Cílená hmotnostní spektrometrie - Targeted mass spectrometry - Wikipedia

Cílená hmotnostní spektrometrie je hmotnostní spektrometrie technika, která využívá více fází tandemová hmotnostní spektrometrie (SLEČNAn s n = 2 nebo 3) pro ionty specifické hmotnosti (m / z ), v určitou dobu.[1] Hodnoty m / z a čas jsou definovány v seznamu zahrnutí, který je odvozen z předchozí analýzy.

Aplikace

Cílená analýza umožňuje důkladnou analýzu všech iontů v celém rozsahu nad úrovní hladiny hluku, a to kdykoli v okně experimentu. Naproti tomu necílená analýza by obvykle umožňovala detekci nejhojnějších 50-100 iontů pouze po celou dobu experimentu. Takové omezení necílené analýzy je méně vhodné pro analýzu vysoce komplexních, vysoce dynamických vzorků, jako je lidské krevní sérum.[2]

Metody využití cílené hmotnostní spektrometrie jsou však stále v primitivní fázi v tom smyslu, že seznam zahrnutí používaný v cílené analýze je typicky ručně zadán vědci. Kromě toho je pro celý experiment povolen pouze jeden seznam zahrnutí. Takový manuální proces je jak pracný, tak náchylný k chybám. To je do značné míry způsobeno nedostatkem softwaru pro ovládání hmotnostního spektrometru.

Automatizace

Bylo vyvinuto určité úsilí v automatizaci generování seznamů začlenění pomocí řešení externího softwaru. V roce 2010 Wu et al.[3] zavedla poloautomatickou metodu ve snaze identifikovat glyko-peptid s nízkým výskytem. Automatizaci implementovali prostřednictvím iterativních experimentů a open-source softwaru GLYPID.[4] S menší úpravou lze tento přístup použít při analýze jakýchkoli jiných jednoduchých nebo složitých vzorků. Kromě výše zmíněné výhody tento poloautomatický přístup také šetří vědcům značné množství času a úsilí při ručním sběru iontů a rekalibraci nástrojů.

Viz také

Reference

  1. ^ Chicooree, Navin; Unwin, Richard D .; Griffiths, John R. (2015). „Aplikace strategií cílených na základě hmotnostní spektrometrie k detekci a lokalizaci posttranslačních modifikací“. Recenze hmotnostní spektrometrie. 34 (6): 595–626. Bibcode:2015MSRv ... 34..595C. doi:10,1002 / mas.21421. ISSN  0277-7037. PMID  24737647.
  2. ^ Gillette, Michael A (2013). „Kvantitativní analýza peptidů a proteinů v biomedicíně cílenou hmotnostní spektrometrií“. Nat metody. 10 (1): 28–34. doi:10.1038 / nmeth.2309. PMC  3943160. PMID  23269374.
  3. ^ Yin Wu; Yehia Mechref; Iveta Kloučková; Anoop Mayampurath; Miloš V. Novotný; Haixu Tang (2010). „Mapování místně specifického proteinu N-glykosylace pomocí kapalinové chromatografie / hmotnostní spektrometrie a cílené tandemové hmotnostní spektrometrie“. Rychlá komunikace v hmotnostní spektrometrii. 24 (7): 965–972. doi:10,1002 / rcm. 4474. PMID  20209665.
  4. ^ „GlyPID“. indiana.edu.