Klub FK Vilnius jako subjekt byl založen v lednu 2019.[1] Klub vytvořil podnik s Baltijos Futbolo Akademija (BFA), které se účastnily Já Lyga. Společnost BFA úspěšně prošla licenčním procesem, aby získala rok 2019 Já Lyga licence. Po udělení licence BFA požádala o změnu názvu na FK Vilnius.[2] FK Vilnius hrají Já Lyga na základě licence BFA.
Na začátku 2020 LFF I Lyga sezóna Baltijos Futbolo Akademija a FK Vilnius se rozešli. Společnost BFA získala licenci Já Lyga, zatímco FK Vilnius se hodlá účastnit II Lyga. Majitelé klubu zůstávají ambiciózní a byla založena fotbalová akademie mládeže „Vilnius Kickers“.[3]
Ke dni 27. ledna 2020.[4]Poznámka: Vlajky označují národní tým podle definice v Pravidla způsobilosti FIFA. Hráči mohou být držiteli více než jedné národnosti jiné než FIFA.