SCHÉMA (bioinformatika) - SCHEMA (bioinformatics)

SCHÉMA je výpočetní algoritmus použito v proteinové inženýrství identifikovat fragmenty bílkoviny (volala schémata) to může být rekombinováno aniž by došlo k narušení integrity proteinů trojrozměrná struktura.[1] Algoritmus vypočítá interakce mezi bílkovinami je něco jiného aminokyselina zbytky k určení, které interakce mohou být narušeny záměnou struktur domén bílkoviny. Minimalizací těchto narušení lze SCHEMA použít k inženýrství chimérické proteiny že stabilně složit a mohou mít pozměněnou funkci vzhledem k jejich původním proteinům.[2] Algoritmus SCHEMA byl použit v rekombinantních knihovnách vzdáleně příbuzných β-laktamáz.[3]

Reference

  1. ^ Voigt, CA; Martinez, C; Wang, ZG; Mayo, SL; Arnold, FH; et al. (Červen 2002). "Proteinové stavební bloky konzervované rekombinací". Přírodní strukturní biologie. 9 (7): 553–558. doi:10.1038 / nsb805. PMID  12042875.
  2. ^ Otey, ČR; Landwehr, M; Endelman, JB; Hiraga, K; Bloom, JD; Arnold, FH (květen 2006). „Strukturovaná rekombinace vytváří umělou rodinu cytochromů P450“. PLoS Biology. 4 (5): e112. doi:10.1371 / journal.pbio.0040112. PMC  1431580. PMID  16594730. otevřený přístup
  3. ^ Meyer, M; Hochrein, L .; Arnold, F (2006). „Strukturovaná rekombinace SCHEMA vzdáleně příbuzných beta-laktamáz“. Protein Eng Des Sel. 19: 563–570. doi:10,1093 / protein / gzl045. PMID  17090554.