Minimotif Miner - Minimotif Miner
 | |
|---|---|
| Obsah | |
| Popis | rozšiřování databáze a významně vylepšené snižování falešně pozitivních předpovědí ze shodných sekvencí. |
| Kontakt | |
| Laboratoř | Sanguthevar Rajasekaran a Martin R. Schiller |
| Autoři | Mi, Tian; Merlin Jerlin Camilus, Deverasetty Sandeep, Gryk Michael R, Bill Travis J, Brooks Andrew W, Lee Logan Y, Rathnayake Viraj, Ross Christian A, Sargeant David P, Strong Christy L, Watts Paula, Rajasekaran Sanguthevar, Schiller Martin R |
| Primární citace | Mi, Tian; Merlin Jerlin Camilus, Deverasetty Sandeep, Gryk Michael R, Bill Travis J, Brooks Andrew W, Lee Logan Y, Rathnayake Viraj, Ross Christian A, Sargeant David P, Strong Christy L, Watts Paula, Rajasekaran Sanguthevar, Schiller Martin R (2012)[1] |
| Datum vydání | 2011 |
| Přístup | |
| webová stránka | http://mnm.engr.uconn.edu http://minimotifminer.org |
Minimotif Miner je program a databáze určená k identifikaci minimotifů v jakémkoli proteinu.[2][3][4] Minimotify jsou krátké souvislé peptidové sekvence, o nichž je známo, že mají funkci alespoň v jednom proteinu. Také se nazývají minimotivy sekvenční motivy nebo krátké lineární motivy nebo SLiMs. Ty jsou obecně omezeny na jeden prvek sekundární struktury a jsou kratší než 15 aminokyselin.
Popis
Funkce mohou být vazebné motivy, které vážou jinou makromolekulu nebo malou sloučeninu, indukují kovalentní modifikaci minimotivu nebo jsou zapojeny do obchodování s bílkovinami proteinu obsahujícího minimotif. Základní premisou Minimotif Mineru je to, že je známo, že krátká peptidová sekvence má funkci v jednom proteinu, může mít podobnou funkci v jiném dotazovaném proteinu. Aktuální vydání databáze MnM 3.0 má ~ 300 000 minimotifů a lze jej vyhledat na webových stránkách.
Existují dva pracovní postupy, které zajímají vědce, kteří používají Minimotif Miner 1) Zadání libovolného dotazovaného proteinu do Minimotif Mineru vrátí tabulku se seznamem minimotifové sekvence a funkcí, které mají sekvenční vzor shodný se sekvencí proteinového dotazu. Ty poskytují potenciální nové funkce v dotazu na bílkoviny. 2) Pomocí pohledu polymorfismus jednoho nukleotidu (SNP) funkce, SNP z dbSNP jsou mapovány v okně sekvence. Uživatel si může vybrat libovolnou sadu SNP a poté identifikovat jakýkoli minimotiv, který je zaveden nebo eliminován SNP nebo mutací. To pomáhá identifikovat minimotivy podílející se na tvorbě rozmanitosti organismu nebo ty, které mohou souviset s onemocněním.
Typické výsledky MnM předpovídají více než 50 nových minimotivů pro dotaz na bílkoviny. Hlavní omezení v tomto typu analýzy spočívá v tom, že nízká sekvenční složitost krátkých minimotifů vytváří falešně pozitivní předpovědi, kde se sekvence vyskytuje v proteinu náhodnou náhodou, a ne proto, že obsahuje předpokládanou funkci. MnM 3.0 zavádí knihovnu pokročilých heuristik a filtrů, které umožňují obrovské snížení falešně pozitivních předpovědí. Tyto filtry využívají složitost minimotivu, lokalizaci povrchu proteinu, molekulární procesy, buněčné procesy, interakce protein-protein a genetické interakce. Nedávno jsme spojili všechny tyto heuristiky do jediného složeného filtru, který významně pokročil směrem k řešení tohoto problému s vysokou přesností predikce minimotif měřenou pomocí srovnávací studie výkonu, která hodnotila jak citlivost, tak specifičnost.
Viz také
Reference
- ^ Mi, Tian; Merlin Jerlin Camilus; Deverasetty Sandeep; Gryk Michael R; Bill Travis J; Brooks Andrew W; Lee Logan Y; Rathnayake Viraj; Ross Christian A; Seržant David P; Silná Christy L; Watts Paula; Rajasekaran Sanguthevar; Schiller Martin R (leden 2012). „Minimotif Miner 3.0: rozšíření databáze a výrazně vylepšené snížení falešně pozitivních předpovědí ze shodných sekvencí“. Nucleic Acids Res. Anglie. 40 (1): D252–60. doi:10.1093 / nar / gkr1189. PMC 3245078. PMID 22146221.
- ^ Schiller, Martin R. (2007). „Minimotif Miner: Výpočtový nástroj pro vyšetřování funkce bílkovin, nemocí a genetické rozmanitosti“. Současné protokoly ve vědě o bílkovinách. 48: 2.12.1–2.12.14. doi:10.1002 / 0471140864.ps0212s48. ISBN 978-0-471-14086-3. PMID 18429315.
- ^ Rajasekaran, Sanguthevar; Balla, Sudha; Gradie, Patrick; Gryk, Michael R .; Kadaveru, Krišna; Kundeti, Vamsi; MacIejewski, Mark W .; Mi, Tian; et al. (2009). „Minimotif miner 2. vydání: databáze a webový systém pro vyhledávání motivů“. Výzkum nukleových kyselin. 37 (Problém s databází): D185–90. doi:10.1093 / nar / gkn865. PMC 2686579. PMID 18978024.
- ^ Balla, Sudha; Thapar, Vishal; Verma, Snigda; Luong, ThaiBinh; Faghri, Tanaz; Huang, Chun-Hsi; Rajasekaran, Sanguthevar; del Campo, Jacob J; Shinn, Jessica H; Mohler, William A; Maciejewski, Mark W; Gryk, Michael R; Piccirillo, Bryan; Schiller, Stanley R; Schiller, Martin R (2006). "Minimotif Miner, nástroj pro zkoumání funkce bílkovin". Přírodní metody. 3 (3): 175–177. doi:10.1038 / nmeth856. PMID 16489333.
Další čtení
- Vyas, Jay; Nowling, Ronald J .; MacIejewski, Mark W .; Rajasekaran, Sanguthevar; Gryk, Michael R .; Schiller, Martin R. (2009). „Navrhovaná syntaxe pro Minimotif Semantics, verze 1“. BMC Genomics. 10: 360. doi:10.1186/1471-2164-10-360. PMC 2733157. PMID 19656396.
- Vyas, Jay; Nowling, Ronald J .; Meusburger, Thomas; Sargeant, David; Kadaveru, Krišna; Gryk, Michael R .; Kundeti, Vamsi; Rajasekaran, Sanguthevar; Schiller, Martin R. (2010). „MimoSA: systém pro anotaci minimotif“. BMC bioinformatika. 11: 328. doi:10.1186/1471-2105-11-328. PMC 2905367. PMID 20565705.
- Kadaveru, Krišna; Vyas, Jay; Schiller, Martin R. (2008). „Virová infekce a lidské choroby - poznatky z minimotifů“. Frontiers in Bioscience. 13 (13): 6455–71. doi:10.2741/3166. PMC 2628544. PMID 18508672.