Databáze vakcín proti VIOLINU - VIOLIN vaccine database

The Vyšetřování vakcín a on-line informační síť (HOUSLE) je největší webový vakcína databázový a analytický systém.[1][2] VIOLIN v současné době obsahuje více než 3 000 vakcín nebo kandidátů na vakcíny pro více než 190 patogeny. Informace o vakcíně v databázi jsou shromažďovány manuální kurací z více než 1 600 recenzovaných článků. Na rozdíl od většiny stávajících databází vakcín se VIOLIN zaměřuje na data výzkumu vakcín. Jsou upraveny různé typy informací, včetně názvu vakcíny, stavu licence, použitých antigenů, adjuvans vakcín, vektorů vakcín, vakcinačního postupu, imunitní odpovědi hostitele, provokačního postupu, účinnosti vakcíny, nežádoucích účinků atd. podporováno citovanými odkazy. Data generovaná kurátorem jsou publikována až po pečlivém přezkoumání a schválení odborníkem na vakcínovou doménu.

Kromě toho obsahuje VIOLIN mnoho programů pro analýzu vakcín. Například VIOLIN zahrnuje Vaxign (http://www.violinet.org/vaxign ), první webový návrhový program vakcín založený na strategii reverzní vakcinologie.[3] Vaxign byl testován na různých patogenních modelech, včetně uropatogenních E. coli a Brucella spp.

Společnost VIOLIN také udržuje oficiální webovou stránku pro vývoj komunitní vakcínové ontologie (VO) (http://www.violinet.org/vaccineontology ). VO je formální biomedicínská ontologie v oblasti vakcín a očkování. VO je zaměřen na standardizaci a integraci údajů o vakcínách a jejich podporu automatické uvažování. Ukázalo se, že VO zvyšuje těžbu literatury o vakcínách.[4]

Reference

  1. ^ Xiang Z, Todd T, Ku KP, Kovacic BL, Larson CB, Chen F, Hodges AP, Tian Y, Olenzek EA, Zhao B, Colby LA, Rush HG, Gilsdorf JR, Jourdian GW, He Y (leden 2008). „HUSLE: vyšetřování vakcín a online informační síť“. Nucleic Acids Res. 36 (Problém s databází): D923 – D928. doi:10.1093 / nar / gkm 1039. PMC  2238972. PMID  18025042.
  2. ^ He Y, Racz R, Sayers S, Lin Y, Todd T, Hur J, Li X, Patel M, Zhao B, Chung M, Ostrow J, Sylora A, Dungarani P, Ulysse G, Kochhar K, Vidri B, Strait K , Jourdian GW, Xiang Z (leden 2014). „Aktualizace webové databáze a analytického systému vakcín VIOLIN“. Nucleic Acids Res. 42 (D1): D1124 – D1132. doi:10.1093 / nar / gkt1133. PMC  3964998. PMID  24259431.
  3. ^ He Y, Xiang Z, Mobley HL (červenec 2010). „Vaxign: první webový návrhový program vakcín pro reverzní vakcinologii a aplikace pro vývoj vakcín“. J Biomed Biotechnol. 2010 (2010): 297505. doi:10.1155/2010/297505. PMC  2910479. PMID  20671958.
  4. ^ Ozgür A, Xiang Z, Radev DR, He Y (květen 2011). „Těžba sítí interakcí genů IFN-γ souvisejících s vakcínami pomocí vakcinační ontologie“. J. Sémantika Biomed. 2: Suppl 2: S8. doi:10.1186 / 2041-1480-2-S2-S8. PMC  3102897. PMID  21624163.

externí odkazy