Nevan Krogan - Nevan Krogan

Nevan Krogan
NevanJKrogan.jpg
Akademické pozadí
VzděláváníUniversity of Regina
University of Toronto
TezeProteinové komplexy a epistatické profily mini-polí (E-MAP) odhalují cesty podílející se na funkci chromatinu  (2006)
Doktorský poradceJack Greenblatt
Akademická práce
InstituceKalifornská univerzita v San Francisku (UCSF)
Instituty J. Davida Gladstone

Nevan J. Krogan,[1] Kanaďan molekulární biolog, je profesorem na katedře buněčné a molekulární farmakologie na VŠE Kalifornská univerzita v San Francisku (UCSF) a vedoucí vyšetřovatel v Instituty J. Davida Gladstone. Je také ředitelem Kvantitativního biologického institutu (QBI),[2] která se zaměřuje na vývoj a používání kvantitativních přístupů ke studiu základních biologických mechanismů, často souvisejících s oblastmi onemocnění. Působí jako ředitel The HARC Center, spolupracující skupiny financované NIH, která se zaměřuje na strukturní charakterizaci komplexů HIV-lidské bílkoviny. Kroganův výzkum je zaměřen na použití kvantitativních systémových přístupů k porozumění složitým biologickým a biomedicínským problémům. Je autorem více než 250 článků[3] v oblasti molekulární biologie a uskutečnil více než 300 přednášek a seminářů po celém světě.

raný život a vzdělávání

Krogan získal vysokoškolské vzdělání v oboru chemie na University of Regina v roce 1997. Po ukončení magisterského studia v roce 1999 na univerzitě v Regině zahájil Krogan titul Ph.D. na University of Toronto s Jack Greenblatt jako jeho doktorský poradce.

Během své disertační práce vedl projekt, který systematicky identifikoval proteinové komplexy v Saccharomyces cerevisiae přes a tandemové afinitní čištění /hmotnostní spektrometrie (AP-MS) strategie. To vedlo k charakterizaci více než 500 komplexů obsahujících více než 4 000 proteinů. Během této doby pracoval na vývoji přístupu, nazývaného E-MAP, pro vysoce výkonné generování a kvantitativní analýzu dat o genetické interakci.[4] Kombinace genetických údajů a údajů o interakci protein-protein vedla k hlubšímu pochopení vztahu mezi fyzickými a genetickými daty[5] stejně jako nahlédnutí do široké škály biologických procesů, včetně funkce chromatinu, transkripce, obchodu s proteiny a zpracování RNA.[6][7][8][9]

Kariéra

V červenci 2011 nastoupil Krogan jako spolupracovník do Gladstoneova institutu pro virologii a imunologii (GIVI) a Gladstoneova institutu srdečních chorob (GICD). V roce 2012 vedl komplexní studii využívající AP-MS k systematické identifikaci interakcí protein-protein mezi HIV a hostitelskými buňkami.[10] Bylo identifikováno 497 různých interakcí HIV-lidský protein-protein,[11] pouze 19 z nich bylo dříve uvedeno v literatuře. .[12]

Krogan byl jmenován ředitelem UCSF-QB3 v červenci 2013.[13] Ve stejném roce byl také povýšen na vedoucího vyšetřovatele na GIVI a GICD. V Institutu J. Davida Gladstone vytvořil Thermo Fisher Scientific Mass Spectrometry Facility for Disease Target Discovery.[14] Krogan, spolu s Trey Ideker na UCSD zahájila v roce 2015 iniciativu Cancer Cell Map Initiative (CCMI) na UCSF.[15] Skupina, která zahrnuje mnoho vyšetřovatelů na UCSF a UCSD, se zaměřuje na používání systémových přístupů a síťové biologie k interpretaci genomických údajů o rakovině.[16]

Ceny a vyznamenání

  • 2004 - Hannah Farkas-Himsley a Alexander Memorial Award[Citace je zapotřebí ]
  • 2005 - Cena L. W. Macphersona za mikrobiologii[Citace je zapotřebí ]
  • 2008 - 25 nejvýznamnějších autorů článků působících v oblasti molekulární biologie a genetiky od roku 2002 do roku 2006[17]
  • 2009-2012 - Searle Scholar, Searle Foundation[18]
  • 2009-2014 - Keck Distinguished Young Scholar, Nadace W. M. Kecka[Citace je zapotřebí ]
  • 2017 - Cena Roddenberry, Nadace Roddenberry

Reference

  1. ^ "Krogan Lab". kroganlab.ucsf.edu. Citováno 8. ledna 2018.
  2. ^ „UCSF zřizuje Institut kvantitativních biologických věd“. UC San Francisco. Citováno 2017-02-01.
  3. ^ „Nevan Krogan - Citace Google Scholar“. scholar.google.com. Citováno 2017-02-02.
  4. ^ Schuldiner, Maya; Collins, Sean R .; Thompson, Natalie J .; Denic, Vladimir; Bhamidipati, Arunashree; Punna, Thanuja; Ihmels, Jan; Andrews, Brenda; Boone, Charles (04.11.2005). "Zkoumání funkce a organizace rané sekreční dráhy kvasinek prostřednictvím epistatického profilu miniarray". Buňka. 123 (3): 507–519. doi:10.1016 / j.cell.2005.08.031. ISSN  0092-8674. PMID  16269340. S2CID  5686200.
  5. ^ Collins, Sean R .; Miller, Kyle M .; Maas, Nancy L .; Roguev, Assen; Fillingham, Jeffrey; Chu, Clement S .; Schuldiner, Maya; Gebbia, Marinella; Recht, Judith (12.04.2007). "Funkční disekce proteinových komplexů zapojených do biologie kvasinkových chromozomů pomocí mapy genetické interakce". Příroda. 446 (7137): 806–810. doi:10.1038 / nature05649. ISSN  1476-4687. PMID  17314980. S2CID  4419709.
  6. ^ Krogan, Nevan J .; Peng, Wen-Tao; Cagney, Gerard; Robinson, Mark D .; Haw, Robin; Zhong, Gouqing; Guo, Xinghua; Zhang, Xin; Canadien, Veronica (30.01.2004). „Makromolekulární složení komplexů na zpracování kvasinek RNA ve vysokém rozlišení“. Molekulární buňka. 13 (2): 225–239. doi:10.1016 / s1097-2765 (04) 00003-6. ISSN  1097-2765. PMID  14759368.
  7. ^ Krogan, Nevan J .; Keogh, Michael-Christopher; Datta, Nira; Sawa, Chika; Ryan, Owen W .; Ding, Huiming; Haw, Robin A .; Pootoolal, Jeffrey; Tong, Amy (01.12.2003). "Komplex ATPázy rodiny Snf2 vyžadovaný pro nábor histonové H2A varianty Htz1". Molekulární buňka. 12 (6): 1565–1576. doi:10.1016 / s1097-2765 (03) 00497-0. ISSN  1097-2765. PMID  14690608.
  8. ^ Keogh, Michael-Christopher; Kurdistani, Siavash K .; Morris, Stephanie A .; Ahn, Seong Hoon; Podolny, Vladimir; Collins, Sean R .; Schuldiner, Maya; Chin, Kayu; Punna, Thanuja (18. 11. 2005). „Methylace bavlněného transkripčního setu 2 H3 lysinu 36 rekrutuje represivní komplex Rpd3“. Buňka. 123 (4): 593–605. doi:10.1016 / j.cell.2005.10.025. ISSN  0092-8674. PMID  16286008. S2CID  16129409.
  9. ^ Keogh, Michael-Christopher; Kim, Jung-Ae; Downey, Michael; Fillingham, Jeffrey; Chowdhury, Dipanjan; Harrison, Jacob C .; Onishi, Megumi; Datta, Nira; Galicia, Sarah (2006-01-26). „Fosfatázový komplex, který defosforyluje gammaH2AX, reguluje obnovení kontrolního bodu poškození DNA“. Příroda. 439 (7075): 497–501. doi:10.1038 / nature04384. ISSN  1476-4687. PMID  16299494. S2CID  4317517.
  10. ^ „Jak HIV unese hostitelské buněčné stroje | Funkce proteinových interakcí“. Biotechniky. Citováno 2017-02-01.
  11. ^ Jäger, Stefanie; Cimermancic, Peter; Gulbahce, Natali; Johnson, Jeffrey R .; McGovern, Kathryn E .; Clarke, Starlynn C .; Shales, Michael; Mercenne, Gaelle; Pache, Lars (21.12.2011). „Globální prostředí komplexů HIV a lidských proteinů“. Příroda. 481 (7381): 365–370. doi:10.1038 / příroda10719. ISSN  1476-4687. PMC  3310911. PMID  22190034.
  12. ^ Jäger, Stefanie; Kim, Dong Young; Hultquist, Judd F .; Shindo, Keisuke; LaRue, Rebecca S .; Kwon, Eunju; Li, Ming; Anderson, Brett D .; Yen, Linda (21.12.2011). „Vif unese CBF-β, aby degradoval APOBEC3G a podporoval infekci HIV-1“. Příroda. 481 (7381): 371–375. doi:10.1038 / příroda10693. ISSN  1476-4687. PMC  3310910. PMID  22190037.
  13. ^ „Uznávaný molekulární biolog jmenován novým ředitelem QB3-UCSF“. UC San Francisco. Citováno 2017-02-01.
  14. ^ „V Gladstone se otevírá zařízení Thermo Fisher Proteomics pro Disease Target Discovery“. EurekAlert!. Citováno 2017-02-01.
  15. ^ „Použití velkých dat ke zmapování skrytých genetických slabostí rakoviny“. Citováno 2017-02-01.
  16. ^ „UCSF, San Diego Researchers Challenging Status Quo On Cancer Treatments“. Citováno 2017-02-01.
  17. ^ „Sequencing Biology's Hottest, 2002-06“.
  18. ^ „Program Searle Scholars: Nevan J. Krogan (2009)“. www.searlescholars.net. Citováno 2017-02-01.