Gene Codes Corporation - Gene Codes Corporation
 | tento článek ne uvést žádný Zdroje. (Února 2007) (Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony) |
| Soukromě | |
| Průmysl | Bioinformatika a inženýrství |
| Založený | 1988 |
| Hlavní sídlo | Ann Arbor, MI, USA |
Klíčoví lidé | Howard Cash Prezident a generální ředitel[1] |
| produkty | Nástroje pro analýzu DNA sekvence |
| webová stránka | www |
Gene Codes Corporation je soukromá mezinárodní společnost se sídlem v Ann Arbor, Michigan, která se specializuje na bioinformatický software pro genetické sekvenční analýza. Její vlajkový softwarový produkt, Sequencher, je sekvenční software používaný po celém světě. Jeho cílené použití je pro výzkumníky z akademických a vládních laboratoří, stejně jako biotechnologické a farmaceutické společnosti pro sestavování sekvencí DNA.
Dějiny
Společnost Gene Codes Corporation byla založena v roce 1988 v Ann Arbor v Michiganu. V roce 1991 byl vydán software pro sekvenování a analýzu DNA sekvencí, Sequencher. Do roku 1997 byla téměř každá významná farmaceutická společnost a komerční genomická společnost na světě standardizována na Sequencher, stejně jako většina laboratoří ve velkých akademických centrech. Sequencher 5.4 byl vydán v roce 2015.[2]
Sequencher
 | The neutralita tohoto článku je sporný. (Říjen 2018) (Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony) |
Sequencher 5.1 má schopnost provádět Sangerovo sekvenování a sekvenování další generace. Má pokročilé nástroje, které pomáhají při obecné analýze sekvencí a vytvářejí zprávy, které jsou hloubkovou analýzou v rámci datového souboru zákazníka.
- Obecná analýza
- Zarovnání referenční sekvence
- Tabulka odchylek
- Rozsáhlé možnosti importu a exportu
- Vyhledávání NCBI BLAST
- Sangerovo pořadí
- Importujte data z kteréhokoli z hlavních nástrojů CE
- Vyčistěte nezpracovaná data oříznutím základen nízké kvality vektorů
- Proveďte zarovnání de novo nebo referenční sestavu založenou na flexibilitě
- Snadno se přesouvejte mezi zarovnanými datovými soubory, analyzujte stopy lokálně nebo globálně a vyhledejte sekundární nebo nevyzvednuté vrcholy.
- Okamžitě se pohybujte mezi surovým sekvenčním multi-frame překladem a restrikčními mapami
- Nastavte opakovaně použitelné šablony pro běžné projekty, které vám umožní používat základní číslování a funkce z referenční sekvence k anotaci nových zarovnání
- Porovnejte podobné projekty pomocí tabulky odchylek
- Pokročilé výkonné nástroje pro detekci mutací a SNP a zpětné odeslání nezpracovaných dat k eliminaci artefaktů sekvenování
- Vytvářejte zprávy, které rychle a jasně dokumentují výsledky výzkumu
- Sekvenování nové generace
- Snadný import čtení NGS
- Jako algoritmus zarovnání vyberte Maq nebo GSNAP
- Zobrazte výsledky pomocí tabletu
- Analýza SNP a methylační studie
Ocenění
| The neutralita tohoto článku je sporný. (Říjen 2018) (Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony) |
- Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii uznává Howard Cash a Gene Codes Forensics za jedinečnou aplikaci výpočetní biologie, která pomáhá při identifikaci obětí katastrofy. Prezident ISCB Michael Gribskov označil příspěvek Gene Codes za „jedinečný, hodnotný a nad rámec toho, co lze očekávat“.
- Ann Arbor IT Zone ocenila společnost Gene Codes Corporation cenou Indestructible Award for Growth and Achievement.
- Gene Codes získává Cenu Merlanti za osvědčené postupy v etice podnikání.
- Technologie Genome dělá Howarda Hotovost[trvalý mrtvý odkaz ] Osobnost roku v jejich All-Star Awards.
- Společnost Gene Codes Corporation je jmenována jednou z Future 50 v Greater Detroitu: „Jako uznání vašeho mimořádného přínosu pro Metropolitan Detroit prostřednictvím růstu tržeb a zaměstnanosti.“
- Ernst & Young a The New Enterprise Forum se jmenují Howard Cash, prezident, generální ředitel a zakladatel Gene Codes, podnikatel roku.
- Gene Codes vyhrává cenu Fast Track v okrese Washtenaw County.
- Sequencher získává nejlepší produkt DNA Sequence Assembly od Biotechnology Software & Internet Journal.
- Gene Codes získává cenu Michigan za špičkovou technologii v kategorii biotechnologií. Ocenění oceňuje inovace zavedené v Sequencher verze 3.0, přičemž je třeba zmínit zejména vylepšení, která umožnila vyšší automatizaci procesů.
- Společnost Gene Codes obdržela ocenění za nejlepší prezentaci roku od pobočky v Michiganu na fóru New Enterprise Forum: „Jako uznání inovativního obchodního podniku, který pomohl učinit z Gene Codes Corporation modelovou podnikatelskou firmu.“
Reference
- ^ Stránka zhodnocení genových kódů, Web společnosti Jonathan Hoyle
- ^ Gene Codes uvádí Sequencher 5.4, software pro analýzu DNA sekvence, 10. listopadu 2015 10:00 východního standardního času, OBCHODNÍ DRÁT
- Thomas D. Wu a Serban Nacu, Rychlá a SNP-tolerantní detekce komplexních variant a sestřih při krátkých čteních, Bioinformatika 2010 26: 873-881
- Heng Li, Jue Ruan a Richard Durbin, Mapování krátkých sekvencí DNA čte a volá varianty pomocí mapování skóre kvality, Genome Research 2008 18: 1851-1858
- Ian Milne, Micha Bayer, Linda Cardle, Paul Shaw, Gordon Stephen, Frank Wright a David Marshall, vizualizace sestavy sekvencí nové generace Tablet, BioInformatics 2010 26: 40-402
externí odkazy
- Oficiální webové stránky
- Stažení ukázky Sequencheru
- Školení / výukové programy „Pro vědce, kteří potřebují pomoc s učením různých funkcí Sequencheru, je k dispozici řada užitečných návodů.