Glycinový riboswitch - Glycine riboswitch

Glycin
RF00504-rscape.svg
Shoda sekundární struktura a zachování sekvence glycinového riboswitche
Identifikátory
SymbolGlycin
RfamRF00504
Další údaje
RNA typ Cis-reg; Riboswitch
JÍTGO termín musí začínat GO:
TAKSO: 0000035
PDB strukturPDBe

Bakteriální glycinový riboswitch je RNA element které mohou vázat aminokyselinu glycin. Glycin riboswitche obvykle sestávají ze dvou domén aptamerů vázajících metabolit s podobnými strukturami v tandemu. O aptamerech se původně předpokládalo, že kooperativně vážou glycin a regulují expresi následných genů. v Bacillus subtilis, tento riboswitch se nachází proti proudu od gcvT operon, který ovládá glycin degradace. Předpokládá se, že když je glycin v přebytku, bude se vázat na oba aptamery, aby aktivoval tyto geny a usnadnil degradaci glycinu.[1]

Původně objevená zkrácená verze glycinového riboswitche vykazuje sigmoidální vazebné křivky s Hill koeficienty větší než jedna, což vedlo k myšlence pozitivní spolupráce mezi dvěma doménami aptamerů.[1][2] Data z roku 2012 ukazují, že kooperativní vazba se nevyskytuje v přepínači s jeho prodlouženým 5 'vůdcem, ačkoli účel duálních aptamerů přepínače je stále nejistý.[3]

Atomové rozlišovací struktury částí glycinových riboswitchů byly získány Rentgenová krystalografie.[4][5]

In vivo experimenty prokázaly, že glycin pro regulaci nemusí vázat oba aptamery. Mutace na první aptamer způsobila největší snížení exprese genů po směru, zatímco mutace na druhý měla různé účinky. Glycinem indukovaná exprese gcvT operon je potřebný pro B. subtilise růst, pohyblivost rojení a tvorba biofilmu (v prostředí s vysokým obsahem glycinu).[6]

Reference

  1. ^ A b Mandal M, Lee M, Barrick JE, Weinberg Z, Emilsson GM, Ruzzo WL, Breaker RR (říjen 2004). „Riboswitch závislý na glycinu, který používá kooperativní vazbu k řízení genové exprese“. Věda. 306 (5694): 275–279. doi:10.1126 / science.1100829. PMID  15472076.
  2. ^ Kwon M, Strobel SA (leden 2008). "Chemický základ spolupráce glycinového riboswitche". RNA. 14 (1): 25–34. doi:10,1261 / rna.771608. PMC  2151043. PMID  18042658.
  3. ^ Sherman EM, Esquiaqui J, Elsayed G, Ye JD (březen 2012). „Energeticky výhodná interakce leader-linker ruší kooperativitu vázající ligand v glycinových riboswitchech“. RNA. 18 (3): 496–507. doi:10.1261 / rna.031286.111. PMC  3285937. PMID  22279151.
  4. ^ Butler EB, Xiong Y, Wang J, Strobel SA (březen 2011). "Strukturní základ kooperativní vazby ligandu glycinovým riboswitchem". Chemie a biologie. 18 (3): 293–298. doi:10.1016 / j.chembiol.2011.01.013. PMC  3076126. PMID  21439473.
  5. ^ Huang L, Serganov A, Patel DJ (prosinec 2010). „Strukturální pohledy na rozpoznávání ligandu snímací doménou kooperativního glycinového riboswitche“. Molekulární buňka. 40 (5): 774–786. doi:10.1016 / j.molcel.2010.11.026. PMC  3726718. PMID  21145485.
  6. ^ Babina AM, Lea NE, Meyer MM (říjen 2017). "Bacillus subtilis". mBio. 8 (5). doi:10,1 128 / mBio.01602-17. PMC  5666159. PMID  29089431.

externí odkazy