Gene Wiki - Gene Wiki - Wikipedia

The Gene Wiki je projekt v rámci Wikipedie, jehož cílem je popsat vztahy a funkce všech lidí geny. Bylo založeno za účelem přenosu informací z vědeckých zdrojů do Wikipedia články s pahýlem.^[1]^[2]^[3]

Projekt Gene Wiki také inicioval publikování článků s recenzemi specifickými pro geny v časopise Gen, spolu s editací stránek specifických pro geny na Wikipedii.^[4]

Cíle a rozsah projektu

Počet genových článků

The lidský genom obsahuje odhadem 20 000–25 000 geny kódující proteiny.^[5] Cílem projektu Gene Wiki je vytvořit úvodní články pro všechny pozoruhodný lidský gen, tj. každý gen, jehož funkce byla přiřazena v recenzované vědecké literatuře. Přibližně polovina lidských genů má přiřazenou funkci, a proto se očekává, že celkový počet článků nasazených v rámci projektu Gene Wiki bude v rozmezí 10 000–15 000. K dnešnímu dni bylo vytvořeno nebo rozšířeno přibližně 11 000 článků, které obsahují obsah projektu Gene Wiki.^[6]

Expanze

Jakmile budou články semen vytvořeny, naděje a očekávání jsou, že budou anotováno a rozšířen o redaktory od zkušeností laického publika přes studenty až po profesionály a akademické pracovníky.^[1]

Proteiny kódované geny

Většina genů kóduje bílkoviny tedy pochopení funkce genu obecně vyžaduje pochopení funkce odpovídajícího proteinu. Kromě zahrnutí základních informací o genu proto projekt zahrnuje také informace o proteinu kódovaném genem.

Obsah generovaný Gene Wiki

Pahýly pro projekt Gene Wiki jsou vytvářeny a bot a obsahují odkazy na následující primární databáze genů / proteinů:

Výbor pro genovou nomenklaturu HUGO - oficiální název genu
Entrez - Genová databáze
OMIM (Mendelian Inheritance in Man) - databáze, která katalogizuje všechna známá onemocnění s genetickou složkou
Amigo - Genová ontologie
HomoloGene - gen homology u jiných druhů
SymAtlasRNA – genová exprese vzor dovnitř papírové kapesníky^[7]
Proteinová datová banka - 3D struktura proteinu kódovaného genem
UniProt (universální protein resource) - centrální úložiště dat o bílkovinách

Odezva

Zpráva zjistila, že mezi lety 2013 a 2017 se obsah, který Gene Wiki přispěl na Wikipedii, postupem času rozšířil.^[8]

Viz také

Portál: Gene Wiki / Jiné Wikis - seznam genů Wikis mimo Wikipedii

Reference

^ ^A ^b Huss JW, Orozco C, Goodale J, Wu C, Batalov S, Vickers TJ, Valafar F, Su AI (červenec 2008). „Gene Wiki pro komunitní anotaci genové funkce“. PLoS Biol. 6 (7): e175. doi:10.1371 / journal.pbio.0060175. PMC 2443188. PMID 18613750.
^ Huss JW, Orozco C, Goodale J, Wu C, Batalov S, Vickers TJ, Valafar F, Su AI. „Pub SciVee: Gene Wiki pro komunitní anotaci genové funkce“. Archivovány od originál dne 2010-07-24. Citováno 2008-11-19.
^ Huss JW; Lindenbaum P; Martone M; et al. (Leden 2010). „Gene Wiki: komunitní inteligence aplikovaná na anotaci lidských genů“. Nucleic Acids Res. 38 (Problém s databází): D633–9. doi:10.1093 / nar / gkp760. PMC 2808918. PMID 19755503.
^ Tsueng G, Good BM, Ping P, Golemis E, Hanukoglu I, van Wijnen AJ, Su AI (2. května 2016). „Recenze Gene Wiki - Zvyšování kvality a dostupnosti informací o lidském genomu“. Gen. 592 (2): 235–8. doi:10.1016 / j.gene.2016.04.053. PMC 5944608. PMID 27150585.
^ Clamp M, Fry B, Kamal M, Xie X, Cuff J, Lin MF, Kellis M, Lindblad-Toh K, Lander ES (prosinec 2007). „Rozlišování genů kódujících proteiny a nekódujících genů v lidském genomu“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 104 (49): 19428–33. doi:10.1073 / pnas.0709013104. PMC 2148306. PMID 18040051.
^ "Gene Wiki Stránky". Stránky odkazující na „{PBB }}. Wikipedia, encyklopedie zdarma. Citováno 2015-01-27.CS1 maint: extra interpunkce (odkaz)
^ Su AI, Wiltshire T, Batalov S, Lapp H, Ching KA, blok D, Zhang J, Soden R, Hayakawa M, Kreiman G, Cooke MP, Walker JR, Hogenesch JB (duben 2004). „Genový atlas transkriptomů kódujících myš a lidský protein“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101 (16): 6062–7. Bibcode:2004PNAS..101,6062S. doi:10.1073 / pnas.0400782101. PMC 395923. PMID 15075390.
^ Zinovyev, Andrej; Czerwinska, Urszula; Cantini, Laura; Barillot, Emmanuel; Frahm, Klaus M .; Shepelyansky, Dima L .; Rzhetsky, Andrey (18. února 2020). „Kolektivní inteligence definuje biologické funkce ve Wikipedii jako komunity ve skryté síti pro propojení proteinů“. PLOS výpočetní biologie. 16 (2): e1007652. doi:10.1371 / journal.pcbi.1007652.

Další čtení

Dobrý BM, Howe DG, Lin SM, Kibbe WA, Su AI (2011). „Těžba genové Wiki pro funkční genomické znalosti“. BMC Genomics. 12: 603. doi:10.1186/1471-2164-12-603. PMC 3271090. PMID 22165947.
Dobrý BM, Clarke EL, de Alfaro L, Su AI (leden 2012). „Gene Wiki v roce 2011: komunitní inteligence aplikována na anotaci lidských genů“. Nucleic Acids Res. 40 (Problém s databází): D1255–61. doi:10.1093 / nar / gkr925. PMC 3245148. PMID 22075991.
Dobrý BM, Clarke EL, Loguercio S, Su AI (2012). „Propojení genů s chorobami pomocí mashupu SNPedia-Gene Wiki“. J. Biomed Semantics. 3 Suppl 1: S6. doi:10.1186 / 2041-1480-3-S1-S6. PMC 3337266. PMID 22541597.
Su AI, Good BM, van Wijnen AJ (prosinec 2013). „Recenze Gene Wiki: sňatek s crowdsourcingem s tradičním recenzím“. Gen. 531 (2): 125. doi:10.1016 / j.gene.2013.08.093. PMID 24012870.

externí odkazy

Spagat E (07.07.2008). „: Upravte svou DNA:„ Gene wiki “debutuje na Wikipedii“. Associated Press (v ABC News. Citováno 2011-09-29.
McKenney AS (2008-07-08). „Archivace informací o lidském genomu pomocí Wikipedie“. Novinky v oblasti IT / internetu / e-mailu. Lékařské zprávy dnes. Citováno 2008-07-19.
Tay L (2008-07-10). „Wikipedia hostí úložiště lidských genů“. iTnews Austrálie. Haymarket Media. Archivovány od originál dne 13. 7. 2008. Citováno 2008-07-19.
Mitch Waldrop (3. září 2008). „Big data: Wikiomics“. Příroda. s. 22–25.

[pmid18613750-1] A ^b Huss JW, Orozco C, Goodale J, Wu C, Batalov S, Vickers TJ, Valafar F, Su AI (červenec 2008). „Gene Wiki pro komunitní anotaci genové funkce“. PLoS Biol. 6 (7): e175. doi:10.1371 / journal.pbio.0060175. PMC 2443188. PMID 18613750.

[SciVee_Pubcast-2] Huss JW, Orozco C, Goodale J, Wu C, Batalov S, Vickers TJ, Valafar F, Su AI. „Pub SciVee: Gene Wiki pro komunitní anotaci genové funkce“. Archivovány od originál dne 2010-07-24. Citováno 2008-11-19.

[pmid19755503-3] Huss JW; Lindenbaum P; Martone M; et al. (Leden 2010). „Gene Wiki: komunitní inteligence aplikovaná na anotaci lidských genů“. Nucleic Acids Res. 38 (Problém s databází): D633–9. doi:10.1093 / nar / gkp760. PMC 2808918. PMID 19755503.

[4] Tsueng G, Good BM, Ping P, Golemis E, Hanukoglu I, van Wijnen AJ, Su AI (2. května 2016). „Recenze Gene Wiki - Zvyšování kvality a dostupnosti informací o lidském genomu“. Gen. 592 (2): 235–8. doi:10.1016 / j.gene.2016.04.053. PMC 5944608. PMID 27150585.

[pmid18040051-5] Clamp M, Fry B, Kamal M, Xie X, Cuff J, Lin MF, Kellis M, Lindblad-Toh K, Lander ES (prosinec 2007). „Rozlišování genů kódujících proteiny a nekódujících genů v lidském genomu“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 104 (49): 19428–33. doi:10.1073 / pnas.0709013104. PMC 2148306. PMID 18040051.

[Gene_Wiki_Pages-6] "Gene Wiki Stránky". Stránky odkazující na „{PBB }}. Wikipedia, encyklopedie zdarma. Citováno 2015-01-27.CS1 maint: extra interpunkce (odkaz)

[pmid15075390-7] Su AI, Wiltshire T, Batalov S, Lapp H, Ching KA, blok D, Zhang J, Soden R, Hayakawa M, Kreiman G, Cooke MP, Walker JR, Hogenesch JB (duben 2004). „Genový atlas transkriptomů kódujících myš a lidský protein“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101 (16): 6062–7. Bibcode:2004PNAS..101,6062S. doi:10.1073 / pnas.0400782101. PMC 395923. PMID 15075390.

[Zinovyev_2020-8] Zinovyev, Andrej; Czerwinska, Urszula; Cantini, Laura; Barillot, Emmanuel; Frahm, Klaus M .; Shepelyansky, Dima L .; Rzhetsky, Andrey (18. února 2020). „Kolektivní inteligence definuje biologické funkce ve Wikipedii jako komunity ve skryté síti pro propojení proteinů“. PLOS výpočetní biologie. 16 (2): e1007652. doi:10.1371 / journal.pcbi.1007652.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]