Pleomorfní virus Haloarcula hispanica 1 - Haloarcula hispanica pleomorphic virus 1

Pleomorfní virus Haloarcula hispanica 1
Klasifikace virů
Skupina:
Skupina I (dsDNA )
Rodina:
Pleolipoviridae
Rod:
Alphapleolipovirus

Pleomorfní virus Haloarcula hispanica 1 je dvouvláknový DNA virus, který infikuje halofilního archeona Haloarcula hispanica.[1] Má řadu jedinečných funkcí na rozdíl od dříve popsaného viru.[2][3]

Virologie

Virony jsou obaleny a pleomorfní tvar. Obálka obsahuje různé lipidy včetně kardiolipiny, fosfatidylglyceroly, methylestery fosfatidylglycerofosfátu a fosfatidylglycerosulfáty. V obálce jsou dva hlavní proteiny - VP3 (12 kiloDaltoni hmotnosti) a VP4 (hmotnost 60 kiloDaltonů).[1]

Virony opouštějí hostitele bez lýzy naznačující a pučící mechanismus.[1]

Genom

Genom je jedna molekula dvouvláknové DNA, kruhová, o délce 8082 párů bází s a G + C obsah 55,8%. Má osm otevřených čtecích rámců (ORF). VP3 a VP4 jsou kódovány pomocí ORF3, respektive ORF4.

ORF1 je pravděpodobně protein iniciaci replikace. ORF3 kóduje integrální membránový protein s 50 aminokyselinovou signální sekvencí a dvěma transmembránovými oblastmi. Před C-koncovou transmembránovou doménou je oblast coiled-coil. ORF7 obsahuje doménu NTPázy, ale její funkce není jasná.

Taxonomie

Zkoumání proteinů a genomové organizace tohoto viru naznačuje, že souvisí s jednovláknovým DNA virem Halorubrum pleomorfní virus 1, plazmid pHK2 a oblast v rámci archeonu Haloferax volcanii. Zdá se pravděpodobné, že plazmid pHK2 může být virus, který může tvořit kruhové plazmidy a že oblast uvnitř Haloferax volcanii je prorok.

Podobnost mezi těmito dvouvláknovými prvky DNA a jednovláknovým virem Halorubrum pleomorfní virus 1 je v současné době jedinečná. Pokud lze tento vztah potvrdit pro jiné viry, naznačuje to, že aktuálně používaný systém klasifikace Baltimore může vyžadovat revizi.

Reference

  1. ^ A b C Roine E, Kukkaro P, Paulin L, Laurinavicius S, Domanska A, Somerharju P, Bamford DH (2010) Nové, úzce související haloarcheální virové prvky s různými typy nukleových kyselin. J Virol 84 (7): 3682–89
  2. ^ Pietilä MK, Atanasova NS, Manole V, Liljeroos L, Butcher SJ, Oksanen HM, Bamford DH (2012). „Virion Architecture sjednocuje globálně distribuované pleolipoviry infikující halofilní archaea“. Journal of Virology. 86 (9): 5067–79. doi:10.1128 / JVI.06915-11. PMC  3347350. PMID  22357279.
  3. ^ Pietilä MK, Laurinavicius S, Sund J, Roine E, Bamford DH (2010). „Jednořetězcový DNA genom nového archaálního viru Halorubrum pleomorfní virus 1 je uzavřen v obálce zdobené glykoproteinovými hroty“. J Virol. 84 (2): 788–798. doi:10.1128 / JVI.01347-09. PMC  2798366. PMID  19864380.