Smyčková entropie - Loop entropy
![]() | Tento článek má několik problémů. Prosím pomozte vylepši to nebo diskutovat o těchto otázkách na internetu diskusní stránka. (Zjistěte, jak a kdy tyto zprávy ze šablony odebrat) (Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony)
|
Smyčková entropie je entropie ztraceno po spojení dvou zbytky a polymer v předepsané vzdálenosti. U jedné smyčky se entropie logaritmicky mění s počtem zbytků ve smyčce
kde je Boltzmannova konstanta a je koeficient, který závisí na vlastnostech polymeru. Tento entropický vzorec odpovídá a rozdělení moci a zákona pro pravděpodobnost kontaktu reziduí.
Entropie smyčky se může také lišit podle polohy kontaktních zbytků. Zbytky blízko konců polymeru jsou s větší pravděpodobností v kontaktu (kvantitativně mají nižší ) než ty ve středu (tj. daleko od konců), primárně kvůli vyloučené objemové efekty.
Wang-Uhlenbeckova entropie
Smyčkový entropický vzorec se komplikuje s vícenásobnými smyčkami, ale může být určen pro Gaussův polymer pomocí a matice metoda vyvinutá Wangem a Uhlenbeckem. Ať tam bude kontakty mezi zbytky, které definují smyčky polymerů. Wang-Uhlenbeckova matice je symetrická, skutečná matice, jejíž prvky stejný počet společných zbytků mezi smyčkami a . Entropie vytváření zadaných kontaktů se rovná
Jako příklad zvažte entropii ztracenou při navazování kontaktů mezi zbytky 26 a 84 a zbytky 58 a 110 v polymeru (srov. ribonukleáza A ). První a druhá smyčka mají délky 58 (= 84-26) a 52 (= 110-58) a mají společné 26 (= 84-58) zbytků. Odpovídající Wang-Uhlenbeckova matice je
jehož určující je 2340. Vezmeme-li logaritmus a vynásobíme konstanty dává entropii.
Reference
- Wang, M. C., a Uhlenbeck, G. E. (1945). K teorii Brownova pohybu II. Recenze moderní fyziky, 17(2-3), 323.[1]
![]() | Tento článek o polymerní věda je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to. |