UCSC Malaria Genome Browser - UCSC Malaria Genome Browser

UCSC Malaria Genome Browser je bioinformatický výzkumný nástroj ke studiu malárie genom, vyvinutý Hughesovou vysokoškolskou výzkumnou laboratoří spolu s laboratoří prof. Manuela Arese mladšího na Kalifornská univerzita, Santa Cruz.[1]

Webové rozhraní a struktura databáze je založena na UCSC Prohlížeč genomu.[2][3] UCSC Malaria Genome Browser spojuje na jedné obrazovce celou obrazovku DNA sekvence několika druhů parazit malárie (Plasmodium sp.), spolu s experimentálními výsledky a dříve objevenými geny shromážděnými z literatury. Program umožňuje uživatelům prohledávat 14 chromozomů genomu parazita malárie, zadávat jejich vlastní sekvenční data a poznámky a porovnávat nálezy mezi druhy. Prohlížeč genomu malárie také podporuje textová a sekvenční vyhledávání, která poskytují rychlý a přesný přístup do jakékoli oblasti specifického zájmu v genomu malárie. Tato stránka obsahuje referenční genom sekvence a pracovní návrh sestavy pro Plasmodium falciparum z PlasmoDb,[4] the Plasmodium genomová databáze build 5.0.

Reference

  1. ^ Chakrabarti K .; Pearson, M; Rošt, L; Sterne-Weiler, T; Deans, J; Donohue, JP; Ares Jr, M (2007). „Strukturní RNA známé a neznámé funkce identifikované u parazitů malárie srovnávací genomikou a analýzou RNA“. RNA. 13 (11): 923–39. doi:10,1261 / rna.751807. PMC  2040097. PMID  17901154.
  2. ^ Mangan, M .; Williams J .; Lathe, S .; Karolchik, D .; Lathe, W. (2008). "Prohlížeč genomu UCSC: hluboká podpora molekulárního biomedicínského výzkumu". Výroční zpráva o biotechnologii. 14: 63–108. doi:10.1016 / S1387-2656 (08) 00003-3. ISBN  9780444532268. PMID  18606360.
  3. ^ Kuhn, R .; et al. (2009). „Databáze prohlížeče UCSC genomu: aktualizace 2009“. Výzkum nukleových kyselin. 37 (Problém s databází): D755 – D761. doi:10.1093 / nar / gkn875. PMC  2686463. PMID  18996895.
  4. ^ „Zdroj genomu Plasmodium“. PlasmoDB.org. Citováno 2015-05-07.

externí odkazy