ALIL pseudoknot - ALIL pseudoknot
| ALIL pseudoknot | |
|---|---|
 Sekundární struktura ALIL bez pseudoknotu | |
| Identifikátory | |
| Symbol | TROŠKU |
| Rfam | RF01497 |
| Další údaje | |
| RNA typ | Cis-reg |
| Domény | Bakterie |
| PDB struktur | PDBe |
ALIL pseudoknot je RNA prvek, který indukuje řazení rámů v bakteriích. Vyjádření menšiny geny vyžaduje, aby došlo k posunu rámců tam, kde je frekvence posunu rámců zvýšena RNA sekundární struktura umístěný na 3 'straně směny. Tato struktura může být buď a pseudoknot nebo a kmenová smyčka a působí jako fyzická bariéra mRNA přemístění proto způsobí pozastavení ribozomu.[1]
ALIL pseudoknot byl identifikován srovnávací analýzou třídy transponovatelné prvky patřící k sekvence vložení 3 (IS3) a je prokázáno, že je konzervovaný napříč řadou bakterie druh.[2] Tento pseudoknot stimuluje naprogramovaný -1 posun ribosomálních rámců (PRF-1), který zase stimuluje expresi transposáza, an enzym pro provedení. Mutageneze a chemické sondování byly použity k určení sekundární struktury tohoto pseudoknotu a bylo navrženo, že tento pseudoknot je tvořen interakcemi mezi apikální smyčkou a vnitřní smyčkou.[3]
Reference
- ^ Brierley I, Pennell S (2001). "Struktura a funkce stimulačních RNA zapojených do programovaného posunu eukaryotických-1 ribozomálních rámců". Cold Spring Harbor Symposia o kvantitativní biologii. 66: 233–48. doi:10,1101 / sqb.2001.66.233. PMID 12762025.
- ^ Kropinski AM, Farinha MA, Jansons I (březen 1994). "Nukleotidová sekvence inzertní sekvence Pseudomonas aeruginosa IS222: další člen rodiny IS3". Plasmid. 31 (2): 222–8. doi:10.1006 / plas.1994.1024. PMID 8029330.
- ^ Mazauric MH, Licznar P, Prère MF, Canal I, Fayet O (červenec 2008). „Apikální smyčka-vnitřní smyčka RNA pseudoknoty: nový typ stimulátoru -1 posunu translačních rámců v bakteriích“. The Journal of Biological Chemistry. 283 (29): 20421–32. doi:10,1074 / jbc.M802829200. PMID 18474594.