Sada nástrojů pro molekulární modelování - Molecular Modelling Toolkit

MMTK
Původní autořiKonrad Hinsen
První vydání4. ledna 2000; před 20 roky (2000-01-04)
Stabilní uvolnění
2.7.4 / 28. dubna 2011; Před 9 lety (2011-04-28)
NapsánoKrajta, C.
Operační systémCross-platform
TypBioinformatika
webová stránkadirac.cnrs-orleans.fr/ MMTK/

The Sada nástrojů pro molekulární modelování (MMTK) je open-source softwarový balíček napsaný v Krajta, který plní běžné úkoly v molekulární modelování.[1]

Sada nástrojů pro molekulární modelování je knihovna, která implementuje běžné techniky molekulární simulace s důrazem na biomolekulární simulace. Využívá moderní techniky softwarového inženýrství (objektově orientovaný design, jazyk na vysoké úrovni), aby překonal omezení spojená s velkými monolitickými simulačními programy, které se běžně používají pro biomolekuly. Jeho hlavními výhodami jsou (1) snadné rozšíření a kombinace s jinými knihovnami díky modulárnímu designu knihovny, (2) pro implementaci knihovny i pro aplikační skripty se používá jeden univerzální programovací jazyk na vysoké úrovni (Python), (3 ) použití dokumentovaných a strojově nezávislých formátů pro všechny datové soubory a (4) rozhraní s jinými simulačními a vizualizačními programy.

— Konrad Hinsen, Sada nástrojů pro molekulární modelování: Nový přístup k molekulárním simulacím, [1]

Ke dni 28. dubna 2011MMTK se skládá z přibližně 18 000 řádků kódu Pythonu, 12 000 řádků ručně psaného C kódu a nějakého strojově generovaného C kódu.

Funkce

  • konstrukce molekulárních systémů se speciální podporou proteinů a nukleových kyselin
  • nekonečné systémy nebo periodické okrajové podmínky (ortorombické elementární buňky)
  • běžné geometrické operace na souřadnicích
  • tuhé tělo zapadá
  • vizualizace pomocí externích prohlížečů PDB a VRML; animace trajektorií dynamiky a normálních režimů
  • silové pole AMBER 94 s několika možnostmi řešení elektrostatických interakcí
  • deformační silové pole pro rychlé výpočty normálního režimu na proteinech
  • minimalizace energie (nejstrmější klesání a konjugovaný gradient)
  • molekulární dynamika (s volitelným termostatem, barostatem a omezením vzdálenosti)
  • analýza v normálním režimu
  • trajektorie
  • bodový náboj zapadá
  • výpočty molekulárního povrchu
  • rozhraní k jiným programům

Viz také

Reference

  1. ^ A b Hinsen K (2000). „Sada nástrojů pro molekulární modelování: nový přístup k molekulárním simulacím“. J. Comput. Chem. 21 (2): 79–85. doi:10.1002 / (SICI) 1096-987X (20000130) 21: 2 <79 :: AID-JCC1> 3.0.CO; 2-B.

externí odkazy