Marc A. Suchard - Marc A. Suchard

Marc Adam Suchard (narozen 23. prosince 1972 v Kalifornii)[Citace je zapotřebí ] je americký statistik. Je profesorem na katedrách biomatematiky a genetiky člověka v Lékařská fakulta Davida Geffena na UCLA[1] a na katedře biostatistiky na UCLA Fielding School of Public Health na Kalifornské univerzitě v Los Angeles.[1] Byl zvolen jako Člen americké statistické asociace v roce 2012,[2] a obdržel Cena prezidentů COPSS v roce 2013.[3]

Vybrané publikace

  • Suchard, M. A., Weiss, R. E., & Sinsheimer, J. S. (2001). Bayesovský výběr evolučních modelů Markovova řetězce spojitého času. Molecular Biology and Evolution, 18 (6), 1001-1013.[4]
   Ayres DL, Darling A, Zwickl DJ, Beerli P, Holder MT, Lewis PO, Huelsenbeck JP, Ronquist F, Swofford DL, Cummings MP, Rambaut A a Suchard MA. BEAGLE: aplikační programovací rozhraní a vysoce výkonná výpočetní knihovna pro statistickou fylogenetiku. Systematická biologie, v tisku
   Crawford FW, Suchard MA. Pravděpodobnosti přechodu pro obecné procesy narození a úmrtí s aplikacemi v ekologii, genetice a evoluci. Journal of Mathematical Biology, v tisku.
   Bielejec F, Rambaut A, Suchard MA, Lemey P. SPREAD: prostorová fylogenetická rekonstrukce evoluční dynamiky. Bioinformatika, v tisku.
   Weiss RE, Jia J, Suchard MA. Bayesovský model pro společné účinky více prediktorů na smíšené výsledky. Rozhraní Focus, v tisku.
   Faria NR, Suchard MA, Abecasis A, Sousa JD, Ndembi N, Camacho RJ, Vandamme AM, Lemey P. Phylodynamics of the HIV-1 CRF02_AG clade in Cameroon. Infekce, genetika a evoluce, v tisku.
   Edwards CJ, Suchard MA, Lemey P, Welch JJ, Barnes I, Fulton TL, Barnett R, O'Connell TC, Coxon P, Monaghan N, Valdiosera CE, Lorenzen ED, Willerslev E, Baryshnikov GF, Rambaut A, Thomas MG, Bradley DG, Shapiro B. Starověká hybridizace a irský původ pro moderní lední medvěd matriline. Current Biology, 21, 1251-1258, 2011.
   Nelson MI, Lemey P, Tan Y, Vincent A, Lam TTY, Detmer S, Viboud C, Suchard MA, Rambaut A, Holmes EC, Gramer M. Prostorová dynamika viru H1 chřipky typu A v severoamerických prasatech. PLoS Pathogens, e1002077, 2011.
   Zhou H, Lange K a Suchard MA. Jednotky grafického zpracování a vysokodimenzionální optimalizace. Statistická věda, 25, 311-324, 2010
   Tom J, Sinsheimer JS a Suchard MA. Znovu použít, recyklovat, znovu zvážit: boj proti chřipce prostřednictvím účinného sekvenčního Bayesovského výpočtu pro masivní data. Annals of Applied Statistics, 4, 1722-1748, 2010
   Huelsenbeck JP, Alfaro ME, Suchard MA. Biologicky inspirované fylogenetické modely silně překonávají model běžného mechanismu. Systematic Biology, 60, 225-232, 2011
   Edo-Matas D, Lemey P, Tom JA, Serna-Bolea C, van den Blink AE van't Wout AB, Schuitemaker H, Suchard MA. Dopad genetického pozadí hostitele CCR5delta32 a progrese onemocnění na evoluční procesy uvnitř hostitele HIV-1: účinné testování hypotéz prostřednictvím hierarchických fylogenetických modelů. Molecular Biology and Evolution, 28, 1605-1616, 2011.
   Gray RR, Tatem AJ, Johnson JA, Alexseyenko AV, Pybus OG, Suchard MA, Salemi M. Bayesianská fylogenetika bakteriálních genomů: odvození pandemického šíření methicilinu rezistentního Staphylococcus aureus ST239. Molecular Biology and Evolution, 28, 1593-1603, 2011
   Shapiro B, Ho SYW, Drummond AJ, Suchard MA, Pybus OG, Rambaut A. Bayesovská fylogenetická metoda pro odhad neznámých stáří sekvencí. Molecular Biology and Evolution, 28, 879-887, 2011
   Auguste AJ, Lemey P, Pybus OG, Suchard MA, Salas RA, Adesiyun AA, Barrett AD, Tesh RB, Weaver SC, Carrington CV. Udržování viru žluté zimnice v Trinidadu a jeho šíření po celé Americe. Journal of Virology, 84, 9967-9977, 2010
   Talbi C, Lemey P, Suchard MA, Abdelatif E, Jalal N, Echevarria JE, Moron SV, Rambaut A, Campiz N, Tatem AJ, Holmes EC, Bourhy H. Phylodynamics a lidské zprostředkování šíření zoonotického viru. PLoS Pathogens, 6, e1001166, 2010
   Bloomquist EW, Lemey P, Suchard MA. Tři silnice se rozcházely? Směrování k fylogeografickému závěru. Trends in Ecology and Evolution, 25, 626-632, 2010
   Drummond AJ a Suchard MA. Bayesovské náhodné místní hodiny nebo jedna sazba, která by jim vládla všem. BMC Biology, 8, 114, 2010
   Shi B, Kitchen CMR, Weiser B, Mayers D, Foley B, Kimdar K, Anastos K, Suchard MA, Parker M, Brunner C, Burger H. Evoluce a rekombinace genů kódujících rezistenci na HIV-1 a tropismus během antiretrovirové terapie. Virology, 404, 5-20, 2010
   Lemey P, Rambaut A, Welch JJ a Suchard MA. Fylogeografie provádí uvolněnou náhodnou procházku v nepřetržitém prostoru a čase. Molecular Biology and Evolution, 27, 1877-1885
   Firth C, Kitchen A, Shapiro B, Suchard MA, Holmes EC a Rambaut A. Využití časově strukturovaných dat k odhadu evolučních rychlostí dvouvláknových DNA virů. Molecular Biology and Evolution, 27, 2038-2051, 2010
   Suchard MA, Wang Q, Chan C, Frelinger J, Cron A a West M. Porozumění programování GPU pro statistické výpočty: studie v masivně paralelních masivních směsích. Journal of Computational and Graphical Statistics, 19, 418-438, 2010
   Campos PF, Willerslev E, Sher A, Orlando L, Axelsson E, Tikhonov A, Aaris-Sorensen K, Greenwood A, Kahlke RD, Kosintsev P, Krakhmalnaya T, Kuznetsova T, Lemey P, MacPhee R, Norris CA, Shepherd K, Suchard MA, Zazula GD, Shapiro B, Gilbert MTP. Starověké analýzy DNA vylučují člověka jako hybnou sílu dynamiky populace pozdního pleistocenního pižma (Ovibos moschatus). Proceedings of the National Academy of Sciences, USA, 107, 5675-5680, 2010
   Bennett SN, Drummond AJ, Kapan DD, Suchard MA, Muñoz-Jordán JL, Pybus OG, Holmes EC a Gubler DJ. Epidemická dynamika odhalená ve vývoji dengue. Molecular Biology and Evolution, 27, 811-818, 2010
   Bloomquist EW a Suchard MA. Sjednocující vertikální a non-vertikální vývoj: stochastický rámec založený na ARG. Systematic Biology, 59, 27 - 41, 2010
   Lemey P, Rambaut A, Drummond AJ a Suchard MA. Bayesiánská fylogeografie nachází své kořeny. PLoS Computational Biology, 5, e1000520, 2009
   Liang LJ, Weiss RE, Redelings B a Suchard MA. Vylepšení fylogenetických analýz začleněním dalších informací z databází genetických sekvencí. Bioinformatics, 25, 2530 - 2536, 2009
   Suchard MA a Rambaut A. Mnohojádrové algoritmy pro statistickou fylogenetiku. Bioinformatics, 25, 1370-1376, 2009.
   O'Brien JD, Minin VN a Suchard MA. Naučit se počítat: robustní odhady značených vzdáleností mezi molekulárními sekvencemi. Molecular Biology and Evolution, 26, 801-814, 2009.
   Drummond AJ a Suchard MA. Plně Bayesovské testy neutrality pomocí genealogických souhrnných statistik. BMC Evolutionary Biology, 9, 68, 2008.
   McBride AJ, Cerqueira GM, Suchard MA, Moreira AN, Zuerner RL, Reis MG, Haake DA, Ko AI a Dellagostin OA. Zachování sekvence genů podobných leptospirovým imunoglobulinům (Lig) v patogenních Leptospria spp. Infekce, genetika a evoluce, v tisku.
   Bloomquist EW, Dorman KS a Suchard MA. Stepbrothers: odvození částečně sdíleného původu mezi rekombinantní virové sekvence. Biostatistics, 10, 106-120, 2009.
   Kitchen CMR, Marconi V, Kuritzkes D, Bloomquist EW, Deeks SG a Suchard MA. Obousměrné Bayesovské hierarchické fylogenetické modely: aplikace na společný vývoj gp120 a gp41 během částečných přerušení léčby enfuvirtidem. Computational Statistics and Data Analysis, 53, 766-775, 2009.
   Minin VN a Suchard MA. Rychlé, přesné stochastické mapování bez simulace. Philosophical Transactions of the Royal Society, Series B, 363, 3985-3995, 2008.
   Alekseyenko A, Lee C a Suchard MA. Wagner a Dollo: stochastický duet složením dvou zlomyslných sól. Systematic Biology, 57, 772-784, 2008.
   O'Brien JD, She ZA a Suchard MA. Datování doby divergence virového podtypu. BMC Evolutionary Biology, 8, 172, 2008.
   Minin VN, Bloomquist EW a Suchard MA. Hladká jízda přes drsné panorama: Bayesovská koalescenční inference populační dynamiky. Molecular Biology and Evolution, 25, 1459-1471, 2008.
   Ferreira MAR a Suchard MA. Bayesiánská analýza uplynulých časů v Markovových řetězcích s kontinuálním časem. Canadian Journal of Statistics, 26, 355-368, 2008.
   Suchard MA, Lange K a Sinsheimer JS. Účinnost produkce bílkovin z mRNA. Journal of Statistical Theory and Practice, 2, 173-182, 2008.
   Wong KM, Suchard MA a Huelsenbeck JP. Nejistota zarovnání a genomická analýza. Science, 319, 473-476,2008.
   Minin VN a Suchard MA. Počítání označených přechodů v Markovových evolučních modelech kontinuálního času. Journal of Mathematical Biology, 56, 391-412, 2008.
   Su F, Lang J, Kumar A, Ng C, Hsieh B, Suchard MA, Reddy ST a Farias-Eisner R. Ověření kandidátních biomarkerů rakoviny vaječníků pro včasnou detekci. Biomarkers Insight, 2, 367-375, 2007.
   Stevenson B, Choy HA, Pinne M, Rotondi ML, Miller MC, DeMoll E, Kraiczy P, Colley AE, Creamer TP, Suchard MA, Brissttee CA, Verma A a Haake DA. Leptospira interrgans proteiny vnější membrány podobné endostatinu váží hostitelský fibronektin, laminin a regulátory komplementu. PLoS ONE, 2, e1188, 2007.
   Stanczak CM, Chen Z, Nelson SF, Suchard MA, McCabe ERB a McGhee S. Reprezentativní analýza microarray olgionukleotidů (ROMA) a srovnání metod analýzy binningu a změny bodu změny: aplikace na detekci symonů del22q11.2 (DiGeorge). Human Mutation, 29, 176-181, 2007.
   Seeram NP, Aronson WJ, Zhang Y, Henning SM, Moro A, Lee R, Sartippour M, Harris DM, Rettig MB, Suchard MA, Pantuck AJ, Belldegrun A a Heber D. Metabolity odvozené od ellagitanninu odvozené z granátového jablka inhibují růst rakoviny prostaty a lokalizují se na myší prostata. Journal of Agriculture and Food Chemistry, 55, 7732-7737, 2007.
   Huelsenbeck JP a Suchard MA. Neparametrická metoda pro přizpůsobení a testování variací rychlosti mezi weby. Systematic Biology, 56, 975-987, 2007.
   Redelings BD a Suchard MA. Začlenění informací indel do odhadu fylogeneze pro rychle se objevující patogeny. BMC Evolutionary Biology, 7, 40, 2007.
   Minin VN, Dorman KS, Fang F a Suchard MA. Fylogenetické mapování rekombinačních hotspotů ve viru lidské imunodeficience prostorově vyhlazenými procesy změny bodu. Genetics, 175, 1773-1785, 2007.
   Fang F, Ding J, Minin VN, Suchard MA a Dorman KS. cBrother: uvolnění předpokladů rodičovských stromů pro detekci Bayesovské rekombinace. Bioinformatics, 23, 507-508, 2007.
   Liao JC, Mastali M, Li Y, Gau V, Suchard MA, Babbitt J, Gornbein G, Landaw EM, McCabe ERB, Churchill BM a Haake DA. Vývoj pokročilého elektrochemického biosenzoru DNA pro detekci bakteriálních patogenů. Journal of Molecular Diagnostics, 9, 158-168, 2007.
   Guo H, Weiss RE, Gu X a Suchard MA. Čas na druhou: opakovaná opatření na fylogenezích. Molecular Biology and Evolution, 24: 353-362, 2007.
   Kitchen CMR, Lu J, Suchard MA, Hoh R, Martin JN, Kuritzkes DR a Deeks SG. Pokračující vývoj gp41 po přerušení enfuvirtidu u subjektů s pokročilým onemocněním HIV-1. AIDS Research and Human Retroviruses, 22: 1260-1266, 2006.
   Seeram NP, Henning SM, Adams LS, Zhang Y, Suchard MA, Li Z a Heber D. Metabolity ellagitanniny ze šťávy z granátového jablka jsou přítomny v lidské plazmě a některé přetrvávají v moči až 48 hodin. Journal of Nutrition, 136: 2481-2485, 2006.
   Suchard MA a Redelings BD. Bali-Phy: současný Bayesiánský odhad sladění a fylogeneze. Bioinformatics, 22: 2047-2048, 2006.
   Milane MS, Suchard MA, Wong M-L a Licinio J. Modelování časových vzorců receptů fluoxetinu a míry sebevražd ve Spojených státech. PLoS Medicine, 3: e190, 2006.
   Liao JC, Mastali M, Gau V, Suchard MA, Moeller AK, Bruckner DA, Babbitt JT, Li Y, Gornbein J, Landaw EM, McCabe ERB, Churchill BM a Haake DA. Využití elektrochemických biosenzorů DNA pro rychlou molekulární identifikaci uropatogenů v klinických vzorcích moči. Journal of Clinical Microbiology, 44: 561-570, 2006.
   Minin VN, Dorman KS, Fang F a Suchard MA. Duální model s vícenásobným bodem změny vede k přesnější detekci rekombinace. Bioinformatics, 21: 3034-3042, 2005.
   Suchard MA, Weiss RE a Sinsheimer JS. Modely pro odhad Bayesových faktorů s aplikacemi na fylogenezi a testy monofilie. Biometrie, v tisku.
   Suchard MA. Stochastické modely pro horizontální přenos genů: náhodná procházka stromovým prostorem. Genetics, 170: 419-431, 2005.
   Redelings BD a Suchard MA. Společný Bayesiánský odhad sladění a fylogeneze. Systematická biologie, 2005.
   Vongtama R, Lee M, Kim B, Sercarz J, Lin K, Suchard MA, Lee SP, Guillard G. Včasná nodální odpověď jako prediktor nezbytnosti funkční disekce krku, The Cancer Journal, v tisku.
   Kitchen CMR, Philpott S, Burger H, Weiser B, Anastos K a Suchard MA. Vývoj využití koreceptorů viru lidské imunodeficience typu 1 během antiretrovirové terapie: Bayesovský přístup, Journal of Virology, 78: 11296-11302, 2004
   Yildiz BO, Suchard MA, Veldhuis JD, Wong M-L, McCann SM a Licino J. Alternations in dynamics of cirkulující ghrelin, adiponectin and leptin in human obezity, Proceedings of the National Academy of Sciences, USA, 101: 10435-10439, 2004.
   Haake DA, Suchard MA, Kelley MM, Dundoo M, Alt DP a Zuerner RL. Molekulární evoluce a mozaicismus leptospirových proteinů vnější membrány zahrnuje horizontální přenos DNA, Journal of Bacteriology, 186: 2818-2828, 2004
   Suchard JR, Suchard MA a Steinfeldt JL. Znalosti lékařů o bylinných toxicitách a nežádoucích lékových interakcích, European Journal of Emergency Medicine, 11: 193-197, 2004.
   Sinsheimer JS, Suchard MA, Dorman KS, Fang F a Weiss RE. Jsi moje matka? Bayesovské fylogenetické modely k detekci rekombinace mezi domnělými rodičovskými kmeny, Applied Bioinformatics 2: 131-144, 2003.
   Suchard MA, Kitchen CMR, Sinsheimer JS a Weiss RE. Hierarchické fylogenetické modely pro analýzu údajů o vícedílných sekvencích, Systematic Biology 52: 649-664, 2003.
   Paraskevis D, Lemey P, Salemi M, Suchard M, Van der Peer Y a Vandamme A. Analýza evolučních vztahů sekvencí HIV-1 a SIVcpz pomocí Bayesiánského závěru: důsledky pro původ HIV-1, Molekulární biologie a evoluce 20 : 1986-1996, 2003.
   Suchard MA, Weiss RE, Sinsheimer JS, Dorman KS, Patel M a McCabe ERB. Evoluční podobnost mezi geny, Journal of the American Statistical Association 98: 653-662, 2003.
   D'Orsogna MR, Suchard MA a Chou T. Souhra chemotaxe a mechanismů chemokineze v bakteriální dynamice, Physical Review E 68, 021925, 2003.
   Suchard MA, Weiss RE, Dorman KS a Sinsheimer JS. Odvození prostorové fylogenetické variace podél nukleotidových sekvencí: model vícenásobného bodu změny, Journal of the American Statistical Association 98: 427-437, 2003.
   Suchard MA, Weiss RE a Sinsheimer JS. Testování molekulárních hodin bez outgroup: derivace indukovaných priorit na omezení délky větví v Bayesiánském rámci, Systematic Biology 52: 48-54, 2003.
   Chan JL, Blueher S, Yiannakouris N, Suchard MA, Kratzch J a Mantzoros CS. Regulace cirkulujících hladin rozpustného leptinového receptoru podle pohlaví, adipozity, pohlavních steroidů a leptinu: observační a intervenční studie u lidí. Diabetes 51: 2105-2112, 2002.
   Suchard MA, Weiss RE, Dorman KS a Sinsheimer JS. Ó bratře, kde jsi? Bayesův faktorový test na rekombinaci s nejistým dědictvím, Systematic Biology 51: 715-728, 2002.
   Suchard MA, Bailey JN, Elashoff DE a Sinsheimer JS. SNPing Away na kandidátských genech. Genetic Epidemiology 21: S643-S648, 2001.
   Mantzoros CS, Ozata M, Negrao AB, Suchard MA a kol. Synchronicita často vzorkovaných koncentrací TSH a leptinu u zdravých dospělých a subjektů s nedostatkem leptinu: důkazy o možné částečné regulaci TSH leptinem u lidí. Journal of Clinical Endocrinology and Metabolism 86: 3284-3291, 2001.
   Suchard MA, Weiss RE a Sinsheimer JS. Bayesiánský výběr evolučních modelů Markovova řetězce s kontinuálním časem, Molecular Biology and Evolution 18: 1001-1013, 2001.
   Suchard MA. Akromioklavikulární a ramenní klouby (originální umělecká díla), Journal of the American Medical Association 285: 2248 a obálka (květnové vydání, vydání studenta medicíny), 2001.
   Flechtner-Mors M, Ditschuneit TD, Johnson TD, Suchard MA a Adler G. Metabolické účinky a úbytek hmotnosti při dlouhodobé dietní intervenci u obézních pacientů: výsledky za čtyři roky. Obesity Research 8: 399-402, 2000.
   Chitnavis J, Sinsheimer JS, Suchard MA, Clipsham K a Carr AJ. Konečná fáze koxartrózy a gonartrózy: etiologie, klinické vzorce a radiologické rysy idiopatické osteoartrózy. Rheumatology 39: 612-619, 2000.
   Bailey JN, Suchard MA, Smalley SL a Sinsheimer JS. Vyhledejte gen interakcí s prostředím: lov GXE. Genetic Epidemiology 17: S491-S496, 1999.
   Suchard MA, Yudkin P a Sinsheimer JS. Jsou praktičtí lékaři ochotni a schopni poskytovat genetické služby pro běžné nemoci? Journal of Genetic Counseling 8: 301-311, 1999.
   Názory Sucharda MA, Yudkina P, Sinsheimera JS a Fowlera G. Praktičtí lékaři na genetický screening běžných onemocnění. British Journal of General Practitioners 49: 45-46, 1999.
   Deloukas P, et. al. Fyzická mapa 30 000 lidských genů. Science 282: 744-746, 1998.
   Suchard MA, Hadfield R, Elliot T a Kennedy S. Kromě poskytování informací: internet jako nástroj výzkumu v reprodukční medicíně. Lidská reprodukce 13: 6-7, 1998.
   Rose PW a Suchard MA. Je důležité vzít si rodinnou anamnézu do primární péče. British Medical Journal 315: 1306, 1997.
   Suchard MA, Adamson S a Kennedy S. Pilotování postojových průzkumů pacientů na webu. British Medical Journal 315: 529, 1997.

[5]

Ocenění

Reference

  1. ^ A b „Výzkumný profil UCLA Marca Sucharda“.
  2. ^ Seznam členů ASA, Americká statistická asociace, archivovány z originál dne 2017-12-01, vyvoláno 2017-11-02
  3. ^ A b Příjemci ceny minulých prezidentů Archivováno 01.07.2015 v Wayback Machine
  4. ^ Marc A. Suchard, Robert E. Weiss a Janet S. Sinsheimer (5. února 2001). „Bayesiánský výběr evolučních modelů Markovova řetězce kontinuálního času“. Oxford Journals - Molecular Biology and Evolution. Citováno 2013-08-15.
  5. ^ https://msuchard.faculty.biomath.ucla.edu/
  6. ^ A b "Mitchellova cena | Mezinárodní společnost pro bayesiánskou analýzu". International Society for Bayesian Analysis. Archivovány od originál dne 15. 8. 2013. Citováno 2013-08-15.
  7. ^ „Marc A. Suchard - John Simon Guggenheim Memorial Foundation“. John Simon Guggenheim Memorial Foundation. Archivovány od originál dne 15. 8. 2013. Citováno 2013-08-15.
  8. ^ „Nadace Alfreda P. Sloana“. Physics.rutgers.edu. Citováno 2013-08-15.
  9. ^ „Vysoké školy - Los Angeles Times“. Los Angeles Times. 1995-01-25. Citováno 2013-08-15.