Monoraphidium neglectum - Monoraphidium neglectum

Monoraphidium neglectum
Vědecká klasifikace Upravit
Kmen:Chlorophyta
Třída:Chlorophyceae
Objednat:Sphaeropleales
Rodina:Selenastraceae
Rod:Monoraphidium
Druh:
M. neglectum
Binomické jméno
Monoraphidium neglectum
Heynig a Krienitz

Monoraphidium neglectum je jediná buňka zelená řasa z rodiny Selenastraceae.[1][2] Existuje zájem o použití M. neglectum pro výrobu biopaliva protože může akumulovat velké množství (až 33% suché hmotnosti buňky) triacylglyceridy (ZNAČKY).[3]

V roce 2013 byl publikován návrh jaderného, ​​mitochondriálního a chloroplastového genomu s odhadovanou jadernou velikostí 68 Mb a přibližně 16 761 genů.[4] Jaderný genom je pravděpodobný diploidní.[4] Mitochondriální genom M. neglectum je 96 kb, což je dvakrát větší než Nannochloropsis gaditana a téměř šestkrát větší než zelená řasa Chlamydomonas reinhardtii, ale obsahuje méně genů.[4][5]

Byla zavedena technika jaderné transformace M. neglectum použitím elektrotransformace jako způsob dodání DNA.[6] Strategie popsaná v této studii, včetně kroku předúpravy k oslabení buněčné stěny[6], může inspirovat budoucí studie s dalšími mikrořasami, jejichž cílem je také stabilní nukleární genetická transformace pomocí elektrotransformace.

Přepis z M. neglectum bylo sekvenováno pomocí Technologie Illumina HiSeq. Pomocí poly-A rybolovu a přístupu vedeného genomem byl transkriptom sestaven do 20 751 genů (tj. Lokusů).[7] Datová sada zahrnuje experiment s časovým průběhem za podmínek vysoké akumulace TAG a následné degradace TAG.[7] Akumulace a degradace TAG byly vyvolány odstraněním dusíku (podmínky -N) a opětovným dodáním dusíku (podmínky NR).[7] Celkově byl transkriptom sekvenován ve 12 časových bodech (t0, 7x-N, 4x NR), čímž byl získán komplexní a vysoce kvalitní soubor dat.[7] Nezpracovaná data (čtení se spárovaným koncem 100 nt) byla uložena na SRA pod přístupovým číslem studie SRA SRP112537.[7] Zpracované údaje jsou k dispozici na http://tdbmn.cebitec.uni-bielefeld.de, při kterém přímý gen a VÝBUCH umožnit vyhledávání pro dolování dat a zkoumat vzorce exprese cílových genů za autotrofních podmínek -N a NR.[7] Dále je možné porovnat expresní vzorce cílových genů M. neglectum s jinými mikrořasami, které byly také vystaveny podmínkám -N k vyvolání akumulace TAG.[7]

Reference

  1. ^ Heynig H, Krienitz L (1982). "Monoraphidium neglectum n. sp. sowie einige Bemerkungen zu den Gattungen Monoraphidium, Chlorolobium und Keratococcus (Chlorococcales) ". Archiv für Protistenkunde (v němčině). 125 (1–4): 335–344. doi:10.1016 / S0003-9365 (82) 80032-8.
  2. ^ Viz NCBI webová stránka na Monoraphidium. Data extrahovaná z „Zdroje taxonomie NCBI“. Národní centrum pro biotechnologické informace. Citováno 2017-03-17.
  3. ^ Jaeger D, Pilger C, Hachmeister H, Oberländer E, Wördenweber R, Wichmann J, Mussgnug JH, Huser T, Kruse O (říjen 2016). „In vivo analýza intracelulárních lipidových kapiček v olejnaté mikrořase Monoraphidium neglectum koherentní Ramanovou rozptylovou mikroskopií bez štítků“. Vědecké zprávy. 6: 35340. doi:10.1038 / srep35340. PMC  5073319. PMID  27767024.
  4. ^ A b C Bogen C, Al-Dilaimi A, Albersmeier A, Wichmann J, Grundmann M, Rupp O, Lauersen KJ, Blifernez-Klassen O, Kalinowski J, Goesmann A, Mussgnug JH, Kruse O (prosinec 2013). „Rekonstrukce metabolismu lipidů u mikrořas Monoraphidium neglectum z jejich genomové sekvence odhaluje vlastnosti vhodné pro výrobu biopaliv.“. BMC Genomics. 14: 926. doi:10.1186/1471-2164-14-926. PMC  3890519. PMID  24373495.
  5. ^ Radakovits R, Jinkerson RE, Fuerstenberg SI, Tae H, Settlage RE, Boore JL, Posewitz MC (únor 2012). "Návrh sekvence genomu a genetická transformace olejnaté řasy Nannochloropis gaditana". Příroda komunikace. 3: 686. doi:10.1038 / ncomms1688. PMC  3293424. PMID  22353717.
  6. ^ A b Jaeger D, Hübner W, Huser T, Mussgnug JH, Kruse O (květen 2017). "Nukleární transformace a funkční genová exprese v olejnaté mikrořase Monoraphidium neglectum". Journal of Biotechnology. 249: 10–15. doi:10.1016 / j.jbiotec.2017.03.011. PMID  28302588.
  7. ^ A b C d E F G Jaeger D, Winkler A, Mussgnug JH, Kalinowski J, Goesmann A, Kruse O (2017-08-14). „Monoraphidium neglectum odhaluje model pro hyperakumulaci triacylglycerolu a lipidů“. Biotechnologie pro biopaliva. 10: 197. doi:10.1186 / s13068-017-0882-1. PMC  5556983. PMID  28814974.

externí odkazy