Formát souboru XYZ - XYZ file format

The Formát souboru XYZ je formát chemického souboru. Neexistuje žádný formální standard a existuje několik variant, ale typický formát XYZ specifikuje geometrie molekuly uvedením počtu atomy s Kartézské souřadnice které se budou číst na prvním řádku, komentář na druhém a řádky atomových souřadnic v následujících řádcích.^[1] Formát souboru se používá v výpočetní chemie programy pro import a export geometrií. Jednotky jsou obecně v ångströms. Některé varianty zahrnují použití atomových čísel místo atomových symbolů nebo přeskočení řádku komentáře. Soubory používající formát XYZ mají obvykle .xyz rozšíření.

Formát

Formátování souboru .xyz je následující:

 řádek komentáře     ...

Informace o připojení ve formátu souboru XYZ je spíše implicitní než explicitní. Podle hlavní stránky pro XYZ (součást XMol),

Všimněte si, že formát XYZ neobsahuje informace o připojení. Toto úmyslné vynechání umožňuje větší flexibilitu: k vytvoření souboru XYZ nepotřebujete vědět, kde jsou vazby molekuly; jen potřebujete vědět, kde jsou jeho atomy. Informace o připojení se pro soubory XYZ generují automaticky při jejich načítání do aplikací souvisejících s XMol. Stručně řečeno, pokud je vzdálenost mezi dvěma atomy menší než součet jejich kovalentních poloměrů, jsou považovány za vázané.^[2]

Příklad

The pyridin molekulu lze popsat ve formátu XYZ následujícím způsobem:

11C -0,180226841 ,360945118 -1.120304970C -0,180226841 1,559292118 -0.407860970C -0,180226841 1,503191118 0.986935030N -0,180226841 ,360945118 1.29018350C -0,180226841 -0,781300882 0.986935030C -0,180226841 -0,837401882 -0.407860970H -0,180226841 ,360945118 -2.206546970H -0,180226841 2,517950118 -0.917077970H -0,180226841 2,421289118 1,572099030H -0,180226841 -1,699398882 1,572099030H -0,180226841 -1,796059882 -0,917077970

Animace

Většina molekulárních diváků, jako je Jmol a VMD může zobrazovat animace pomocí souborů .xyz. Následuje příklad xyz formátu pro m po sobě jdoucí snímek, který lze vykreslit jako animaci:

 komentář lineatom_symbol11 x-coord11 y-coord11 z-coord11atom_symbol12 x-coord12 y-coord12 z-coord12... atom_symbol1n x-coord1n y-coord1n z-coord1n komentář lineatom_symbol21 x-coord21 y-coord21 z-coord21atom_symbol22 x-coord22 y-coord22 z-coord22... atom_symbol2n x-coord2n y-coord2n z-coord2n...  komentář lineatom_symbolm1 x-coordm1 y-coordm1 z-coordm1atom_symbolm2 x-coordm2 y-coordm2 z-coordm2...
atom_symbolmn x-coordmn y-coordmn z-coordmn

Všimněte si, že standard xyz nevyžaduje, aby počet nebo chemická povaha atomů byla na následujících snímcích stejná, což umožňuje, aby atomy mizely nebo přicházely do zorného pole během animace.

Viz také

• Rozšířený formát XYZ

Reference