UPSK RNA - UPSK RNA

UPSK RNA
RF00390.jpg
Identifikátory
SymbolUPSK
RfamRF00390
Další údaje
RNA typCis-reg
DoményViry
TAKSO: 0000233
PDB strukturPDBe

The Upstream doména pseudoknotu (UPSK) je RNA element nalezen v virus žluté mozaiky tuřínu, virus řepy Q,[1] virus mozaiky proužku ječmene[2] a virus tabákové mozaiky,[3] což je považováno za nutné pro efektivní transkripce. Narušení pseudoknot struktura vede k 50% poklesu účinnosti transkripce.[4] Tento prvek působí ve spojení s Tymovirus / Pomovirus tRNA podobný 3 'UTR prvek zlepšit překlad.[5]

Reference

  1. ^ Koenig R, Pleij CW, Beier C, Commandeur U (srpen 1998). "Vlastnosti genomu viru řepy Q, nového viru podobného furo z cukrové řepy, určeného z nepurifikovaného viru". J. Gen. Virol. 79 (8): 2027–2036. doi:10.1099/0022-1317-79-8-2027. PMID  9714254.
  2. ^ Solovyev AG, Savenkov EI, Agranovsky AA, Morozov SY (květen 1996). „Srovnání genomových cis-elementů a kódujících oblastí v RNA beta složkách viru mozaiky pruhů ječmene hordeiviruses, viru lychnis ringspot a poa semilatent virus“. Virologie. 219 (1): 9–18. doi:10.1006 / viro.1996.0217. PMID  8623558.
  3. ^ Felden B, Florentz C, Giegé R, Westhof E (březen 1996). „Centrální pseudoknotované třícestné spojení ukládá mimiku podobnou tRNA a orientaci tří 5 'proti směru pseudoknotu na 3' konci RNA viru tabákové mozaiky“. RNA. 2 (3): 201–212. PMC  1369363. PMID  8608444.
  4. ^ Deiman, BA; Kortlever RM; Pleij CW (1997). „Role pseudoknotu na 3 'konci RNA viru žluté mozaiky z tuřínu při syntéze minusřetězců pomocí polymerázy virové RNA závislé RNA. J Virol. 71 (8): 5990–5996. PMC  191855. PMID  9223489.
  5. ^ Matsuda, D; Dreher TW (2004). „Struktura RNA viru žluté mozaiky tuřínu podobná tRNA je 3'-translační enhancer“. Virologie. 321 (1): 36–46. doi:10.1016 / j.virol.2003.10.023. PMID  15033563.

externí odkazy