Index klasifikace peroxiredoxinu - Peroxiredoxin classification index - Wikipedia

PREX
Database.png
Obsah
Popisdatabáze přiřazení podrodin napříč různými peroxiredoxin rodina.
Kontakt
Výzkumné centrumWake Forest University
LaboratořÚstav biochemie
AutořiLaura Soito, Leslie Poole, Kimberly Nelson, Stacy Knutson, Jacquelyn Fetrow
Primární citaceSoito a spol. (2011)[1]
Datum vydání2010
Přístup
webová stránkahttp://www.csb.wfu.edu/prex/

Klasifikace peroxiRedoxinů indEX (PREX ) je databáze peroxiredoxiny (Prxs) klasifikovány do jedné ze šesti odlišných podskupin.[1] Klasifikace se opírá o přístup Deacon Active Site Profiling (DASP), který využívá pro vyhledávání sekvenčních databází polohovací matici bodování (PSSM) vytvořenou ze zarovnaných podpisů (vytvořených z fragmentů sekvencí obklopujících aktivní místa členů skupiny Prx strukturně charakterizovaných).[2] Hledání PREX pro zájmové skupiny Prx lze provádět pomocí anotace proteinu, přístupového čísla, ID PDB, názvu organismu nebo sekvence proteinu (pomocí BLAST) pro proteiny Prx extrahované od ledna 2008, listopadu 2010 nebo října 2011 ve verzích GenBank (přes 8000 validované sekvence Prx). Výstup zahrnuje podrodinu, do které každá klasifikovaná Prx patří, přístupová a GI čísla, rod a druh a aktivní podpis lokality použitý pro klasifikaci. Sekvence dotazu je také uvedena v souladu s vybranou skupinou Prx pro ruční vyhodnocení a interpretaci uživatelem. Tento zdroj je volně k dispozici výzkumné komunitě.

Viz také

Reference

  1. ^ A b Soito, Laura; Williamson Chris; Knutson Stacy T; Fetrow Jacquelyn S; Poole Leslie B; Nelson Kimberly J (leden 2011). „PREX: PeroxiRedoxin klasifikace indEX, databáze přiřazení podčeledí napříč rozmanitou rodinou peroxiredoxinů“. Nucleic Acids Res. Anglie. 39 (Problém s databází): D332-7. doi:10.1093 / nar / gkq1060. PMC  3013668. PMID  21036863.
  2. ^ Fetrow, Jacquelyn S. (01.07.2006). "Aktivní profilování webů k identifikaci proteinových funkčních míst v sekvencích a strukturách pomocí Deacon Active Site Profiler (DASP)". Současné protokoly v bioinformatice. Kapitola 8: Jednotka 8.10. doi:10.1002 / 0471250953.bi0810s14. ISSN  1934-340X. PMID  18428769.

externí odkazy