Halomonadaceae - Halomonadaceae

Halomonadaceae
GFAJ-1 (pěstováno na fosforu) .jpg
GFAJ-1 pěstovaný na fosforu.
Vědecká klasifikace E
Doména:Bakterie
Kmen:Proteobakterie
Třída:Gammaproteobakterie
Objednat:Oceanospirillales
Rodina:Halomonadaceae
Rody

Aidingimonas
Carnimonas
Chromohalobacter
Cobetia
Deleya
Halomonas
Halotalea
Halovibrio
Kushneria
Modicisalibacter
Salicola[1]
Salinicola
Volcaniella
Zymobacter[2]

Halomonadaceae je rodina halofilní Proteobakterie.

Dějiny

Rodina byla původně popsána v roce 1988, že obsahuje rody Halomonas a Deleya.[3]

V roce 1989 Chromobacterium marismortui byl překlasifikován jako Chromohalobacter marismortui tvořící třetí rod z čeledi Halomonadaceae.[4]

Následně, v roce 1990, byl objeven druh, který měl být původně nazýván Volcaniella eurihalina tvořící nový rod v Halomonadaceae,[5] ale později (v roce 1995) byl překlasifikován na člena rodu Halomonas.[6]

Druh Carnimonas nigrificans (jediný člen rodu) nebyl umístěn do rodiny kvůli nedostatku dvou z 15 popisných signálních sekvencí 16S rRNA,[7] ale bylo navrženo reklasifikovat to do rodiny.[8]

V roce 1996 byla rodina reorganizována sjednocením rodů Deleya, Halomonas a Halovibrio a druh Paracoccus halodenitrificans do Halomonas a umístění Zymobacter v této rodině.[9] Později však bylo zjištěno, že kmen kmene Halovibrio variabilis DSM 3051 a DSM 3050 se lišily a ten byl vyroben jako typ kmene Halovibrio, který zůstává stále používán.[10][11] a nyní obsahuje dva druhy (druhý je Halovibrio denitrificans)[11]

V roce 2002 Halomonas marina byl přenesen do vlastního rodu Cobetia,[12] a v roce 2009 Halomonas marisflavi, Halomonas indalinina. a Halomonas avicenniae byly přeneseny do nového rodu zvaného Kushneria (5 druhů)

Nedávno bylo vytvořeno několik rodů singletonů: v roce 2007 Halotalea alkalilenta bylo popsáno,[13] Aidingimonas halophila v roce 2009,[14] Halospina denitrificans v roce 2006,[11] Modicisalibacter tunisiensis v roce 2009[15] Salinicola socius v roce 2009.[16] Do druhého rodu byly přeneseny dva druhy Halomonas salaria tak jako Salinicola salarius a Chromohalobacter salarius tak jako Salinicola halophilus.[17]

Rodina také obsahuje nedávno objevenou, ale nekultivovanou bakterii “Candidatus Portiera aleyrodidarum "(primární endosymbionti z běloši[18]).

Rody

  • Halomonas, typ rodu
    • Halomonas elongata, druh druhu rodu,[19] nejdelší známí členové rodiny jsou Halomonas halodentrificans (1952),[20] Chromohalobacter marismortui (1940)[21] a Chromohalobacter beijerinckii (původně Pseudomonas beijerinckii).[22]
    • Halomonas titanicae
  • Aidingimonas halophila [23]
  • Cobetia
  • Carnimonas
  • Chromohalobacter
    • Chromohalobacter marismortui
    • Chromohalobacter beijerinckii
    • Chromohalobacter canadensis a Chromohalobacter israelensis, dříve rodu Halomonas
    • Chromohalobacter japonicus
    • Chromohalobacter nigrandesensis
    • Chromohalobacter salarius
    • Chromohalobacter salexigens
    • Chromohalobacter sarecensis, phychrotolerant
  • Halotalea alkalilenta[26]
  • Kushneria
    • Kushneria aurantia, zadejte druh
    • Kushneria marisflavi, Kushneria indalinina a Kushneria avicenniae byly dříve zařazeny pod Halomonas[27]
  • Modicisalibacter
  • Portiera
  • Zymobacter, nesmí být zaměňována s Zymomonas mobilis, studium alfaproteobakterií na produkci biopaliv, což je snadná chyba, že dokonce i Mezinárodní kód nomenklatury bakterií vyrobeno v [28] jak je uvedeno v [29]

Poznámka: Druhy Deleya a Halovibrio jsou teď Halomonas

Etymologie

Jména jsou odvozena od Halomonas, což je typ rodu čeledi, plus přípona -aceae, končící k označení čeledi[30]

Výzkum

Geomikrobiolog Felisa Wolfe-Simon s týmem financovaným NASA zkoumá konkrétní kmen, který pojmenovala rodina Halomonadaceae GFAJ-1, izolované a kultivované ze sedimentů shromážděných podél břehu Mono jezero, poblíž Yosemitského národního parku na východě Kalifornie.[31][32] Tento kmen GFAJ-1 Halomonadaceae může růst v přítomnosti vysokých koncentrací arsen.[33]

Viz také

Reference

  1. ^ "Salicola". www.uniprot.org.
  2. ^ "Seznam rodů zařazených do čeledí: Halomonadaceae". Seznam prokaryotických jmen se stáním v nomenklatuře. Citováno 25. června 2016.
  3. ^ Franzmann, P.D .; Wehmeyer, U .; Stackebrandt, E. (1988). „Halomonadaceae fam. Nov., Nová rodina třídy Proteobacteria, která pojme rody Halomonas a Deleya“. Syst. Appl. Microbiol. 11: 16–19. doi:10.1016 / s0723-2020 (88) 80043-2.
  4. ^ Ventosa, A .; Gutierrez, M.C .; Garcia, M. T.; Ruiz-Berraquero, F. (1989). „Klasifikace„ Chromobacterium marismortui “v novém rodu, Chromohalobacter gen. Nov., Jako Chromohalobacter marismortui comb. Nov., Nom. Rev“. Int. J. Syst. Bacteriol. 39 (4): 382–386. doi:10.1099/00207713-39-4-382.
  5. ^ QUESADA (E.), VALDERRAMA (M.J.), BEJAR (V.), VENTOSA (A.), GUTIERREZ (M.C.), RUIZ-BERRAQUERO (F.) a RAMOS-CORMENZANA (A.): Volcaniella eurihalina gen. nov., sp. listopadu., středně halofilní nemotilní gramnegativní tyč. Int. J. Syst. Bacteriol., 1990, 40, 261-267
  6. ^ Mellado, E .; Moore, E. R. B .; Nieto, J. J .; Ventosa, A. (1995). "Fylogenetické závěry a taxonomické důsledky 16S. Porovnání sekvencí ribozomální DNA u Chromohalobacter marismortui, Volcaniella eurihalina a Deleya salina a reklasifikace V. eurihalina jako Halomonas eurihalina comb. Nov". Int J Syst Bacteriol. 45 (4): 712–716. doi:10.1099/00207713-45-4-712. PMID  7547290.
  7. ^ Garriga, M .; Ehrmann, M. A .; Arnau, J .; Hugas, M .; Vogel, R. F. (1998). „Carnimonas nigrificans gen. Nov., Sp. Nov., Bakteriální původce tvorby černé skvrny na uzených masných výrobcích“. International Journal of Systematic Bacteriology. 48 (3): 677–86. doi:10.1099/00207713-48-3-677. PMID  9734022.
  8. ^ D. R. Arahal, W. Ludwig, K. H. Schleifer a A. Ventosa Fylogeneze rodiny Halomonadaceae na základě sekvenčních analýz 23S a 16S rDNA. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Sv. 52, 241-249
  9. ^ Dobson, S.J .; Franzmann, P.D. (1996). „Sjednocení rodů Deleya (Baumann et al. 1983), Halomonas (Vreeland et al. 1980) a Halovibrio (Fendrich 1988) a druh Paracoccus halodenitrificans (Robinson and Gibbons 1952) do jednoho rodu, Halomonasa umístění rodu Zymobacter v rodině Halomonadaceae ". Int. J. Syst. Bacteriol. 46 (2): 550–558. doi:10.1099/00207713-46-2-550.
  10. ^ Sorokin, D. Y .; Tindall, B. J. (2006). „Status rodu Halovibrio Fendrich 1989 a identita kmenů Pseudomonas halophila DSM 3050 a Halomonas variabilis DSM 3051. Žádost o stanovisko“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 56 (2): 487–489. doi:10.1099 / ijs.0.63965-0. PMID  16449462.
  11. ^ A b C Sorokin, D. Y .; Tourova, T. P .; Galinski, E. A .; Belloch, C .; Tindall, B. J. (2006). „Extrémně halofilní denitrifikační bakterie z hypersalinních vnitrozemských jezer, Halovibrioví denitrifikáni sp. listopad. A Halospina denitrificans gen. nov., sp. listopadu a důkazy, že rodový název Halovibrio Fendrich 1989 s typovým druhem Halovibrio variabilis by měl být spojován s DSM 3050 ". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 56 (2): 379–88. doi:10.1099 / ijs.0.63964-0. PMID  16449444.
  12. ^ ARAHAL (D.R.), CASTILLO (A.M.), LUDWIG (W.), SCHLEIFER (K.H.) a VENTOSA (A.): Návrh Cobetia marina gen. nov., hřeben. listopadu v rámci čeledi Halomonadaceae, aby zahrnovala druh Halomonas marina. Syst. Appl. Microbiol., 2002, 25, 207-211.
  13. ^ Ntougias, S .; Zervakis, G. I .; Fasseas, C. (2007). „Halotalea alkalilenta gen. Nov., sp. Nov., nová osmotolerantní a alkalitolerantní bakterie z odpadů alkalických olivových mlýnů a upravený popis rodiny Halomonadaceae Franzmann et al. 1989, emend. Dobson a Franzmann 1996“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 57 (9): 1975–1983. doi:10.1099 / ijs.0.65078-0. PMID  17766858.
  14. ^ Wang, Y .; Tang, S.-K .; Lou, K .; Lee, J. -C .; Jeon, CO; Xu, L. -H .; Kim, C.-J .; Li, W. -J. (2009). „Aidingimonas halophila gen. Nov., sp. Nov., středně halofilní bakterie izolovaná ze slaného jezera“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 59 (12): 3088–3094. doi:10.1099 / ijs.0.010264-0. PMID  19643876.
  15. ^ Ben Ali Gam, Z .; Abdelkafi, S .; Casalot, L .; Tholozan, J.L .; Oueslati, R .; Labat, M. (2007). "Modicisalibacter tunisiensis gen. nov., sp. listopadu, aerobní, mírně halofilní bakterie izolovaná ze vzorku pro injekci vody z ropného pole a upravený popis rodiny Halomonadaceae Franzmann et al. 1989 emend Dobson a Franzmann 1996 emend. Ntougias a kol. 2007 ". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 57 (10): 2307–13. doi:10.1099 / ijs.0.65088-0. PMID  17911302.
  16. ^ Anan'ina, L.N .; Plotnikova, E.G .; Gavrish, E.Y .; Demakov, V.A .; Evtušenko, L.I. (2007). „Salinicola socius gen. Nov., Sp. Nov., Mírně halofilní bakterie z mikrobiální asociace využívající naftalen“. Mikrobiologie. 76 (3): 324–330. doi:10.1134 / s0026261707030095. (překlad Mikrobiologie, 2007, 76, 369-376)
  17. ^ De La Haba, R. R .; Sanchez-Porro, C .; Marquez, M. C .; Ventosa, A. (2009). „Taxonomická studie rodu Salinicola: Přenos Halomonas salaria a Chromohalobacter salarius do rodu Salinicola jako Salinicola salarius comb. Listopad a Salinicola halophilus nom. Listopad“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 60 (4): 963–971. doi:10.1099 / ijs.0.014480-0. PMID  19661506.
  18. ^ Thao, M. L .; Baumann, P. (2004). „Evoluční vztahy primárních prokaryotických endosymbiontů molic a jejich hostitelů“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 70 (6): 3401–3406. doi:10.1128 / AEM.70.6.3401-3406.2004. PMC  427722. PMID  15184137.
  19. ^ Vreeland, R.H .; Litchfield, C.D .; Martin, E.L .; Elliot, E. (1980). „Halomonas elongata, nový rod a druh bakterií extrémně tolerantních vůči solím“. Int. J. Syst. Bacteriol. 30 (2): 485–495. doi:10.1099/00207713-30-2-485.
  20. ^ Robinson, J .; Gibbons, N.E. (1952). "Vliv solí na růst Micrococcus halodentrificans n. sp ". Canadian Journal of Botany. 30 (2): 147–154. doi:10.1139 / b52-013.
  21. ^ Elazari-Volcani 1940
  22. ^ Hof 1935
  23. ^ Wang, Y .; Tang, S.K .; LOU, K .; LEE, J.C .; Jeon, CO; XU, L.H .; KIM, C.J .; LI, W. J. (2009). „Aidingimonas halophila gen. Nov., Sp. Nov., Středně halofilní bakterie izolovaná ze slaného jezera“. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 59 (12): 3088–3094. doi:10.1099 / ijs.0.010264-0. PMID  19643876.
  24. ^ Cobet, A.B .; Wirsen, C .; Jones, G.E. (1970). „Účinek niklu na mořskou bakterii, Arthrobacter marinus sp. Nov“. Journal of General Microbiology. 62 (2): 159–169. doi:10.1099/00221287-62-2-159. PMID  5493594.
  25. ^ KIM, M.S .; ROH, S.W .; BAE, J.W. (2010). „Cobetia crustatorum sp. Nov., Nová mírně halofilní bakterie izolovaná z tradičních fermentovaných mořských plodů v Koreji“. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 60 (3): 620–626. doi:10.1099 / ijs.0.008847-0. PMID  19654339.
  26. ^ NTOUGIAS (S.), ZERVAKIS (G.I.) a FASSEAS (C.): Halotalea alkalilenta gen. nov., sp. nov., nová osmotolerantní a alkalitolerantní bakterie z odpadů alkalických olivových mlýnů, a upravený popis rodiny Halomonadaceae Franzmann et al. 1989
  27. ^ Sanchez-Porro, C .; DE, LA Haba R.R .; Soto-Ramirez, N .; Marquez, M.C .; Montalvo-Rodriguez, R .; Ventosa, A. (2009). „Popis Kushneria aurantia gen. Nov., Sp. Nov., Nového člena čeledi Halomonadaceae a návrh na překlasifikaci Halomonas marisflavi jako Kushneria marisflavi comb. Nov., Halomonas indalinina jako Kushneria indalinina comb. Nov. A Halomonas avicenniae jako Kushneria avicenniae comb. nov ". Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 59 (2): 397–405. doi:10.1099 / ijs.0.001461-0. PMID  19196785.
  28. ^ Arahal, D. R.; Vreeland, R. H .; Litchfield, C. D .; Mormile, M. R.; Tindall, B. J .; Oren, A .; Bejar, V .; Quesada, E .; Ventosa, A. (2007). „Doporučené minimální standardy pro popis nových taxonů čeledi Halomonadaceae“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 57 (Pt 10): 2436–2446. doi:10.1099 / ijs.0.65430-0. PMID  17911321.
  29. ^ Arahal, DR; Vreeland, RH; Litchfield, CD; et al. (2008). „Errata. Doporučené minimální standardy pro popis nových taxonů čeledi Halomonadaceae (svazek 57, str. 2436, 2007)“. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 58 (2673): 2008. doi:10.1099/00207713-58-11-2673.
  30. ^ "Klasifikace, taxonomie a systematika prokaryot (bakterií)". Archivovány od originál dne 2011-05-16.
  31. ^ Bortman, Henry (02.12.2010). „Bakterie konzumující arsen otevírají nové možnosti mimozemského života“. ProfoundSpace.org. Citováno 2010-12-02.
  32. ^ Bortman, Henry (5. října 2009). „Hledání mimozemského života na Zemi“. Astrobiologický časopis (NASA). Citováno 2010-12-02.
  33. ^ Katsnelson, Alla (2. prosince 2010). „Mikrob pojídající arsen může předefinovat chemii života“. Příroda. doi:10.1038 / novinky.2010.645. Citováno 2010-12-02.

externí odkazy