Igor Goryanin - Igor Goryanin - Wikipedia

Igor Goryanin je systémový biolog, který je předsedou Henrika Kacsera v oboru výpočetní systémové biologie University of Edinburgh a vede skupinu Výpočetní systémy biologie a bioinformatiky, Škola informatiky. Vede jednotku biologických systémů na Okinawa Institute Science and Technology v Japonsku.

Životopis

Goryanin absolvoval (MSc) v roce 1985 jako aplikovaný matematik z katedry informatiky Moskevského strojírenského fyzikálního institutu (MEPHI), kde vyvíjel numerické metody a algoritmy pro analýzu tuhých diferenciálních rovnic. Goryanin strávil více než dvanáct let prací v Biofyzikálním ústavu Ruské akademie věd a titul PhD získal v roce 1995 ve stejném ústavu. Během této doby vyvinul DBSolve, software pro matematickou stimulaci a analýzu buněčného metabolismu a regulace (Goryanin je autorem DBSolve). V letech 1989 až 1995 byl také generálním ředitelem a spoluzakladatelem společnosti Biobank Inc., Rusko.

V letech 1995–1997 pracoval Goryanin jako hostující počítačový vědec v divizi matematiky a informatiky v Argonne National Laboratories.

Přidal se GlaxoSmithKline (dříve GlaxoWellcome) v roce 1997. Igor pracoval na aplikaci technik modelování a informatiky ve farmaceutickém výzkumu a vývoji a ve výrobě léčiv. Přístup založený na modelování celých buněk organismů vyvinutý Igorem byl úspěšně použit ke zlepšení výzkumu a vývoje léčiv a výrobního procesu ve výrobních závodech. tj. navrhování identifikace antimikrobiálních testů a antimikrobiálních lékových cílů, racionální design organismu, racionální design biomarkerů a stanovení priorit cílů, rekonstrukce buněčných sítí pro rakovinu, metabolické a lipidové poruchy.

V roce 2005 se Goryanin přestěhoval do Edinburghu, aby převzal pozici předsedy Henrika Kacsera v oboru výpočetní systémové biologie. V roce 2006 vyvinul Goryanin jeden z prvních magisterských kurzů v oboru výpočetní systémové biologie ve Velké Británii, který se v současné době vyučuje na univerzitě v Edinburghu. Spoluzaložil Centrum pro systémovou biologii v Edinburghu, kde byl spoluředitelem (2006–2010) a Edinburghské centrum pro bioinformatiku, kde působil jako ředitel (2005–2010).

Výzkumné zájmy a projekty

  • Systémová biologie: Rekonstrukce, modelování a analýza biologických sítí na základě dat a literatury o funkční genomice.
  • Systémová biologie Informatika Rozvoj infrastruktury
  • Life science Informatics: Data mining and data integration of biologic and pharmaceutical-related databases.
  • Software a algoritmy pro modelování a stimulaci, vizualizaci a optimalizaci složitých systémů
  • Bioenergetický a bioremediační výzkum: Optimalizace mikrobiálních zařízení, která využívá schopnost některých mikroorganismů a enzymů přímo přeměňovat organickou hmotu na elektřinu. (MFC)
  • Systémová onkologie: Aplikace modelování a analýzy cest v lidských tkáních k předpovědi reakce na protinádorovou léčbu a k vývoji individuálních terapií, distančního vzdělávání a diagnostiky rakoviny. (systémová onkologie).

Spolupráce

Igor je spoluzakladatelem mezinárodní aliance E. coli (IECA). Goryanin a jeho skupina jsou v současné době zapojeni do několika významných mezinárodních spolupráce:

  • SBML - Systémový biologický značkovací jazyk (SBML) je počítačově čitelný formát pro reprezentaci modelů sítí biochemických reakcí. SBML je použitelný pro metabolické sítě, buněčné signální dráhy, regulační sítě a mnoho dalších.
  • SBGN Systémová biologická grafická notace si klade za cíl pomoci standardizovat grafickou notaci pro výpočetní modely v systémové biologii.
  • BioSim „Síť excelence zřízená Evropskou komisí v rámci jejího 6. rámcového programu. Hlavním cílem sítě je ukázat, jak může použití moderních simulačních technik vést k racionálnějšímu procesu vývoje léků, zlepšeným léčebným postupům a snížení potřeby experimentů na zvířatech.
  • RiboSYS[trvalý mrtvý odkaz ] Projekt, financovaný v rámci FP6, využívá přístupy systémové biologie k modelování pre-messengerové RNA a pre-ribozomální RNA metabolismu v Saccharomyces cerevisiae, a tak napomáhá pochopení těchto komplexních buněčných drah.
  • EC-MOAN Cílem projektu financovaného v rámci 6. RP je vyvinout integrovaný model systému reakce na stres E. coli, včetně klíčových metabolických, genetických a signalizačních modulů.
  • Mezinárodní konsorcium RTK - Konsorcium Network Receptor Tyrosine Kinase (RTK) Networks je organizace, která usnadňuje a koordinuje mezinárodní úsilí o další porozumění signálních drah RTK a jejich vztahu k lidským patologiím.
  • Riken Genomic Research Center (Japonsko) - spolupráce v oblasti rakoviny prsu a rozsáhlé sekvenování
  • Institut systémové biologie v Tokiu[trvalý mrtvý odkaz ] - vývoj standardů ve výzkumu systémové biologie.
  • Institute for Systems Biology SpB (Rusko) - kinetické modelování komplexních biologických systémů (s aplikacemi pro objevování drog).

Publikace

Knihy a kapitoly knih

  • Goryanin I a Demin O. Kinetické modelování v biologii systémů Chapman & Hall / CRC, 2008
  • Modelování a simulace biologických cest: farmaceutické aplikaceRedaktoři Martyn Ford, David Livingstone, John Dearden, Ha Van de Waterbbemd, Blackwell Publishing, 2003.
  • Aplikace matematických modelů celých buněk a velkých drah ve farmaceutickém průmyslu Metabolic Engineering in the Post-Genomic Era, Editors
  • B. Kholodenko a H. Westerhoff, Horizon Bioscience, Velká Británie, 2003.

externí odkazy