FluChip - FluChip - Wikipedia

The FluChip je nízkohustotní DNA microarray pro identifikaci chřipka viry, původně vyvinuté na University of Colorado v Boulderu v laboratoři profesorky Kathy Rowlenové[1] ve spolupráci s Centra pro kontrolu a prevenci nemocí (CDC) v Atlantě.

Projekt byl v roce 2003 financován Národní institut pro alergie a infekční nemoci (NIAID), součást Národní institut zdraví Originální FluChip [2][3]byl navržen k detekci virů chřipky A i B s využitím tří genových cílů: HA (Hemaglutinin ), NA (Neuraminidáza ) a genové segmenty M (matrice). Byla navržena řada krátkých sekvencí pro zachycení DNA, [4] a používá se pro typ a podtyp virů chřipky A využitím genetických podobností a rozdílů. Celková analýza sestávala z RT-PCR amplifikace chřipkové RNA, následná transkripce odtoku pomocí PCR produkt jako templát a hybridizace fluorescenčně značeného fragmentovaného RNA na povrch microarray. Celkový typ intenzity fluorescence byl použit pro typ a podtyp přítomného chřipkového viru (virů).

MChip

různé podtypy chřipky A.

Když bylo zjištěno, že samotný genový segment M obsahoval dostatečnou genetickou rozmanitost mezi podtypy, aby poskytoval informace o podtypu, následná práce se zaměřila na prozkoumání tohoto problému jako testu podtypu pro chřipku A („MChip“). MChip byl použit k prozkoumání stovek vzorků se zaměřením na schopnost rozlišovat lidské H1N1, lidské H3N2 a ptačí chřipka (H5N1) podtypy a vedly k vysoké klinické senzitivitě a specificitě, jak je podrobně uvedeno v několika publikovaných studiích.[5][6][7][8]Mezi další zajímavé viry chřipky A, které byly nedávno zkoumány pomocí MChip, patří rok 1918Španělská chřipka 'Kmen,[9]a různé pandemický virus H1N1 / 09 vzorky.[10]InDevR Inc. (Boulder, CO) získala licenci na technologii FluChip od University of Colorado a CDC v roce 2009,[11]a vyvíjí aplikaci pro použití v připravované platformě molekulární diagnostiky.

Reference

  1. ^ „Chřipkový čip“ - nový způsob diagnostiky chřipky “.
  2. ^ Townsend, Michael B .; Dawson, Erica D .; Mehlmann, Martin; Smagala, James A .; Dankbar, Daniela M .; Moore, Čad L .; Smith, Catherine B .; Cox, Nancy J .; et al. (2006). „Experimentální vyhodnocení diagnostické mikročipy FluChip pro sledování viru chřipky“. Journal of Clinical Microbiology. 44 (8): 2863–2871. doi:10.1128 / JCM.00134-06. PMC  1594652. PMID  16891504.
  3. ^ Mehlmann, Martin; Dawson, Erica D .; Townsend, Michael B .; Smagala, James A .; Moore, Čad L .; Smith, Catherine B .; Cox, Nancy J .; Kuchta, Robert D .; Rowlen, Kathy L. (2006). „Robustní metoda výběru sekvence použitá k vývoji diagnostické mikročipy FluChip pro virus chřipky“. Journal of Clinical Microbiology. 44 (8): 2857–2862. doi:10.1128 / JCM.00135-06. PMC  1594657. PMID  16891503.
  4. ^ Smagala, James A .; Dawson, Erica D .; Mehlmann, Martin; Townsend, Michael B .; Kuchta, Robert D .; Rowlen, Kathy L. (2005). „ConFind: robustní nástroj pro zachování identifikace sekvence“. Bioinformatika. 21 (24): 4420–4422. doi:10.1093 / bioinformatika / bti719. PMID  16239306.
  5. ^ Dawson, Erica D .; Moore, Čad L .; Smagala, James A .; Dankbar, Daniela M .; Mehlmann, Martin; Townsend, Michael B .; Smith, Catherine B .; Cox, Nancy J .; et al. (2006). „MChip: Nástroj pro sledování chřipky“. Analytická chemie. 78 (22): 7610–7615. doi:10.1021 / ac061739f. PMID  17105150.
  6. ^ Dawson, Erica D .; Moore, Čad L .; Dankbar, Daniela M .; Mehlmann, Martin; Townsend, Michael B .; Smagala, James A .; Smith, Catherine B .; Cox, Nancy J .; et al. (2007). "Identifikace chřipkových virů A / H5N1 zpívá Single Gene Diagnostic Microarray". Analytická chemie. 79 (1): 378–384. doi:10.1021 / ac061920o. PMID  17194164.
  7. ^ Mehlmann, Martin; Bonner, Aleta B .; Williams, John V .; Dankbar, Daniela M .; Moore, Čad L .; Kuchta, Robert D .; Podsiad, Amy B .; Tamerius, John D .; et al. (2007). „Srovnání MChip s virovou kulturou, reverzní transkripcí-PCR a testem QuickVue Influenza A + B pro rychlou diagnostiku chřipky“. Journal of Clinical Microbiology. 45 (4): 1234–1237. doi:10.1128 / JCM.02202-06. PMC  1865827. PMID  17301287.
  8. ^ Dawson, Erica D .; Rowlen, Kathy L. (únor 2010). FluChip: Robustní metoda výběru sekvence pro diagnostickou chřipkovou mikropolí. in Influenza: Molecular Virology, Wang, Q. and Tao, Y. J., eds. Norfolk, Velká Británie, Caister Academic Press. ISBN  978-1-904455-57-8.
  9. ^ Moore, Čad L .; Smagala, James A .; Smith, Catherine B .; Dawson, Erica D .; Cox, Nancy J .; Kuchta, Robert J .; Rowlen, Kathy L. (2007). „Hodnocení MChip s historickými podtypy virů chřipky A H1N1, včetně kmene„ španělské chřipky “z roku 1918. Journal of Clinical Microbiology. 45 (11): 3807–3810. doi:10.1128 / JCM.01089-07. PMC  2168478. PMID  17855577.
  10. ^ „Tisková zpráva 5. května 2009“.
  11. ^ „Tisková zpráva 28. dubna 2009“.

externí odkazy