Phosida - Phosida - Wikipedia
 | |
|---|---|
| Obsah | |
| Popis | posttranslační modifikace databáze. |
| Kontakt | |
| Výzkumné centrum | Max-Planckův institut pro biochemii |
| Laboratoř | Oddělení proteomiky a přenosu signálu |
| Autoři | Florian Gnad |
| Primární citace | Gnad a spol. (2011)[1] |
| Datum vydání | 2009 |
| Přístup | |
| webová stránka | http://www.phosida.com |
The PHOsphorylace SIte DAtabase PHOSIDA integruje tisíce vysoce spolehlivých in vivo fosfity identifikovány u různých druhů na základě hmotnostní spektrometrie technologie. Pro každý fosfosit uvádí PHOSIDA shodu kináza motivy, předpovězené sekundární struktury, konzervační vzorce a jeho dynamická regulace při stimulu nebo jiné léčbě, jako je například inhibice kinázy. To zahrnuje fosfoproteomy různých organismů od eukaryoty jako je člověk a droždí na bakterie jako Escherichia coli a Lactococcus lactis. Dokonce fosfoproteom archaeanského organismu, jmenovitě Halobacterium salinarium, je k dispozici. Integrace fosfoproteomů identifikovaných v organismech, které reprezentativně pokrývají fylogenetický strom, umožňuje zkoumat fosforylační události z globálního hlediska, včetně konzervace a evoluční konzervace v čase.[1]
Kromě toho společnost PHOSIDA také předpovídá fosfozity na základě podporovat vektorové stroje.
Reference
- ^ A b Gnad, Florian; Gunawardena Jeremy; Mann Matthias (leden 2011). „PHOSIDA 2011: databáze posttranslačních modifikací“. Nucleic Acids Res. 39: D253-60. doi:10.1093 / nar / gkq1159. PMC 3013726. PMID 21081558.