Shluk metabolických genů - Metabolic gene cluster - Wikipedia

Nesmí být zaměňována s genový shluk nebo operon.

Klastry metabolických genů nebo klastry biosyntetických genů jsou těsně spojené sady většinou nehomologních genů účastnících se společné, diskrétní metabolické dráhy. Geny jsou v genomu fyzicky blízko sebe a jejich exprese je často korigována.[1][2][3] Metabolické genové shluky jsou společné rysy bakteriální[4] a většina plísňový[5] genomy a méně často se vyskytují v jiných[6] organismy. Oni jsou nejvíce široce známý pro výrobu sekundární metabolity, které jsou zdrojem nebo základem většiny farmaceutické přírodní sloučeniny toxiny a chemická komunikace a chemická válka mezi organismy. Klastry metabolických genů se také podílejí na získávání živin, degradaci toxinů,[7] antimikrobiální rezistence a biosyntéza vitamínů.[5]

Reference

  1. ^ Schläpfer P, Zhang P, Wang C, Kim T, Banf M, Chae L a kol. (Duben 2017). „Predikce metabolických enzymů, cest a genových klastrů v rostlinách v celém genomu“. Fyziologie rostlin. 173 (4): 2041–2059. doi:10.1104 / pp.16.01942. PMC  5373064. PMID  28228535.
  2. ^ Miller BL, Miller KY, Roberti KA, Timberlake WE (leden 1987). „Mechanismy závislé na poloze a nezávislé na buňkách regulují buněčně specifickou expresi klastru genu SpoC1 Aspergillus nidulans“. Molekulární a buněčná biologie. 7 (1): 427–34. doi:10.1128 / MCB.7.1.427. PMC  365085. PMID  3550422.
  3. ^ Banf M, Zhao K, Rhee SY (září 2019). „Balíček METACLUSTER-R pro kontextově specifickou analýzu exprese shluků metabolických genů“. Bioinformatika. 35 (17): 3178–3180. doi:10.1093 / bioinformatika / btz021. PMC  6735823. PMID  30657869.
  4. ^ Cimermancic P, Medema MH, Claesen J, Kurita K, Wieland Brown LC, Mavrommatis K a kol. (Červenec 2014). „Pohledy na sekundární metabolismus z globální analýzy prokaryotických biosyntetických genových shluků“. Buňka. 158 (2): 412–421. doi:10.1016 / j.cell.2014.06.034. PMC  4123684. PMID  25036635.
  5. ^ A b Slot JC (2017). „Houbová genová klastrová rozmanitost a evoluce“. Pokroky v genetice. 100: 141–178. doi:10.1016 / bs.adgen.2017.09.005. ISBN  9780128132616. PMID  29153399.
  6. ^ Wisecaver JH, Borowsky AT, Tzin V, Jander G, Kliebenstein DJ, Rokas A (květen 2017). „Globální koexpresní síťový přístup k propojení genů se specializovanými metabolickými cestami u rostlin“. Rostlinná buňka. 29 (5): 944–959. doi:10.1105 / tpc.17.00009. PMC  5466033. PMID  28408660.
  7. ^ Gluck-Thaler E, Slot JC (červen 2018). „Specializovaná rostlinná biochemie podporuje shlukování genů v houbách“. Časopis ISME. 12 (7): 1694–1705. doi:10.1038 / s41396-018-0075-3. PMC  6018750. PMID  29463891.