RpoS mRNA 5′UTR - RpoS mRNA 5′UTR

rpoS mRNA kóduje stresový faktor rpoS, sigma S (σ^S nebo σ³⁸ ) v Escherichia coli a příbuzné bakterie, kde DsrA ve spojení s Sm jako protein vázající RNA, Hfq propagovat překlad tohoto rpoS mRNA.^[1] 5 ' UTR rpoS mRNA tvoří samoinhibici kmenová smyčka který chrání sekvence shine-dalgarno a proto inhibuje překlad. The sekundární struktura z 5′UTR předpověděl acetylace ribózy 2'-hydroxylové skupiny s NMIA a pomocí programu predikce sekundární struktury, RNAstructure.^[2]^[3] DsrA stimuluje translaci rpoS vazbou v 5'UTR a způsobí otevření kmenové smyčky a vystavení vazebného místa ribozomu.

Místně zaměřená mutageneze a deleční analýza lokalizovala AAYAA motiv identifikovaný před strukturou kmenové smyčky, která je požadována pro Hfq vazbu.^[4] Srovnávací genomika ukázal, že tato regulační sekundární struktura je zachována napříč několika gramnegativní bakterie druh.

Reference

^ Hengge-Aronis, R. (září 2002). „Transdukce signálu a regulační mechanismy podílející se na kontrole podjednotky σS (RpoS) RNA polymerázy“. Recenze mikrobiologie a molekulární biologie. 66 (3): 373–395, obsah tabulky 395. doi:10.1128 / MMBR.66.3.373-395.2002. ISSN 1092-2172. PMC 120795. PMID 12208995.
^ Merino, J .; Wilkinson, A .; Coughlan, L .; Weeks, M. (březen 2005). „RNA Structure Analysis at Single Nucleotide Resolution by Selective 2′-Hydroxyl Acylation and Primer Extension (SHAPE)“. Journal of the American Chemical Society. 127 (12): 4223–4231. doi:10.1021 / ja043822v. ISSN 0002-7863. PMID 15783204.
^ Mathews, H .; Disney, D .; Childs, L .; Schroeder, J .; Zuker, M .; Turner, H. (květen 2004). "Začlenění omezení chemické modifikace do dynamického programovacího algoritmu pro predikci sekundární struktury RNA". Sborník Národní akademie věd. 101 (19): 7287–7292. Bibcode:2004PNAS..101,7287 mil. doi:10.1073 / pnas.0401799101. ISSN 0027-8424. PMC 409911. PMID 15123812.
^ Soper, J .; Woodson, A. (září 2008). „Vedoucí rpoS mRNA získává Hfq, aby usnadnil žíhání s DsrA sRNA“. RNA. 14 (9): 1907–1917. doi:10.1261 / rna.1110608. ISSN 1355-8382. PMC 2525945. PMID 18658123.

Tento molekulární nebo buněčná biologie článek je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[pmid12208995-1] Hengge-Aronis, R. (září 2002). „Transdukce signálu a regulační mechanismy podílející se na kontrole podjednotky σS (RpoS) RNA polymerázy“. Recenze mikrobiologie a molekulární biologie. 66 (3): 373–395, obsah tabulky 395. doi:10.1128 / MMBR.66.3.373-395.2002. ISSN 1092-2172. PMC 120795. PMID 12208995.

[pmid15783204-2] Merino, J .; Wilkinson, A .; Coughlan, L .; Weeks, M. (březen 2005). „RNA Structure Analysis at Single Nucleotide Resolution by Selective 2′-Hydroxyl Acylation and Primer Extension (SHAPE)“. Journal of the American Chemical Society. 127 (12): 4223–4231. doi:10.1021 / ja043822v. ISSN 0002-7863. PMID 15783204.

[pmid15123812-3] Mathews, H .; Disney, D .; Childs, L .; Schroeder, J .; Zuker, M .; Turner, H. (květen 2004). "Začlenění omezení chemické modifikace do dynamického programovacího algoritmu pro predikci sekundární struktury RNA". Sborník Národní akademie věd. 101 (19): 7287–7292. Bibcode:2004PNAS..101,7287 mil. doi:10.1073 / pnas.0401799101. ISSN 0027-8424. PMC 409911. PMID 15123812.

[pmid18658123-4] Soper, J .; Woodson, A. (září 2008). „Vedoucí rpoS mRNA získává Hfq, aby usnadnil žíhání s DsrA sRNA“. RNA. 14 (9): 1907–1917. doi:10.1261 / rna.1110608. ISSN 1355-8382. PMC 2525945. PMID 18658123.

[1]

[2]

[3]

[4]