Jonathan Marchini - Jonathan Marchini

Jonathan Marchini
Jonathan Marchini.png
narozený
Jonathan Laurence Marchini

(1973-05-19) 19. května 1973 (věk 47)
Chichester
NárodnostSpojené království
Alma mater
Ocenění
Vědecká kariéra
Instituce
TezeStatistická analýza obrazů mozku (2002)
Doktorský poradceBrian Ripley.[2]
webová stránkajmarchini.org

Jonathan Laurence Marchini (narozen 19. května 1973)[3] je Bayesovský statistik a profesor statistické genomiky[4] na katedře statistiky na University of Oxford, tutorista ve statistice na Somerville College,[5] Oxford a spoluzakladatel a ředitel společnosti Gensci Ltd.[6] Vede Haplotype Reference Consortium.[7]

Vzdělávání

Získal bakalářský titul z čisté matematiky a matematické statistiky od Exeter University od 1991-94.[8] Poté získal a PGCE ve výuce matematiky na West Sussex Institute of Higher Education od 1994-5. V letech 1998-2002 absolvoval DPhil na katedře statistiky na Oxfordské univerzitě pod dohledem profesora Briana Ripleye.[9]

Kariéra a výzkum

Marchini strávil tři roky prací jako VSO dobrovolnická výuka matematiky na úrovni A na střední škole Tosamaganga poblíž tanzanské Iringy v období od září 1995 do září 1998.[10]

V letech 2002 až 2005 absolvoval Wellcome Trust Training Fellowship in Mathematical Biology pod vedením Prof Lona Cardona a Prof Petera Donnellyho.

V roce 2006 byl jmenován univerzitním lektorem (docentem) pro statistickou genomiku na Katedře statistiky na Oxfordské univerzitě a vedoucím výzkumným pracovníkem na Mansfield College. V roce 2007 se stal přidruženým vedoucím skupiny ve Wellcome Trust Center of Human Genetics[11] na Oxfordské univerzitě. V roce 2010 byl znovu jmenován do důchodu [12]

V roce 2015 byl povýšen na profesora statistické genomiky[13][14]

Marchiniho výzkum se zaměřuje na statistická genetika a populační genetika, se zvláštním důrazem na vývoj metod pro genomové asociační studie. Pracoval na odhad haplotypu,[15][16][17][18] imputace genotypu,[19] volání genotypu z polí a sekvenování, řídký rozklad tenzoru pro datové sady RNA-seq,[20] struktura populace,[21] predikce fenotypu a smíšené modely,[22] interakce gen-gen[23] a genetika zobrazování mozku.[24]

Byl členem analytického týmu pro Mezinárodní projekt HapMap, konsorcium Wellcome Trust Case-Control Consortium, projekt 1000 genomů a projekt UK10K. Jeho výzkumná skupina byla zodpovědná za odhad haplotypu a imputaci genotypu pro britskou datovou sadu Biobank. Vede Haplotype Reference Consortium.[25]

V letech 2014–2018 působil jako vysoce citovaný výzkumný pracovník ISI[26]

V patentovém řízení působil jako znalec[27]

Ocenění

V roce 2012 mu byla udělena a Cena Philipa Leverhulma[28] za „vedoucí postavení v konstrukci výkonné a důmyslné nové statistické metodiky pro populační a lékařskou genetiku spolu s přidruženými rychlými výpočetními algoritmy a softwarem.“

Reference

  1. ^ „Web Leverhulme“ (PDF). Archivovány od originál (PDF) dne 02.04.2018. Citováno 2018-04-01.
  2. ^ Marchini, J .; Ripley, B. (2000). „Nový statistický přístup k detekci významné aktivace ve funkčním MRI. Molekulární vývoj“. NeuroImage. 12 (4): 366–80. doi:10.1006 / nimg.2000.0628. PMID  10988031.
  3. ^ „Rekordní společnost“.
  4. ^ „Web Marchini“.
  5. ^ „Web Somerville“.
  6. ^ „Firemní rekord“.
  7. ^ „Web HRC“.
  8. ^ „Zpráva Somerville College“ (PDF).
  9. ^ Marchini, Jonathan L .; Ripley, Brian D. (říjen 2000). „Nový statistický přístup k detekci významné aktivace ve funkční MRI“. NeuroImage. 12 (4): 366–380. doi:10.1006 / nimg.2000.0628. PMID  10988031.
  10. ^ "Fotoalbum".
  11. ^ „Web WTCHG“.
  12. ^ „Oxford Gazette link“.
  13. ^ „Oxford Gazette link“.
  14. ^ „Oxford Gazette link“.
  15. ^ O'Connell, Jared; Sharp, Kevin; Svatyně, Nick; Wain, Louise; Hall, Ian; Tobin, Martin; Zagury, Jean-Francois; Delaneau, Olivier; Marchini, Jonathan (6. června 2016). „Odhad haplotypu pro datové soubory v měřítku biobanky“. Genetika přírody. 48 (7): 817–820. doi:10,1038 / ng. 3583. PMC  4926957. PMID  27270105.
  16. ^ O'Connell, Jared; Gurdasani, Deepti; Delaneau, Olivier; Pirastu, Nicola; Ulivi, Sheila; Cocca, Massimiliano; Traglia, Michela; Huang, Jie; Huffman, Jennifer E .; Rudan, Igor; McQuillan, Ruth; Fraser, Ross M .; Campbell, Harry; Polasek, Ozren; Asiki, Gershim; Ekoru, Kenneth; Hayward, Caroline; Wright, Alan F .; Vitart, Veronique; Navarro, Pau; Zagury, Jean-Francois; Wilson, James F .; Toniolo, Daniela; Gasparini, Paolo; Soranzo, Nicole; Sandhu, Manjinder S .; Marchini, Jonathan; Gibson, Greg (17. dubna 2014). „Obecný přístup k fázování haplotypu napříč celým spektrem příbuznosti“. Genetika PLoS. 10 (4): e1004234. doi:10.1371 / journal.pgen.1004234. PMC  3990520. PMID  24743097.
  17. ^ Delaneau, Olivier; Howie, Bryan; Cox, Anthony J .; Zagury, Jean-François; Marchini, Jonathan (říjen 2013). „Odhad haplotypu pomocí sekvenčních čtení“. American Journal of Human Genetics. 93 (4): 687–696. doi:10.1016 / j.ajhg.2013.09.002. PMC  3791270. PMID  24094745.
  18. ^ Delaneau, Olivier; Zagury, Jean-Francois; Marchini, Jonathan (1. ledna 2013). „Vylepšené fázování celých chromozomů pro genetické studie onemocnění a populace“. Přírodní metody. 10 (1): 5–6. doi:10.1038 / nmeth.2307. PMID  23269371.
  19. ^ Howie, Bryan N .; Donnelly, Peter; Marchini, Jonathan; Schork, Nicholas J. (19. června 2009). „Flexibilní a přesná metoda imputace genotypu pro další generaci studií asociace na celém genomu“. Genetika PLoS. 5 (6): e1000529. doi:10.1371 / journal.pgen.1000529. PMC  2689936. PMID  19543373.
  20. ^ Hore, Victoria; Viñuela, Ana; Buil, Alfonso; Rytíř, Julian; McCarthy, Mark I; Malý, Kerrin; Marchini, Jonathan (1. srpna 2016). „Tenzorový rozklad pro experimenty genové exprese s více tkáněmi“. Genetika přírody. 48 (9): 1094–1100. doi:10,1038 / ng. 3624. PMC  5010142. PMID  27479908.
  21. ^ Marchini, Jonathan; Cardon, Lon R; Phillips, Michael S; Donnelly, Peter (28. března 2004). „Účinky struktury lidské populace na velké genetické asociační studie“. Genetika přírody. 36 (5): 512–517. doi:10.1038 / ng1337. PMID  15052271.
  22. ^ Dahl, Andrew; Iotchkova, Valentina; Baud, Amelie; Johansson, Ása; Gyllensten, Ulf; Soranzo, Nicole; Mott, Richard; Kranis, Andreas; Marchini, Jonathan (22. února 2016). „Metoda imputace více fenotypů pro genetické studie“. Genetika přírody. 48 (4): 466–472. doi:10,1038 / ng. 3513. PMC  4817234. PMID  26901065.
  23. ^ Marchini, Jonathan; Donnelly, Peter; Cardon, Lon R (27. března 2005). „Strategie pro detekci více lokusů, které ovlivňují komplexní onemocnění, v celém genomu“. Genetika přírody. 37 (4): 413–417. doi:10.1038 / ng1537. PMID  15793588.
  24. ^ Elliott, Lloyd T .; Sharp, Kevin; Alfaro-Almagro, Fidel; Shi, Sinan; Miller, Karla; Douaud, Gwenaëlle; Marchini, Jonathan; Smith, Stephen (2018). „Papír BioRxiv“. doi:10.1101/178806. Citovat deník vyžaduje | deník = (Pomoc)
  25. ^ „Web HRC“.
  26. ^ „Vysoce citovaní vědci ISI“.
  27. ^ „Illumina vs Premaitha“.
  28. ^ „Web Leverhulme“ (PDF). Archivovány od originál (PDF) dne 02.04.2018. Citováno 2018-04-01.

externí odkazy