Pseudomonas sRNA P16 - Pseudomonas sRNA P16 - Wikipedia

Pseudomonas sRNA P16
	Předpovězeno sekundární struktura a zachování sekvence z P16
Identifikátory
Symbol	P16
Rfam	RF00628
Další údaje
RNA typ	Gen
Domény	Bakterie
TAK	SO: 0000655
PDB struktur	PDBe

Pseudomonas sRNA P16 je ncRNA které bylo předpovězeno pomocí bioinformatické nástroje v genomu oportunistického patogenu Pseudomonas aeruginosa a jeho výraz ověřeno severní skvrna analýza.^[1] Zdá se, že P16 sRNA je konzervována napříč několika Pseudomonas druh a je důsledně lokalizován po směru toku předpovězeného genu deoxyribonukleázy TatD. P16 má předpovídanou hodnotu Nezávislý terminátor Rho na 3 'konci, ale funkce P16 není známa.^[1]

Ukázalo se, že tato sRNA je transkribována z RpoS-dependentního promotoru pod pozitivní, pravděpodobně nepřímou kontrolou GacA ve dvou Pseudomonas druh. Bylo přejmenováno RgsA (pro regulaci pomocí GacA a stresu).^[2] Exprese mRNA RpoS je potlačována RgsA během exponenciální fáze. Pro represi je vyžadován chaperon Hfq RNA.^[3]

Viz také

Reference

^ ^A ^b Livny J, Brencic A, Lory S, Waldor MK (2006). „Identifikace 17 sRNA Pseudomonas aeruginosa a predikce genů kódujících sRNA u 10 různých patogenů pomocí bioinformatického nástroje sRNAPredict2“. Nucleic Acids Res. 34 (12): 3484–3493. doi:10.1093 / nar / gkl453. PMC 1524904. PMID 16870723.
^ González, Nicolas; Heeb, Stephan; Valverde, Claudio; Kay, Elisabeth; Reimmann, Cornelia; Junier, Thomas; Haas, Dieter (2008-04-13). „Prohledávání celého genomu odhaluje novou malou RNA regulovanou GacA u druhů Pseudomonas“. BMC Genomics. 9: 167. doi:10.1186/1471-2164-9-167. ISSN 1471-2164. PMC 2375449. PMID 18405392.
^ Lu, Pei; Wang, Yifei; Hu, Yangbo; Chen, Shiyun (duben 2018). „RgsA, sRNA závislá na RpoS, negativně reguluje expresi rpoS v Pseudomonas aeruginosa“. Mikrobiologie. 164 (4): 716–724. doi:10,1099 / mic.0.000632. ISSN 1465-2080. PMID 29473822.

externí odkazy

Stránka pro Pseudomonas sRNA P16 na Rfam

Tento molekulární nebo buněčná biologie článek je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[pmid16870723-1] A ^b Livny J, Brencic A, Lory S, Waldor MK (2006). „Identifikace 17 sRNA Pseudomonas aeruginosa a predikce genů kódujících sRNA u 10 různých patogenů pomocí bioinformatického nástroje sRNAPredict2“. Nucleic Acids Res. 34 (12): 3484–3493. doi:10.1093 / nar / gkl453. PMC 1524904. PMID 16870723.

[2] González, Nicolas; Heeb, Stephan; Valverde, Claudio; Kay, Elisabeth; Reimmann, Cornelia; Junier, Thomas; Haas, Dieter (2008-04-13). „Prohledávání celého genomu odhaluje novou malou RNA regulovanou GacA u druhů Pseudomonas“. BMC Genomics. 9: 167. doi:10.1186/1471-2164-9-167. ISSN 1471-2164. PMC 2375449. PMID 18405392.

[3] Lu, Pei; Wang, Yifei; Hu, Yangbo; Chen, Shiyun (duben 2018). „RgsA, sRNA závislá na RpoS, negativně reguluje expresi rpoS v Pseudomonas aeruginosa“. Mikrobiologie. 164 (4): 716–724. doi:10,1099 / mic.0.000632. ISSN 1465-2080. PMID 29473822.

[1]

[2]

[3]