Relativně přístupný povrch - Relative accessible surface area - Wikipedia

Relativně přístupný povrch nebo relativní přístupnost rozpouštědel (RSA) bílkovinného zbytku je míra vystavení zbytkovým rozpouštědlům. Lze jej vypočítat podle vzorce:

${ displaystyle { text {RSA}} = { text {ASA}} / { text {MaxASA}}}$ ^[1]

kde ASA je povrch přístupný rozpouštědlům a MaxASA je maximální možný povrch přístupný rozpouštědlům pro zbytek.^[1] ASA i MaxASA se běžně měří v ${ displaystyle { mathrm { AA}} ^ {2}}$.

Pro měření relativní přístupnosti rozpouštědla pouze postranního řetězce zbytku se obvykle berou hodnoty MaxASA, které byly získány z tripeptidů Gly-X-Gly, kde X je sledovaný zbytek. Bylo publikováno několik stupnic MaxASA^[1][2][3]a běžně se používají (viz tabulka).

V této tabulce jsou nedávno publikované hodnoty MaxASA (z Tien et al. 2013^[1]) jsou systematicky větší než starší hodnoty (Miller et al. 1987^[2] nebo Rose a kol. 1985^[3]). Tuto odchylku lze vysledovat zpět ke konformaci, ve které jsou vyhodnoceny tripeptidy Gly-X-Gly pro výpočet MaxASA. Dřívější práce používaly rozšířenou konformaci s úhly páteře z ${ displaystyle phi = -120 ^ { circ}}$ a ${ displaystyle psi = 140 ^ { circ}}$.^[2][3] Tien a kol. 2013^[1] prokázali, že tripeptidy v rozšířené konformaci spadají mezi nejméně exponované konformace. Největší hodnoty ASA jsou důsledně pozorovány v alfa šroubovicích s páteřními úhly kolem ${ displaystyle phi = -50 ^ { circ}}$ a ${ displaystyle psi = -45 ^ { circ}}$. Tien a kol. 2013 doporučuje použít jejich teoretické hodnoty MaxASA (2. sloupec v tabulce), protože byly získány ze systematického výčtu všech možných konformací a pravděpodobně představují skutečnou horní hranici pozorovatelné ASA.^[1]

Hodnoty ASA a tedy RSA se obecně počítají z proteinové struktury, například pomocí softwaru DSSP.^[4] Existuje však také rozsáhlá literatura, která se pokouší předpovědět hodnoty RSA ze sekvenčních dat pomocí přístupů strojového učení.^[5][6]

Predikční nástroje

Experimentální předpovídání RSA je nákladný a časově náročný úkol. V posledních desetiletích bylo pro predikci RSA zavedeno několik výpočetních metod.^[7][8][9]

Reference