UniCarb-DB - UniCarb-DB

UniCarb-DB^[1] je strukturální a hmotnostní spektrometrická databáze používaná v glykomika. UniCarb-DB poskytuje přes 1 000 LC-MS / MS spekter pro N- a Ó- propojené glykany uvolňovány z glykoproteinů, které byly ručně anotovány. Každá položka obsahuje odkaz na publikovanou práci, informace o struktuře, GlyToucan přístupové číslo Fragmentace MS / MS s úplnými seznamy vrcholů, biologickými kontexty a experimentálními metadaty.^[2] Databáze byla vytvořena na základě spolupráce mezi University of Gothenburg a Macquarie University^[3]^[4] a od listopadu 2016 je hostitelem Švýcarský institut pro bioinformatiku. Databáze je první, kdo implementuje Minimální informační standard MIRAGE (Minimální požadované informace o experimentu s glykomiky ) pro odesílání glykomických MS / MS dat do databáze^[5].

Reference

^ „UniCarb-DB“. unicarb-db.expasy.org. Citováno 2016-11-14.
^ Lisacek, Frederique; Mariethoz, Julien; Alocci, Davide; Rudd, Pauline M.; Abrahams, JodieL .; Campbell, MatthewP .; Packer, NicolleH .; Ståhle, Jonas; Widmalm, Göran (01.01.2017). Lauc, Gordan; Wuhrer, Manfred (eds.). Vysoce výkonná glykomika a glykoproteomika. Metody v molekulární biologii. 1503. Springer New York. 235–264. doi:10.1007/978-1-4939-6493-2_18. ISBN 9781493964918. PMID 27743371.
^ Campbell, Matthew P .; Nguyen-Khuong, Terry; Hayes, Catherine A .; Flowers, Sarah A .; Alagesan, Kathirvel; Kolarich, Daniel; Packer, Nicolle H .; Karlsson, Niclas G. (01.01.2014). "Validace kurátorského kanálu UniCarb-DB: vytvoření globálního referenčního glykánového úložiště MS / MS". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - bílkoviny a proteomika. 1844 (1 Pt A): 108–116. doi:10.1016 / j.bbapap.2013.04.018. ISSN 0006-3002. PMID 23624262.
^ Hayes, Catherine A .; Karlsson, Niclas G .; Struwe, Weston B .; Lisacek, Frederique; Rudd, Pauline M .; Packer, Nicolle H .; Campbell, Matthew P. (01.05.2011). „UniCarb-DB: databázový zdroj pro glykomický objev“. Bioinformatika. 27 (9): 1343–1344. doi:10.1093 / bioinformatika / btr137. ISSN 1367-4811. PMID 21398669.
^ Rojas-Macias, Miguel A .; Mariethoz, Julien; Andersson, Peter; Jin, Chunsheng; Venkatakrishnan, Vignesh; Aoki, Nobuyuki P .; Shinmachi, Daisuke; Ashwood, Christopher; Madunic, Katarina (2018-08-27). „e-workflow pro záznam glykomických hmotnostních spektrometrických dat v souladu s pokyny pro hlášení“. bioRxiv. doi:10.1101/401141.

[1] „UniCarb-DB“. unicarb-db.expasy.org. Citováno 2016-11-14.

[2] Lisacek, Frederique; Mariethoz, Julien; Alocci, Davide; Rudd, Pauline M.; Abrahams, JodieL .; Campbell, MatthewP .; Packer, NicolleH .; Ståhle, Jonas; Widmalm, Göran (01.01.2017). Lauc, Gordan; Wuhrer, Manfred (eds.). Vysoce výkonná glykomika a glykoproteomika. Metody v molekulární biologii. 1503. Springer New York. 235–264. doi:10.1007/978-1-4939-6493-2_18. ISBN 9781493964918. PMID 27743371.

[3] Campbell, Matthew P .; Nguyen-Khuong, Terry; Hayes, Catherine A .; Flowers, Sarah A .; Alagesan, Kathirvel; Kolarich, Daniel; Packer, Nicolle H .; Karlsson, Niclas G. (01.01.2014). "Validace kurátorského kanálu UniCarb-DB: vytvoření globálního referenčního glykánového úložiště MS / MS". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - bílkoviny a proteomika. 1844 (1 Pt A): 108–116. doi:10.1016 / j.bbapap.2013.04.018. ISSN 0006-3002. PMID 23624262.

[4] Hayes, Catherine A .; Karlsson, Niclas G .; Struwe, Weston B .; Lisacek, Frederique; Rudd, Pauline M .; Packer, Nicolle H .; Campbell, Matthew P. (01.05.2011). „UniCarb-DB: databázový zdroj pro glykomický objev“. Bioinformatika. 27 (9): 1343–1344. doi:10.1093 / bioinformatika / btr137. ISSN 1367-4811. PMID 21398669.

[5] Rojas-Macias, Miguel A .; Mariethoz, Julien; Andersson, Peter; Jin, Chunsheng; Venkatakrishnan, Vignesh; Aoki, Nobuyuki P .; Shinmachi, Daisuke; Ashwood, Christopher; Madunic, Katarina (2018-08-27). „e-workflow pro záznam glykomických hmotnostních spektrometrických dat v souladu s pokyny pro hlášení“. bioRxiv. doi:10.1101/401141.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]