Vůdce YybP-ykoY - YybP-ykoY leader

vůdce yybP-ykoY
RF00080.jpg
Předpovězeno sekundární struktura a zachování sekvence yybP-ykoY
Identifikátory
SymbolyybP-ykoY
Alt. SymbolySraF
RfamRF00080
Další údaje
RNA typCis-reg; riboswitch
DoményBakterie
TAKSO: 0000233
PDB strukturPDBe

The vůdce yybP-ykoY RNA element byl původně objeven v E-coli během velkoplošné obrazovky a byl pojmenován SraF.[1] Později bylo zjištěno, že tato rodina existuje proti proudu příbuzných rodin proteinových genů v mnoha bakteriích, včetně genů yybP a ykoY v B. subtilis. Specifické funkce těchto proteinů nejsou známy, ale tento strukturovaný prvek RNA může být zapojen do jejich genetické regulace jako a riboswitch.[2]The yybP-ykoY element byl později navržen tak, aby reagoval na mangan po další přidružené rodině genů, YebN / MntP, bylo prokázáno, že kóduje Mn2+ efluxní pumpy v několika bakteriích.[3][4][5] Genetická data a krystalová struktura to potvrdily yybp-ykoY je manganový riboswitch, který přímo váže Mn2+[6][7]

Reference

  1. ^ Argaman L, Hershberg R, Vogel J, Bejerano G, Wagner EG, Margalit H, Altuvia S (červen 2001). „Nové malé geny kódující RNA v intergenních oblastech Escherichia coli“. Aktuální biologie. 11 (12): 941–950. doi:10.1016 / S0960-9822 (01) 00270-6. PMID  11448770.
  2. ^ Barrick JE, Corbino KA, Winkler WC, Nahvi A, Mandal M, Collins J, Lee M, Roth A, Sudarsan N, Jona I, Wickiser JK, Breaker RR (duben 2004). „Nové motivy RNA naznačují rozšířený prostor pro riboswitche v bakteriální genetické kontrole“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 101 (17): 6421–6426. doi:10.1073 / pnas.0308014101. PMC  404060. PMID  15096624.
  3. ^ Waters LS, Sandoval M, Storz G (listopad 2011). „Miniregulon Escherichia coli MntR zahrnuje geny kódující malý protein a efluxní pumpu potřebnou pro homeostázu manganu“. Journal of Bacteriology. 193 (21): 5887–5897. doi:10.1128 / jb.05872-11. PMC  3194919. PMID  21908668.
  4. ^ Li C, Tao J, Mao D, He C (2011). „Pro virulenci u Xanthomonas oryzae pv. Oryzae je vyžadován nový systém odtoku manganu, YebN“. PLOS ONE. 6 (7): e21983. doi:10.1371 / journal.pone.0021983. PMC  3136493. PMID  21789199.
  5. ^ Veyrier FJ, Boneca IG, Cellier MF, Taha MK (září 2011). „Nový transportér kovů zprostředkující export manganu (MntX) reguluje intracelulární poměr Mn k Fe a virulenci Neisseria meningitidis.“. PLoS patogeny. 7 (9): e1002261. doi:10.1371 / journal.ppat.1002261. PMC  3182930. PMID  21980287.
  6. ^ Price IR, Gaballa A, Ding F, Helmann JD, Ke A (březen 2015). „Mn (2 +) - snímací mechanismy yybP-ykoY osiřelých riboswitchů“. Molekulární buňka. 57 (6): 1110–1123. doi:10.1016 / j.molcel.2015.02.016. PMC  4703321. PMID  25794619.
  7. ^ Dambach M, Sandoval M, Updegrove TB, Anantharaman V, Aravind L, Waters LS, Storz G (březen 2015). „Všudypřítomný riboswitch yybP-ykoY je regulačním prvkem reagujícím na mangan“. Molekulární buňka. 57 (6): 1099–1109. doi:10.1016 / j.molcel.2015.01.035. PMC  4376352. PMID  25794618.

externí odkazy