Prvek RNA spojený s Eps - Eps-Associated RNA element
| element RNA asociovaný s eps | |
|---|---|
 Konsensuální sekundární struktura RNA elementů EAR | |
| Identifikátory | |
| Symbol | epsC motiv |
| Alt. Symboly | UCHO |
| Rfam | RF01735 |
| Další údaje | |
| RNA typ | Cis-regulační prvek |
| Domény | Bacillales |
| PDB struktur | PDBe |
The eps- Přidružený RNA prvek (UCHO; také zvaný epsC motiv) je konzervovaný motiv RNA spojený s exopolysacharid (eps) nebo kapsle biosyntéza geny v podmnožině bakterie zařazeny do objednat Bacillales.[1][2] To bylo původně objeveno v Bacillus subtilis, nacházející se mezi druhým a třetím genem v eps operon (tj. mezi epsB a epsC). Vymazání prvku EAR zhoršuje biofilm formace.[1]
Kombinace srovnávacích srovnání sekvencí a strukturálních dat sondování odhalily, že sekundární struktura EAR RNA se skládá z pěti šroubovicových segmentů (P1-P5) a pseudoknotu[1][2] (viz schéma). Obecně platí, že mutace, které narušují konzervované šroubovicové oblasti, vylučují tvorbu biofilmu pomocí B. subtiliszatímco mutace v nekonzervovaných variabilních oblastech nevykazují žádný takový účinek.[1] Sekundární struktura EAR tedy hraje důležitou roli pro její funkci in vivo.
Na přepis úroveň, narušení motivu EAR vede k významnému snížení exprese distálně lokalizovaného eps geny (epsF-O) bez ovlivnění proximálních genů (epsC-E).[1] V souladu s tímto pozorováním existuje několik možností vnitřní terminátor vlásenky byly nalezeny uvnitř epsF oblast kódování.[1] Prvek EAR divokého typu je schopen podporovat jejich transkripční čtení epsF terminátorové stránky. Naproti tomu mutační narušení EAR místo toho umožňuje ukončení na epsF terminátory.[1] Prvek EAR také podporuje čtení heterologních ukončovacích stránek. Z těchto údajů byla vyslovena hypotéza, že prvek EAR řídí eps výraz prostřednictvím procesivního antiterminace mechanismus k zajištění úplné syntézy 16 kilobase operon.[1] Procesní antiterminace, na rozdíl od útlum transkripce mechanismus obvykle používaný jinými cis působící regulační RNA, je proces, při kterém je komplex prodlužování transkripce pozměňován přídavnými faktory, aby se stal rezistentním vůči pauzovacím a terminačním signálům. EAR je zatím jediný procesní antiterminační systém specifický pro Grampozitivní bakterie. Další experimenty nedokázaly rekonstituovat mechanismus procesní antiterminace zprostředkované EAR in vitro nebo v Gramnegativní heterologní hostitel (E-coli ), což naznačuje, že další B. subtilis-v případě antiterminace EAR mohou být vyžadovány také specifické faktory.[1]
Reference
- ^ A b C d E F G h i Irnov I, Winkler WC (březen 2010). "Regulační RNA požadovaná pro antiterminaci biofilmu a kapsulárních polysacharidových operonů v Bacillales". Mol Microbiol. 76 (3): 559–575. doi:10.1111 / j.1365-2958.2010.07131.x. PMID 20374491.
- ^ A b Weinberg Z, Wang JX, Bogue J a kol. (Březen 2010). „Srovnávací genomika odhaluje 104 kandidátských strukturovaných RNA z bakterií, archea a jejich metagenomů“. Genome Biol. 11 (3): R31. doi:10.1186 / gb-2010-11-3-r31. PMC 2864571. PMID 20230605.