VISTA (srovnávací genomika) - VISTA (comparative genomics)

Prohlížeč VISTA Enhancer
Obsah
Popis	databáze tkáňově specifických lidských zesilovačů.
Kontakt
Primární citace	Visel a spol. (2007)
Datum vydání	2006
Přístup
webová stránka	http://enhancer.lbl.gov

PRŮHLED je sbírka databází, nástrojů a serverů, které umožňují rozsáhlé komparativní genomické analýzy.

Pozadí

Rodina nástrojů VISTA je vyvíjena a hostována v Genomics Division of Lawrence Berkeley National Laboratory. Toto společné úsilí je podporováno grantem Programy pro genomické aplikace od NHLBI /NIH a Úřad pro biologický a environmentální výzkum, Úřad pro vědu, Americké ministerstvo energetiky.

Byl vyvinut z modulů dodávaných vývojáři z UC Berkeley, Stanford a UC Davis a částečně vychází z ZANÍCENÝ Globální program zarovnání.

Používání

Existuje několik serverů VISTA, z nichž každý umožňuje různé typy vyhledávání.

mVISTA může být použita k zarovnání a porovnání vašich sekvencí se sekvencemi mnoha jiných druhů
rVISTA (regulační VISTA) kombinuje vyhledávání databází vazebných míst transkripčních faktorů s komparativní sekvenční analýzou a objevem možných vazebných míst regulačních transkripčních faktorů v oblastech jejich zájmových genů. Lze jej použít přímo nebo prostřednictvím mVISTA, Genome VISTA nebo VISTA Browser. Databáze tkáňově specifických lidských enhancerů je k dispozici prostřednictvím prohlížeče VISTA Enhancer Browser.^[1]
GenomeVISTA umožňuje srovnání sekvencí s celými genomovými sestavami. Automaticky najde ortolog, získá zarovnání a graf VISTA. Umožňuje prohlížení vyrovnání společně s předpočítanými vyrovnáními jiných druhů ve stejném intervalu.
Phylo-VISTA umožňuje analýzu vícenásobného seřazení sekvencí DNA sekvencí z různých druhů při zohlednění jejich fylogenních vztahů.
wgVISTA umožňuje zarovnání sekvencí dlouhých až 10 Mb (hotových nebo konceptů) včetně sestav mikrobiálního celého genomu.

Vědci mohou použít prohlížeč VISTA:

zkoumat předem vypočítané vyrovnání mezi různými druhy
předkládat vlastní sekvence (není omezeno kolekcí druhů, která je již v databázi)

Genomy

Existuje více než 28 prohledávatelných genomů, včetně obratlovců, bezobratlých, rostlin, hub, řas, bakterií a dalších. Další jsou neustále přidávány. Tyto zahrnují:

Člověk - Orangutan - Rhesus - Kosman - Kůň - Pes - Myš - Krysa - Kuře
Drosophila spp.
Arabidopsis - rýže - čirok
E. coli - mykoplazma - nitrosomonas

Spolupráce s dalšími projekty

Předem vypočítané zarovnání celého lešení pro mikrobiální genomy jsou k dispozici jako součást VISTA IMG (Integrovaný systém mikrobiálních genomů ) vyvinutý v DOE (Department of Energy's) Společný genomový institut.

externí odkazy

PRŮHLED — Oficiální místo VISTA v Národní laboratoři Lawrencea Berkeleye
Výukové a školicí materiály pro VISTA —Hosting OpenHelix, sponzorovaný Lawrence Berkeley National Laboratory

Reference

^ ^A ^b Visel, Axel; Minovitsky Simon; Dubchak Inna; Pennacchio Len A (Leden 2007). „Prohlížeč VISTA Enhancer - databáze tkáňově specifických lidských enhancerů“. Nucleic Acids Res. Anglie. 35 (Problém s databází): D88-92. doi:10.1093 / nar / gkl822. PMC 1716724. PMID 17130149.

[pmid17130149-1] A ^b Visel, Axel; Minovitsky Simon; Dubchak Inna; Pennacchio Len A (Leden 2007). „Prohlížeč VISTA Enhancer - databáze tkáňově specifických lidských enhancerů“. Nucleic Acids Res. Anglie. 35 (Problém s databází): D88-92. doi:10.1093 / nar / gkl822. PMC 1716724. PMID 17130149.

[1]