Stemloc - Stemloc
| Vývojáři | Ian Holmes (UC Berkeley ) |
|---|---|
| Stabilní uvolnění | 1 |
| Operační systém | UNIX, Linux, Mac, Cygwin na Windows XP |
| Typ | Bioinformatický nástroj |
| Licence | Otevřený zdroj |
| webová stránka | Domovská stránka společnosti Stemloc |
Stemloc je program pro párové strukturní uspořádání RNA založený na pravděpodobnostních modelech Struktura RNA známý jako Spárujte stochastické bezkontextové gramatiky. Stemloc implementuje omezené verze Sankoffových algoritmů pro simultánní predikci struktury a zarovnání sekvence více RNA.
Stemloc lze stáhnout jako součást Softwarový balíček DART. Přijímá vstupní soubory v obou FASTA nebo Stockholmský formát.
Reference
- Holmes I. (2005) Zrychlená pravděpodobnostní inference vývoje struktury RNA. BMC bioinformatika. 24. března 2005; 6: 73.
externí odkazy
- Stemloc domovská stránka a tutorial