Syntetizační jednotka - Synthesizing unit

Syntetizující jednotky (SU) jsou zobecněné enzymy, které se řídí pravidly klasiky kinetika enzymů se dvěma úpravami:

  • tvorba produktu se nepovažuje za funkci koncentrací substrátu, ale toků substrátu, které přicházejí k SU
  • rychlost disociace komplexu substrát-SU na (nezměněný) substrát a (neomezený) SU se považuje za malou.

Modifikace klasické teorie

Rozšíření

První modifikace je rozšířením klasické teorie; pokud jsou vstupní toky měřeny úměrně koncentracím substrátu, vznikne klasická teorie. Toto rozšíření umožňuje aplikaci v prostorově heterogenních prostředích (například v živých buňkách) a zacházet s fotony a molekulami ve stejném rámci (důležité v fotosyntéza ).

Zjednodušení

Druhá modifikace umožňuje podstatné zjednodušení klasické teorie, a tedy aplikace v komplexu metabolické sítě. Teorie syntetizujících jednotek[1] se používá v dynamický rozpočet na energii teorie, kde se rozlišují 4 základní režimy:

  • substráty mohou být zaměnitelné nebo doplňkové (= doplňkové); pokud mohou nastat transformace A -> C a B -> C, o substrátech A a B se říká, že jsou nahraditelné vzhledem k jejich transformaci na C, pokud se vyžaduje, aby oba vytvářely C, považují se za doplňkové
  • zpracování těchto substrátů pomocí SU může být postupné nebo paralelní; pokud v transformaci A + B -> C vazba substrátu A na SU neovlivní vazbu B, jsou tyto substráty zpracovávány současně, pokud nejsou tyto substráty zpracovávány postupně

Mohou se vyskytovat směsi 4 základních režimů, zejména pokud substráty představují spíše zobecněné sloučeniny než čisté chemické sloučeniny. Zobecněná sloučenina je směs chemických sloučenin, která se nemění ve složení.

Reference

  1. ^ Kooijman, S. A. L. M. 1998. Synthesizing Unit jako model pro stechiometrickou fúzi a větvení metabolických toků. Biophys. Chem. 73: 179 - 188 (abstrakt)

Zdroje

  • Kooijman SA (červenec 1998). „Syntetizační jednotka jako model pro stechiometrickou fúzi a větvení metabolických toků“. Biophys. Chem. 73 (1–2): 179–88. doi:10.1016 / S0301-4622 (98) 00162-8. PMID  17029722.
  • Kooijman, S.A.L.M; Segel, L.A. (2005). „Jak růst ovlivňuje osud buněčných metabolitů“ (PDF). Bulletin of Mathematical Biology. 67 (1): 57–77. doi:10.1016 / j.bulm.2004.06.003. PMID  15691539. Citováno 2009-05-12.