Vůdce tryptofanového operonu - Tryptophan operon leader

Vůdce tryptofanového operonu
RF00513.jpg
Předpovězeno sekundární struktura a zachování sekvence Trp_leader
Identifikátory
SymbolTrp_leader
RfamRF00513
Další údaje
RNA typCis-reg; vůdce
DoményBakterie
TAKSO: 0000233
PDB strukturPDBe

The Vůdce tryptofanového operonu je RNA element nalezeno na 5 'nějaké bakterie tryptofanové operony. Vedoucí sekvence může převzít dvě různé sekundární struktury známé jako terminátorová a anti-terminátorová struktura. Vedoucí také kóduje velmi krátkou peptidovou sekvenci, která je bohatá na tryptofan. Struktura terminátoru je rozpoznána jako signál ukončení pro RNA polymeráza a operon není přepsán. Tato struktura se tvoří, když má buňka přebytek tryptofanu a ribozom pohyb nad vedoucím přepisem není omezen.[1] Při nedostatku nabitého tryptofanylu tRNA může se vytvořit ribozom překládající stánky vedoucího peptidu a antiterminátorová struktura. To dovoluje RNA polymeráza přepsat operon.

Je známo, že tímto útlumem je regulováno alespoň 6 různých operonů aminokyselin.

Útlumový protein vázající Trp RNA

TRAP 3 dodekamer, Geobacillus stearothermophilus.

Tvorba terminátoru vyžaduje útlum vazby trp RNA protein (Protein TRAP) u druhů Bacil a související bakterie. Tento protein je kódován genem MtrB.[2] TRAP protein tvoří oligomer 11 podjednotek, v přítomnosti tryptofanu se váže na část RNA obsahující 11 (G / U) AG opakování. Tato sekvence překrývá anti-terminátorovou smyčku, čímž se vazba TRAP brání tvorbě anti-terminátorové smyčky. Když je TRAP vázán, vytvoří se smyčka terminátoru a operon se nepřepisuje.[3][4]

Inhibiční protein proteinu atenuátoru tryptofanu vázajícího RNA

Inhibiční protein proteinu atenuátoru vázajícího se na tryptofan (protein Anti-TRAP nebo AT) je krátký protein kódovaný rtpA v Bacillus. Syntéza anti-TRAP je indukována nenabitým tryptofanem tRNA. Anti-TRAP se váže na TRAP a inhibuje jeho vazbu na vedoucího operátora tryptofanu. To způsobí vytvoření anti-terminátorové smyčky a přepsání operonu tryptofanu.[3][5][6]

Reference

  1. ^ Kolter, R; Yanofsky C (1982). "Útlum v biosyntetických operonech aminokyselin". Annu Rev Genet. 16: 113–134. doi:10.1146 / annurev.ge.16.120182.000553. PMID  6186194.
  2. ^ Babitzke P, Gollnick P, Yanofsky C (1992). „Operon mtrAB Bacillus subtilis kóduje GTP cyklohydrolázu I (MtrA), enzym podílející se na biosyntéze kyseliny listové, a MtrB, regulátor biosyntézy tryptofanu.“. J Bacteriol. 174 (7): 2059–2064. PMC  205820. PMID  1551827.
  3. ^ A b Babitzke P, Gollnick P (2001). "Posttranskripční iniciační kontrola metabolismu tryptofanu v Bacillus subtilis pomocí proteinu ATP vázajícího se na trp RNA (TRAP), anti-TRAP a struktury RNA". J Bacteriol. 183 (20): 5795–5802. doi:10.1128 / JB.183.20.5795-5802.2001. PMC  99655. PMID  11566976.
  4. ^ Babitzke P, Schaak J, Yakhnin AV, Bevilacqua PC (2003). "Role struktury RNA v útlumu transkripce u Bacillus subtilis: trpEDCFBA operon jako modelový systém". Metody Enzymol. 371: 392–404. doi:10.1016 / S0076-6879 (03) 71030-1. PMID  14712717.
  5. ^ Valbuzzi A, Yanofsky C (2001). „Inhibice regulačního proteinu B. subtilis TRAP proteinem inhibujícím TRAP, AT“. Věda. 293 (5537): 2057–2059. doi:10.1126 / science.1062187. PMID  11557884.
  6. ^ Valbuzzi A, Gollnick P, Babitzke P, Yanofsky C (2002). „Anti-trp RNA vazebný atenuační protein (Anti-TRAP), AT, rozpoznává tryptofanem aktivovanou vazebnou doménu RNA regulačního proteinu TRAP“. J Biol Chem. 277 (12): 10608–10613. doi:10,1074 / jbc.M111813200. PMID  11786553.

externí odkazy