Analýza více lokusů VNTR - Multiple loci VNTR analysis

Analýza více lokusů VNTR (MLVA) je metoda používaná pro genetickou analýzu konkrétních mikroorganismů, jako jsou patogenní bakterie, která využívá výhody polymorfismu tandemově opakovaných sekvencí DNA. AVNTR „je„ tandemové opakování s proměnným počtem “. Tato metoda je dobře známá v forenzní věda protože je základem DNA otisky prstů u lidí. Při aplikaci na bakterie přispívá k forenzní mikrobiologie skrz které lze nakonec vysledovat zdroj konkrétního kmene, což z něj činí užitečnou techniku pro sledování ohniska nákazy. V typickém MLVA je řada dobře vybraných a charakterizovaných (z hlediska rychlosti a rozmanitosti mutací) lokusů amplifikována polymerázovou řetězovou reakcí (PCR ), takže lze měřit velikost každého lokusu, obvykle elektroforézou produktů amplifikace společně s referenčními fragmenty DNA (takzvaný marker velikosti DNA). Lze použít různé elektroforetické zařízení v závislosti na požadované přesnosti odhadu velikosti a nastavení místní laboratoře, od základní elektroforézy na agarózovém gelu až po sofistikovanější a vysoce výkonná kapilární elektroforetická zařízení.^[1] Z tohoto odhadu velikosti lze odvodit počet opakujících se jednotek na každém místě. Výslednou informací je kód, který lze snadno srovnat s referenčními databázemi, jakmile bude test harmonizován a standardizován.^[2]^[3] MLVA se stala hlavním nástrojem pro psaní první řady u řady patogenů, u kterých by bylo možné dosáhnout takové harmonizace, včetně Mycobacterium tuberculosis,^[4] Bacillus anthracis,^[5] Brucella.^[6]^[7]

Některé webové stránky spojené s MLVA

Software pro analýzu dat MLVA

GeneMapper Komerční software pro normalizaci a volání velikosti píků od určité značky kapilárních elektroforézových strojů.
BioNumerika Komerční bioinformatické řešení pro ukládání a analýzu velkého panelu biologických dat, včetně MLVA, a obecněji datových sad znaků. Lze provést normalizaci, volání velikosti, korekci velikosti, přiřazení počtu opakování a klastrovou analýzu na datech MLVA.

Reference

^ Vergnaud G, Pourcel C (2009). Msgstr "Více proměnných lokusů s variabilním počtem analýz tandemových opakování". Methods Mol. Biol. 551: 141–58. doi:10.1007/978-1-60327-999-4_12. PMID 19521873.
^ Grissa I, Bouchon P, Pourcel C, Vergnaud G (2008). "On-line zdroje pro bakteriální mikroevoluční studie využívající typizaci MLVA nebo CRISPR". Biochimie. 90 (4): 660–8. doi:10.1016 / j.biochi.2007.07.014. PMID 17822824.
^ Nadon CA, Trees E, Ng LK, Møller Nielsen E, Reimer A, Maxwell N, Kubota KA, Gerner-Smidt P, the MLVA Harmonization Working Group (2013). „Vývoj a aplikace metod MLVA jako nástroje pro mezilaboratorní dohled“ (PDF). Euro Surveill. 18 (35): 20565. doi:10.2807 / 1560-7917.es2013.18.35.20565. PMID 24008231. Archivovány od originál (PDF) dne 10.11.2014. Citováno 2013-10-09.
^ Blouin Y, Hauck Y, Soler C, Fabre M, Vong R, Dehan C, Cazajous G, Massoure PL, Kraemer P, Jenkins A, Garnotel E, Pourcel C, Vergnaud G (2012). „Význam identifikace mimořádně hlubokého větvení v oblasti afrického rohu Mycobacterium tuberculosis clade ". PLOS ONE. 7 (12): e52841. doi:10.1371 / journal.pone.0052841. PMC 3531362. PMID 23300794.
^ Thierry S, Tourterel C, Le Flèche P, Derzelle S, Dekhil N, Mendy C, Colaneri C, Vergnaud G, Madani N (2014). "Genotypizace francouzštiny Bacillus anthracis kmeny založené na VNTR analýze více lokusů 31 lokusů: epidemiologie, hodnocení markerů a aktualizace internetové databáze genotypů ". PLOS ONE. 9 (6): e95131. doi:10.1371 / journal.pone.0095131. PMC 4046976. PMID 24901417.
^ Scholz HC, Vergnaud G (2013). "Molekulární charakterizace Brucella druh". Rev. Sci. Tech. 32 (1): 149–62. doi:10.20506 / rst.32.1.2189. PMID 23837373.
^ Lindstedt BA, Torpdahl M, Vergnaud G, Le Hello S, Weill FX, Tietze E, Malorny B, Prendergast DM, Ní Ghallchoir E, Lista RF, Schouls LM, Söderlund R, Börjesson S, Åkerström S (2013). „Využití multilokusové variabilní tandemové opakované analýzy (MLVA) v osmi evropských zemích, 2012“. Euro Surveill. 18 (4): 20385. PMID 23369388.

[1] Vergnaud G, Pourcel C (2009). Msgstr "Více proměnných lokusů s variabilním počtem analýz tandemových opakování". Methods Mol. Biol. 551: 141–58. doi:10.1007/978-1-60327-999-4_12. PMID 19521873.

[2] Grissa I, Bouchon P, Pourcel C, Vergnaud G (2008). "On-line zdroje pro bakteriální mikroevoluční studie využívající typizaci MLVA nebo CRISPR". Biochimie. 90 (4): 660–8. doi:10.1016 / j.biochi.2007.07.014. PMID 17822824.

[3] Nadon CA, Trees E, Ng LK, Møller Nielsen E, Reimer A, Maxwell N, Kubota KA, Gerner-Smidt P, the MLVA Harmonization Working Group (2013). „Vývoj a aplikace metod MLVA jako nástroje pro mezilaboratorní dohled“ (PDF). Euro Surveill. 18 (35): 20565. doi:10.2807 / 1560-7917.es2013.18.35.20565. PMID 24008231. Archivovány od originál (PDF) dne 10.11.2014. Citováno 2013-10-09.

[4] Blouin Y, Hauck Y, Soler C, Fabre M, Vong R, Dehan C, Cazajous G, Massoure PL, Kraemer P, Jenkins A, Garnotel E, Pourcel C, Vergnaud G (2012). „Význam identifikace mimořádně hlubokého větvení v oblasti afrického rohu Mycobacterium tuberculosis clade ". PLOS ONE. 7 (12): e52841. doi:10.1371 / journal.pone.0052841. PMC 3531362. PMID 23300794.

[5] Thierry S, Tourterel C, Le Flèche P, Derzelle S, Dekhil N, Mendy C, Colaneri C, Vergnaud G, Madani N (2014). "Genotypizace francouzštiny Bacillus anthracis kmeny založené na VNTR analýze více lokusů 31 lokusů: epidemiologie, hodnocení markerů a aktualizace internetové databáze genotypů ". PLOS ONE. 9 (6): e95131. doi:10.1371 / journal.pone.0095131. PMC 4046976. PMID 24901417.

[6] Scholz HC, Vergnaud G (2013). "Molekulární charakterizace Brucella druh". Rev. Sci. Tech. 32 (1): 149–62. doi:10.20506 / rst.32.1.2189. PMID 23837373.

[7] Lindstedt BA, Torpdahl M, Vergnaud G, Le Hello S, Weill FX, Tietze E, Malorny B, Prendergast DM, Ní Ghallchoir E, Lista RF, Schouls LM, Söderlund R, Börjesson S, Åkerström S (2013). „Využití multilokusové variabilní tandemové opakované analýzy (MLVA) v osmi evropských zemích, 2012“. Euro Surveill. 18 (4): 20385. PMID 23369388.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]