Seznam dlouhých nekódujících databází RNA - List of long non-coding RNA databases

Tohle je seznam dlouhé nekódující RNA databáze, které poskytují informace o lncRNA.[1][2]

Dlouhé nekódující databáze RNA

názevPopisReference
deepBaseIdentifikace, vyjádření, vývoj a funkce dlouhé nekódující RNA (LncRNA), malé RNA a kruhové RNA z údajů o hlubokém sekvenování[3]
LNCipediaKomplexní výtah z člověk dlouhé nekódující RNA.[4][5]
lncRNAdbReferenční databáze pro funkční dlouhé nekódující RNA.[6]
LncRNAWikiWiki založená, veřejně editovatelná a otevřená platforma pro komunitní kuraci lidských dlouhých nekódujících RNA (lncRNA)[7]
LncBookKomplexní sbírka 270 044 lidských lncRNA a systematické ošetřování anotací lncRNA pomocí multiemické integrace dat, anotace funkcí a asociace nemocí[8]
MONOCLdbDatabáze MOn NOnCode Lung poskytuje anotace a profily exprese myších dlouhých nekódujících RNA (lncRNA) zapojených do chřipka a SARS-CoV infekce.
BEZ KÓDUIntegrovaná znalostní databáze věnovaná ncRNA, zejména lncRNA[9]
lncRomeKomplexní prohledávatelná biologicky orientovaná znalostní databáze pro dlouhé nekódující RNA u lidí.
NREDDatabáze dlouhé nekódující exprese RNA.[10]
C-It-LociNástroj k prozkoumání a porovnání profilů exprese konzervovaných lokusů mezi různými tkáněmi ve třech organismech

[11]

MiTranscriptomeKatalog lidských dlouhých polyadenylovaných transkriptů RNA odvozených z výpočetní analýzy vysoké propustnosti RNA -Seq data z více než 6500 vzorků, zahrnujících různorodé rakovina a tkáň typy[12]
slncky Prohlížeč EvolutionTato stránka obsahuje zarovnání a evoluční metriky konzervovaných lncRNA.[13]
Sčítání rakoviny LncRNA (CLC)Databáze dlouhodobě nekódujících RNA, které se kauzálně podílejí na rakovině in vivo, in vitro a další důkazy.[14]
VELKÝ transkriptomVysoká spolehlivost kódujících a nekódujících transkriptomů sestavených se stovkami pseudovláknových a řetězcových datových sad RNA-seq.[15]

Reference

  1. ^ Rinn, J. L .; Chang, H. Y. (2012). „Regulace genomu dlouhými nekódujícími RNA“. Roční přehled biochemie. 81: 145–166. doi:10.1146 / annurev-biochem-051410-092902. PMC  3858397. PMID  22663078.
  2. ^ Martin, L .; Chang, H. Y. (2012). „Odhalení role genomové„ temné hmoty “při nemoci člověka“. Journal of Clinical Investigation. 122 (5): 1589–1595. doi:10.1172 / JCI60020. PMC  3336981. PMID  22546862.
  3. ^ Zheng, LL; Li, JH; Wu, J; Sun, WJ; Liu, S; Wang, ZL; Zhou, H; Yang, JH; Qu, LH (4. ledna 2016). "deepBase v2.0: identifikace, exprese, evoluce a funkce malých RNA, LncRNA a kruhových RNA z dat s hlubokým sekvenováním". Výzkum nukleových kyselin. 44 (D1): D196–202. doi:10.1093 / nar / gkv1273. PMC  4702900. PMID  26590255.
  4. ^ Volders, P. -J .; Helsens, K .; Wang, X .; Menten, B .; Martens, L .; Gevaert, K ​​.; Vandesompele, J .; Mestdagh, P. (2012). "LNCipedia: Databáze anotovaných lidských transkriptových sekvencí a struktur lncRNA". Výzkum nukleových kyselin. 41 (Problém s databází): D246 – D251. doi:10.1093 / nar / gks915. PMC  3531107. PMID  23042674.
  5. ^ Volders, P. J .; Verheggen, K; Menschaert, G; Vandepoele, K; Martens, L; Vandesompele, J; Mestdagh, P (2015). „Aktualizace na LNCipedia: Databáze anotovaných lidských sekvencí lncRNA“. Výzkum nukleových kyselin. 43 (Problém s databází): D174–180. doi:10.1093 / nar / gku1060. PMC  4383901. PMID  25378313.
  6. ^ Amaral, P. P .; Clark, M. B .; Gascoigne, D. K .; Dinger, M.E .; Mattick, J. S. (2010). "LncRNAdb: Referenční databáze pro dlouhé nekódující RNA". Výzkum nukleových kyselin. 39 (Problém s databází): D146 – D151. doi:10.1093 / nar / gkq1138. PMC  3013714. PMID  21112873.
  7. ^ Ma, Lina; Li, Ang; Zou, Dong; Xu, Xingjian; Xia, Lin; Yu, červen; Bajic, Vladimir B .; Zhang, Zhang (2015). „LncRNAWiki: využití znalostí komunity při společné práci s lidskými dlouhými nekódujícími RNA“. Výzkum nukleových kyselin. 43 (Problém s databází): D187 – D92. doi:10.1093 / nar / gku1167. PMC  4383965. PMID  25399417.
  8. ^ Ma, Lina; Cao, Jiabao; Liu, Lin; Du, Qiang; Li, Zhao; Zou, Dong; Bajic, Vladimir B .; Zhang, Zhang (2019). „LncBook: upravená znalostní databáze lidských dlouhých nekódujících RNA“. Výzkum nukleových kyselin. 47 (Problém s databází): D128 – D134. doi:10.1093 / nar / gky960. PMC  6323930. PMID  30329098.
  9. ^ Bu, D .; Yu, K .; Sun, S .; Xie, C .; Skogerbø, G .; Miao, R .; Xiao, H .; Liao, Q .; Luo, H .; Zhao, G .; Zhao, H .; Liu, Z .; Liu, C .; Chen, R .; Zhao, Y. (2011). „NONCODE v3.0: Integrativní anotace dlouhých nekódujících RNA“. Výzkum nukleových kyselin. 40 (Problém s databází): D210 – D215. doi:10.1093 / nar / gkr1175. PMC  3245065. PMID  22135294.
  10. ^ Dinger, M.E .; Pang, K. C .; Mercer, T. R .; Crowe, M. L .; Grimmond, S. M .; Mattick, J. S. (2009). „NRED: Databáze dlouhé nekódující RNA exprese“. Výzkum nukleových kyselin. 37 (Problém s databází): D122 – D126. doi:10.1093 / nar / gkn617. PMC  2686506. PMID  18829717.
  11. ^ Weirick, T .; David, J .; Stefanie, D .; Uchida, S. (2015). „C-It-Loci: znalostní databáze pro tkáně obohacené lokusy“. Bioinformatika. 31 (21): 3537–3543. doi:10.1093 / bioinformatika / btv410. PMID  26163692.
  12. ^ Iyer, Matthew K .; Niknafs, Yashar S .; Malik, Rohit; Singhal, Udit; Sahu, Anirban; Hosono, Yasuyuki; Barrette, Terrence R .; Prensner, John R .; Evans, Joseph R. (březen 2015). „Krajina dlouhých nekódujících RNA v lidském transkriptomu“. Genetika přírody. 47 (3): 199–208. doi:10,1038 / ng.3192. ISSN  1546-1718. PMC  4417758. PMID  25599403.
  13. ^ Chen, Jenny; Shishkin, Alexander A .; Zhu, Xiaopeng; Kadri, Sabah; Maza, Itay; Guttman, Mitchell; Hanna, Jacob H .; Regev, Aviv; Garber, Manuel (02.02.2016). „Evoluční analýza napříč savci odhaluje odlišné třídy dlouhých nekódujících RNA“. Genome Biology. 17: 19. doi:10.1186 / s13059-016-0880-9. ISSN  1474-760X. PMC  4739325. PMID  26838501.
  14. ^ Carlevaro-Fita, Joana; Lanzós, Andrés; Feuerbach, Lars; Hong, Chen; Mas-Ponte, David; Skou Pedersen, Jakob; Johnson, Rory (2020). „Sčítání rakoviny LncRNA odhaluje důkazy o hluboké funkční konzervaci dlouhých nekódujících RNA v tumorigenezi“. Komunikační biologie. 3. doi:10.1038 / s42003-019-0741-7.
  15. ^ Ty, Bo-Hyun; Yoon, Sang-Ho; Nam, Jin-Wu (01.06.2017). „Vysoce spolehlivé kódování a nekódování transkriptomových map“. Výzkum genomu. 27 (6): 1050–1062. doi:10,1101 / gr. 214288,116. ISSN  1088-9051. PMC  5453319. PMID  28396519.