Motiv RNA JUMPstart - JUMPstart RNA motif

JUMPstart RNA
JUMPstart-RNA.svg
Konsensuální sekundární struktura RNA JUMPstart
Identifikátory
SymbolJUMPstart RNA
RfamRF01707
Další údaje
RNA typCis-regulační prvek
DoményBakterie
PDB strukturPDBe

The Motiv RNA JUMPstart popisuje konzervovaný RNA -na základě sekundární struktura přidružené k prvkům JUMPstart.[1] Sekvence JUMPstart s 39 páry bází popisuje konzervovaný prvek před geny kteří se účastní polysacharid syntéza.[2] Ukázalo se, že prvek JUMPstart funguje jako RNA a je přítomen v 5 'nepřekládané oblasti genů, které reguluje.[3]

Sekvence JUMPstart zahrnují ops prvek, což je zkratka pro „potlačovač polarity operonu“ a má nukleotid shoda GGCGGUAG.[4] Operační prvek funguje ve shodě s RfaH protein zlepšit transkripce genů po proudu od ops elementu, zejména genů daleko za sebou operony.[3][4][5][6]

Reference

  1. ^ Weinberg Z, Wang JX, Bogue J a kol. (Březen 2010). „Srovnávací genomika odhaluje 104 kandidátských strukturovaných RNA z bakterií, archea a jejich metagenomů“. Genome Biol. 11 (3): R31. doi:10.1186 / gb-2010-11-3-r31. PMC  2864571. PMID  20230605.
  2. ^ Hobbs M, Reeves PR (červen 1994). "Sekvence JUMPstart: 39 bp prvek společný pro několik klastrů polysacharidových genů". Mol. Microbiol. 12 (5): 855–856. doi:10.1111 / j.1365-2958.1994.tb01071.x. PMID  8052136.
  3. ^ A b Marolda CL, Valvano MA (červen 1998). „Promotorová oblast klastru lipopolysacharidového genu specifického pro O7 Escherichia coli: strukturní a funkční charakterizace nepřekládané sekvence mRNA“. J. Bacteriol. 180 (12): 3070–3079. PMC  107806. PMID  9620955.
  4. ^ A b Nieto JM, Bailey MJ, Hughes C, Koronakis V (únor 1996). „Potlačení polarity transkripce v hemolysinovém operonu Escherichia coli krátkým upstream prvkem sdíleným polysacharidem a determinanty přenosu DNA“. Mol. Microbiol. 19 (4): 705–713. doi:10.1046 / j.1365-2958.1996.446951.x. PMID  8820641.
  5. ^ Leeds JA, Welch RA (červen 1997). „Posílení transkripce prostřednictvím hemolyzinového operonu Escherichia coli, hlyCABD: RfaH a upstream JUMPStart DNA sekvence fungují společně prostřednictvím postinitačního mechanismu“. J. Bacteriol. 179 (11): 3519–3527. doi:10.1128 / jb.179.11.3519-3527.1997. PMC  179143. PMID  9171395.
  6. ^ Wang L, Jensen S, Hallman R, Reeves PR (srpen 1998). "Exprese genu O antigenu je regulována RfaH prostřednictvím sekvence JUMPstart". FEMS Microbiol. Lett. 165 (1): 201–206. doi:10.1111 / j.1574-6968.1998.tb13147.x. PMID  9711858.

externí odkazy