Genomoviridae - Genomoviridae

Genomoviridae
Klasifikace virů E
(bez hodnocení):Virus
Oblast:Monodnaviria
Království:Shotokuvirae
Kmen:Cressdnaviricota
Třída:Repensiviricetes
Objednat:Geplafuvirales
Rodina:Genomoviridae

Genomoviridae je rodina jednovláknových DNA viry. Genomy této rodiny jsou malé (2,2–2,4 kilobází na délku). Genomy jsou kruhové jednořetězcová DNA a kódují iniciační proteiny replikace klouzavého kruhu (Rep) a jedinečné kapsidové proteiny. Ve fylogenezích založených na Rep tvoří genomoviry sesterský clade k pěstování virů rodiny Geminiviridae.[1][2] V této rodině je v současnosti rozpoznáno devět rodů.

Příjmení je zkratka odvozená od gepodobné minivirům, Ne movementový protein.

Jméno rodu Gemycirkulární virus je zkratka pro Gemini podobný mykoinfekční kruhový virus.[3][4] Typový druh rodu Gemycirkulární virus—DNA virus spojený s hypovirulencí Sclerotinia sclerotiorum 1 —Je v současné době jediným kultivovaným členem rodiny.[1] Ostatní genomoviry jsou nekultivované a byly objeveny pomocí metagenomických technik.[2]

Taxonomie

Rody v této rodině jsou:[5]

Biologie

Tyto viry mají jednovláknové genomy o délce 2,1–2,2 kilobází. Genom kóduje dva proteiny - protein Rep (replikátor) a CP (kapsid). Rep protein má určitou homologii s Rep proteinem Geminiviridae. Naproti tomu protein CP nemá žádné známé homology.

Reference

  1. ^ A b Krupovic M, Ghabrial SA, Jiang D, Varsani A (2016). „Genomoviridae: nová rodina rozšířených jednovláknových DNA virů“. Arch Virol. 161 (9): 2633–2643. doi:10.1007 / s00705-016-2943-3. PMID  27343045.
  2. ^ A b Varsani, Arvind; Krupovic, Mart (2017). „Taxonomický rámec založený na sekvenci pro klasifikaci nekultivovaných jednovláknových DNA virů z čeledi Genomoviridae“. Evoluce virů. 3 (1): vew037. doi:10.1093 / ve / vew037. PMC  5399927. PMID  28458911.
  3. ^ Rosario K, Dayaram A, Marinov M, Ware J, Kraberger S, Stainton D, Breitbart M, Varsani A (2012). „Rozmanité kruhové viry ssDNA objevené u vážek (Odonata: Epiprocta)“. J Gen Virol. 93 (12): 2668–81. doi:10.1099 / vir.0.045948-0. PMID  22915694.
  4. ^ Yu X, Li B, Fu Y, Jiang D, Ghabrial SA, Li G, Peng Y, Xie J, Cheng J, Huang J, Yi X (2010). „Mycovirus DNA související s geminivirem, který propůjčuje hypovirulenci rostlinné patogenní houbě“. Proc Natl Acad Sci USA. 107 (18): 8387–92. doi:10.1073 / pnas.0913535107. PMC  2889581. PMID  20404139.
  5. ^ „Virus Taxonomy: 2019 Release“. talk.ictvonline.org. Mezinárodní výbor pro taxonomii virů. Citováno 27. dubna 2020.