	Q86V81
	n / a
	NM_005782
	n / a
	NP_005773
	n / a
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka

Faktor exportu Aly / REF, také známý jako THO komplexní podjednotka 4 je protein že u lidí je kódován ALYREF gen.^[3]^[4]

ALYREF gen kóduje exportní faktor Aly / REF (ALY; THO komplexní podjednotka 4, Tho4; RNA a protein vázající exportní faktor 1, Refbp1), všudypřítomně exprimovaný jaderný protein který funguje jako a molekulární chaperon a exportní adaptér zapojený do jaderného exportu sestřižených a neplácených mRNA. Komplex TRanscription-EXport (TREX), klíčový hráč při exportu mRNA, zahrnuje subkomplex THO, RNA helikázu UAP56 a protein vázající RNA ALY. V kvasinkách je TREX rekrutován transkripčně; v lidských buňkách se získává během pozdního kroku sestřihu. Lidský komplex TREX je rekrutován do oblasti poblíž 5 'konce mRNA interakcí ALY a THO s komplexem vázajícím jadernou čepičku. ALY jako chaperon podporuje dimerizaci transkripčních faktorů obsahujících základní leucinový zip (bZIP ) domény.^[5], čímž podporuje transkripční aktivaci. ALY má klíčové role při 3'-konci zpracování polyadenylovaných mRNA a při jaderném exportu jak polyadenylovaných, tak nepolyadenylovaných mRNA.^[6]^[7] Poté, co se mRNA váže na ALY, je zjevně přenesena do heterodimeru NXF1-NXT1 pro export (cesta TAP / NFX1). Kompletní ALY protein (Refbp1-I, 255 aminokyselin kódovaných šesti exony)^[8]) má konzervovaný motiv pro rozpoznávání RNA (RRM; aminokyseliny 105-182) ohraničený sekvencemi bohatými na alanin / arginin / glycin; N-koncová oblast (aminokyseliny 16-37) je dostatečná pro vazbu RNA a interakci s heterodimerem NXF1-NXT1.^[9]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000183684 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Muravenko OV, Gizatullin RZ, Al-Amin AN, Protopopov AI, Kashuba VI, Zelenin AV, Zabarovsky ER (leden 2001). "Lidský ALY / BEF gen Poloha mapy 17q25,3". Chromosome Res. 8 (6): 562. doi:10.1023 / A: 1009236126053. PMID 11032328. S2CID 6859937.
^ „Entrez Gene: ALYREF Aly / REF export factor“.
^ "Entrez Gene: THOC4 THO komplex 4".
^ Shi M, Zhang H, Wu X, He Z, Wang L, Yin S, Tian B, Li G, Cheng H (září 2017). „ALYREF se váže hlavně na 5 'a 3' oblasti mRNA in vivo“. Nucleic Acids Res. 45 (16): 9640–9653. doi:10.1093 / nar / gkx597. PMC 5766156. PMID 28934468.
^ Shi M, Zhang H, Wu X, He Z, Wang L, Yin S, Tian B, Li G, Cheng H (březen 2019). „ALYREF spojuje zpracování na 3'-konci s jaderným exportem nepolyadenylovaných mRNA“. EMBO J.. 38 (9): e99910. doi:10.15252 / embj.201899910. PMC 6484419. PMID 30858280.
^ "Soubor: Gene ALYREF ENSG00000183684 (člověk)".
^ „UniProtKB Q86V81 (THOC4_HUMAN)“.

Další čtení

Bruhn L, Munnerlyn A, Grosschedl R (1997). „ALY, kontextově závislý koaktivátor LEF-1 a AML-1, je vyžadován pro funkci zesilovače TCRalpha“. Genes Dev. 11 (5): 640–53. doi:10,1101 / gad.11.5.640. PMID 9119228.
Neubauer G, král A, Rappsilber J a kol. (1998). „Hmotnostní spektrometrie a vyhledávání v databázi EST umožňuje charakterizaci komplexu víceproteinových spliceosomů“. Nat. Genet. 20 (1): 46–50. doi:10.1038/1700. PMID 9731529. S2CID 585778.
Wichmann I, Garcia-Lozano JR, Respaldiza N, et al. (1999). „Autoprotilátky proti transkripčním regulačním proteinům DEK a ALY u pacienta se systémovým lupus erythematodes“. Hučení. Immunol. 60 (1): 57–62. doi:10.1016 / S0198-8859 (98) 00085-8. PMID 9952027.
Virbasius CM, Wagner S, Green MR (1999). "Lidský nukleárně lokalizovaný chaperon, který reguluje dimerizaci, vazbu DNA a transkripční aktivitu proteinů bZIP". Mol. Buňka. 4 (2): 219–28. doi:10.1016 / S1097-2765 (00) 80369-X. PMID 10488337.
Le Hir H, Izaurralde E, Maquat LE, Moore MJ (2001). „Spliceosom ukládá více proteinů 20–24 nukleotidů před mRNA exon-exonové spoje“. EMBO J.. 19 (24): 6860–9. doi:10.1093 / emboj / 19.24.6860. PMC 305905. PMID 11118221.
Kim VN, Kataoka N, Dreyfuss G (2001). "Role nesmyslem zprostředkovaného faktoru rozpadu hUpf3 v sestupně závislém komplexu spojení exon-exon". Věda. 293 (5536): 1832–6. doi:10.1126 / science.1062829. PMID 11546873. S2CID 12018200.
Luo ML, Zhou Z, Magni K a kol. (2001). "Sestřih pre-mRNA a export mRNA propojeny přímými interakcemi mezi UAP56 a Aly". Příroda. 413 (6856): 644–7. doi:10.1038/35098106. PMID 11675789. S2CID 4395388.
Kataoka N, Diem MD, Kim VN a kol. (2002). „Magoh, lidský homolog proteinu Drosophila mago nashi, je součástí spojovacího komplexu exon-exon závislého na sestřihu“. EMBO J.. 20 (22): 6424–33. doi:10.1093 / emboj / 20.22.6424. PMC 125744. PMID 11707413.
Strässer K, Masuda S, Mason P a kol. (2002). „TREX je konzervovaná složitá vazebná transkripce s exportem messengerové RNA“. Příroda. 417 (6886): 304–8. doi:10.1038 / příroda746. PMID 11979277. S2CID 1112194.
Jurica MS, Licklider LJ, Gygi SR a kol. (2002). „Čištění a charakterizace nativních spliceosomů vhodných pro trojrozměrnou strukturní analýzu“. RNA. 8 (4): 426–39. doi:10.1017 / S1355838202021088. PMC 1370266. PMID 11991638.
Rappsilber J, Ryder U, Lamond AI, Mann M (2002). „Proteomická analýza lidského spliceosomu ve velkém měřítku“. Genome Res. 12 (8): 1231–45. doi:10,1101 / gr. 473902. PMC 186633. PMID 12176931.
Chen IH, Sciabica KS, Sandri-Goldin RM (2002). „ICP27 interaguje s exportním faktorem RNA Aly / REF, aby nasměroval intronless mRNA viru herpes simplex typu 1 na exportní cestu TAP“. J. Virol. 76 (24): 12877–89. doi:10.1128 / JVI.76.24.12877-12889.2002. PMC 136725. PMID 12438613.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
McCracken S, Longman D, Johnstone IL a kol. (2004). „Evolučně konzervovaná role SRm160 při zpracování na 3'-konci, která funguje nezávisle na tvorbě komplexu exonového spojení“. J. Biol. Chem. 278 (45): 44153–60. doi:10,1074 / jbc.M306856200. PMID 12944400.
Pryor A, Tung L, Yang Z a kol. (2004). „Růstově regulovaná exprese a G0-specifický obrat mRNA, která kóduje URH49, savčí DExH / D box protein, který je vysoce příbuzný mRNA exportnímu proteinu UAP56“. Nucleic Acids Res. 32 (6): 1857–65. doi:10.1093 / nar / gkh347. PMC 390356. PMID 15047853.
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA a kol. (2004). „Stav, kvalita a rozšíření projektu cDNA NIH v plné délce: Mammalian Gene Collection (MGC)“. Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10,1101 / gr. 2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
Ong SE, Mittler G, Mann M (2005). "Identifikace a kvantifikace methylačních míst in vivo těžkým methyl SILAC". Nat. Metody. 1 (2): 119–26. doi:10.1038 / nmeth715. PMID 15782174. S2CID 6654604.
Masuda S, Das R, Cheng H a kol. (2005). „Nábor lidského komplexu TREX do mRNA během sestřihu“. Genes Dev. 19 (13): 1512–7. doi:10.1101 / gad.1302205. PMC 1172058. PMID 15998806.
Mertz JA, Kobayashi R, Dudley JP (2007). „ALY je běžný koaktivátor RUNX1 a c-Myb na zesilovači leukemogenních virů typu B“. J. Virol. 81 (7): 3503–13. doi:10.1128 / JVI.02253-06. PMC 1866045. PMID 17229714.
Quaresma AJ, Sievert R, Nickerson JA (2013). "Regulace exportu mRNA cestou PI3 kinázy / AKT signální transdukční dráhy". Mol. Biol. Buňka. 24 (8): 1208–21. doi:10,1091 / mbc.E12-06-0450. PMC 3623641. PMID 23427269.

externí odkazy

ALYREF umístění lidského genu v UCSC Genome Browser.
ALYREF podrobnosti o lidském genu v UCSC Genome Browser.
Přehled všech strukturálních informací dostupných v PDB pro UniProt: Q86V81 (THO komplexní podjednotka 4) na PDBe-KB.

Tento článek o gen na lidský chromozom 17 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000183684 - Ensembl, Květen 2017

[2] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid11032328-3] Muravenko OV, Gizatullin RZ, Al-Amin AN, Protopopov AI, Kashuba VI, Zelenin AV, Zabarovsky ER (leden 2001). "Lidský ALY / BEF gen Poloha mapy 17q25,3". Chromosome Res. 8 (6): 562. doi:10.1023 / A: 1009236126053. PMID 11032328. S2CID 6859937.

[entrez-4] „Entrez Gene: ALYREF Aly / REF export factor“.

[entrez2-5] "Entrez Gene: THOC4 THO komplex 4".

[pmid28934468-6] Shi M, Zhang H, Wu X, He Z, Wang L, Yin S, Tian B, Li G, Cheng H (září 2017). „ALYREF se váže hlavně na 5 'a 3' oblasti mRNA in vivo“. Nucleic Acids Res. 45 (16): 9640–9653. doi:10.1093 / nar / gkx597. PMC 5766156. PMID 28934468.

[pmid30858280-7] Shi M, Zhang H, Wu X, He Z, Wang L, Yin S, Tian B, Li G, Cheng H (březen 2019). „ALYREF spojuje zpracování na 3'-konci s jaderným exportem nepolyadenylovaných mRNA“. EMBO J.. 38 (9): e99910. doi:10.15252 / embj.201899910. PMC 6484419. PMID 30858280.

[ensembl-8] "Soubor: Gene ALYREF ENSG00000183684 (člověk)".

[uniprot-9] „UniProtKB Q86V81 (THOC4_HUMAN)“.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]