KIAA0090 - KIAA0090

KIAA0090 je člověk gen kódování pro a protein neznámé funkce.[1] KIAA0090 má dva aliasy OTTHUMP00000002581 a RP1-43E13.1. Gen kóduje více variant transkriptu, které lze lokalizovat do různých subcelulárních kompartmentů. KIAA0090 interaguje s více efektorovými proteiny. KIAA0090 obsahuje konzervovanou COG1520 WD40 podobnou opakovanou doménu považovanou za metodu takové interakce.

Charakterizace genu KIAA0090 a jeho transkriptových produktů

Obrázek 1: Grafické shrnutí sousedství genů KIAA0090, oblastí propagace, exonů / intronů a variantních transkriptových produktů

KIAA0090 je umístěn na chromozomu jeden v p rameni v místě 1p36.132.[2] Pokrývá 36,74 kb, od párů bází 19451486 až 19414744. Gen se skládá z 37 gt-at intronů / alternativních intronů s 57 exony exprimovanými v 1 nesestříhané formě 4253 bp a 20 alternativně sestřižených formách různé délky.[3] Gen má 8 pravděpodobných promotorů.[4] Gen je lemován UBR4 napravo a MRTO4 nalevo.[1] Tato informace je graficky zobrazena v Obrázek 1.

Vyjádřené značky sekvence a izolované cDNA klony naznačují, že KIAA0090 je exprimován všudypřítomně v nízké až střední hladině v celém těle.[5] To zahrnuje mimo jiné varlata, jazyk, plíce, mozeček, mozek, mléčnou žlázu, průdušnici, placentu, jícn, slinnou žlázu, mozek, hipokampus, amygdale, kostní dřeň, thalamus, slezinu, dělohu, brzlík, ledviny, oko, srdce, žlučník, prostata, játra, příštítná tělíska, vaječník, žaludek, kosterní svalstvo, tlusté střevo, slinivka břišní a kůže. Vyjádření změn KIAA0090 v průběhu vývoje (embryogeneze, plod, dospělý atd.) a během karcinogeneze. Důkazy naznačují korelaci mezi podmínkami a úrovní exprese, ale neexistují žádné údaje, které by naznačovaly, že KIAA0090 je zodpovědný za jakékoli onemocnění nebo fázi vývoje.

The mRNA pro tento gen kóduje 18 proteinových izoforem6. Zbývající 3 varianty sestřihu nemají žádný důkaz podporující jejich schopnost překladu.

Charakterizace proteinového produktu KIAA0090

Analýza ukazuje, že produkt proteinu KIAA0090 bez plátků je 993 aminokyseliny dlouho s izoelektrický bod 7 418 a a molekulární váha z 111765,73 daltonů.[6][7] Primární struktura tohoto proteinu obsahuje 4 konzervované domény.[8] To zahrnuje signální peptid od pozice 1 do 22, doménu podobnou COG1520 WD40, doménu leucinového zipu, doménu DUF1620 (doména neznámé funkce) a transmembránovou doménu. Ty lze zobrazit v Obrázek 2. Několik konzervovaných cysteinových zbytků je přítomno na pozicích 226 235, 335, 364 449, 581, 675, 925 a 985.[9] Existuje také několik interních lokalizačních signálů.[10][11][12][13][14] V závislosti na výsledku sestřihu a posttranslační modifikaci tyto další signály naznačují, že by se protein mohl lokalizovat do peroxisomu, plazmatické membrány, mimo buňku, cytosolu, jádra nebo mitochondrií.

Obrázek 2: Komentovaná proteinová mapa KIAA0090 s doménovou rezidencí a funkcí

Může dojít k posttranslační úpravě KIAA0090. 54 možných stránek fosforylace existovat; 33 serinů, 10 threoninů a 11 tyrosinů.[15] 3 místa N-vázané glykosylace jsou přítomna ve zbytcích 370, 818 a 913[16] Signální peptid může být štěpen mezi zbytky 21 a 22.[13]

Obrázek 3: Koncepční překlad KIAA0090 s doménami, místy fosforylace, místy N-vázané glykosylace a signálním peptidem.

Tyto informace jsou graficky zobrazeny v Obrázek 3. Struktura nad rámec primární zůstává predikativní. Bioinformatická analýza poskytuje konsenzuální data, která se také zobrazují v Obrázek 3.[17][18] Protein je vysoce konzervovaný v eukaryotech jak v mnohobuněčných, tak v jednobuněčných organismech. Patří sem mimo jiné zvířata, rostliny, houby a prvoci.

Obrázek 4: Interakce s proteiny KIAA0090

Doména COG1520 podobná WD40 je pouze identifikovanou funkční efektorovou doménou KIAA0090. Proteiny obsahující WD40 jsou signální měniče zapojené do transdukce signálů na vazebné faktory, centromery a další efektory.[19] Coimmunoprecipitační experimenty prokázaly interakci KIAA0090 s těmito typy proteinů; konkrétně centromerický protein CENPH, BAX Inhibitor TMBI4, ADP ribosylační faktor ARF6, kináza TNIK a transkripční represor T22D1.[20] Počet variant sestřihu naznačuje, že tento seznam pravděpodobně není definitivní. Jakmile bude dokončena další charakterizace, lze očekávat další interakce.

Reference

  1. ^ A b „Enterez Gene, KIAA0090“. NCBI. Březen 2010. Citováno 2010-03-21.
  2. ^ „Enterez Nucleotide, KIAA0090“. NCBI. Duben 2010. Citováno 2010-04-23.
  3. ^ "Aceview". NCBI. Duben 2010. Citováno 2010-04-23.
  4. ^ Genomatix. „El Dorado, KIAA0090“. Genomatix. Citováno 2010-05-10.
  5. ^ „Unigene, KIAA0090“. NCBI. Březen 2010. Citováno 2010-04-05.
  6. ^ AASTATY; Jack Kramer, 1990. http://seqtool.sdsc.edu Archivováno 11.08.2003 na Wayback Machine Zpřístupněno 21. dubna 2010
  7. ^ PI; Program Dr. Luca Toldo, vyvinutý v http://www.embl-heidelberg.de. Změněno Bjoernem Kindlerem, aby se vytiskl také nejnižší nalezený čistý poplatek. http://seqtool.sdsc.edu Archivováno 11.08.2003 na Wayback Machine Zpřístupněno 22. dubna 2010
  8. ^ „Genové karty“. Citováno 2010-02-14.
  9. ^ Brendel V, Bucher P, Nourbakhsh IR, Blaisdell BE, Karlin S (březen 1992). "Metody a algoritmy pro statistickou analýzu proteinových sekvencí". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 89 (6): 2002–6. doi:10.1073 / pnas.89.6.2002. PMC  48584. PMID  1549558.
  10. ^ Horton P, Park KJ, Obayashi T, Fujita N, Harada H, Adams-Collier CJ, Nakai K (červenec 2007). „WoLF PSORT: prediktor lokalizace proteinů“. Nucleic Acids Res. 35 (Problém s webovým serverem): W585–7. doi:10.1093 / nar / gkm259. PMC  1933216. PMID  17517783.
  11. ^ la Cour T, Kiemer L, Mølgaard A, Gupta R, Skriver K, Brunak S (červen 2004). „Analýza a předpověď jaderných exportních signálů bohatých na leucin“. Protein Eng. Des. Sel. 17 (6): 527–36. doi:10,1093 / protein / gzh062. PMID  15314210.
  12. ^ Bendtsen JD, Jensen LJ, Blom N, Von Heijne G, Brunak S (duben 2004). „Predikce neklasické a bezvodé sekrece proteinů založená na vlastnostech“. Protein Eng. Des. Sel. 17 (4): 349–56. doi:10,1093 / protein / gzh037. PMID  15115854.
  13. ^ A b Bendtsen JD, Nielsen H, von Heijne G, Brunak S (červenec 2004). "Vylepšená predikce signálních peptidů: SignalP 3.0". J. Mol. Biol. 340 (4): 783–95. CiteSeerX  10.1.1.165.2784. doi:10.1016 / j.jmb.2004.05.028. PMID  15223320.
  14. ^ Gupta R, Brunak S (2002). „Predikce glykosylace v lidském proteomu a korelace s funkcí proteinu“. Pac Symp Biocomput: 310–22. doi:10.1142/9789812799623_0029. PMID  11928486.
  15. ^ Blom N, Gammeltoft S, Brunak S (prosinec 1999). "Posloupnost a struktura založená na predikci míst fosforylace eukaryotických proteinů". J. Mol. Biol. 294 (5): 1351–62. doi:10.1006 / jmbi.1999.3310. PMID  10600390.
  16. ^ NetNGlyc; Predikce N-glykosylačních míst v lidských proteinech. R. Gupta, E. Jung a S. Brunak. V přípravě, 2004. http://www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/ Zpřístupněno 20. dubna 2010.
  17. ^ McGuffin LJ, Bryson K, Jones DT (duben 2000). „Server predikce struktury proteinové struktury PSIPRED“. Bioinformatika. 16 (4): 404–5. doi:10.1093 / bioinformatika / 16.4.404. PMID  10869041.
  18. ^ PROF; Skupina výpočetní biologie na univerzitě Aberystwyth. Department of Computer Science, Aberystwyth SY23 3DB, Wales, UK. http://www.aber.ac.uk/~phiwww/prof/ Přístup: 23. dubna 2010
  19. ^ Neer EJ, Schmidt CJ, Nambudripad R, Smith TF (září 1994). "Starověká rodina regulačních proteinů proteinů WD-repeat". Příroda. 371 (6495): 297–300. doi:10.1038 / 371297a0. PMID  8090199.
  20. ^ Prieto C, De Las Rivas J (červenec 2006). „APID: Agile Protein Interaction DataAnalyzer“. Nucleic Acids Res. 34 (Problém s webovým serverem): W298–302. doi:10.1093 / nar / gkl128. PMC  1538863. PMID  16845013.