EggNOG (databáze) - EggNOG (database)

vaječný koňak
Database.png
Obsah
PopisDatabáze ortologních proteinů a funkčních anotací na několika taxonomických úrovních.
Kontakt
Výzkumné centrumEvropská laboratoř molekulární biologie
AutořiHuerta-Cepas a kol.
Primární citaceHuerta-Cepas a kol. (2015)[1]
Datum vydání2015
Přístup
webová stránkahttp://eggnogdb.embl.de

The databáze eggNOG je databáze biologických informací hostovaná EMBL. Je založen na původní myšlence COG (shluky ortologických skupin)[2][3] a rozšiřuje tuto myšlenku na bez dohledu ortologický skupiny vytvořené z mnoha organismů.[4] Databáze byla vytvořena v roce 2007[5] a aktualizováno na verzi 4.5 v roce 2015.[1] EggNOG znamená Edobrovolný Genealogie Genes: Npod dohledem Órtologický Groups.

Reference

  1. ^ A b Huerta-Cepas J, Szklarczyk D, Forslund K, Cook H, Heller D, Walter MC, Rattei T, Mende DR, Sunagawa S, Kuhn M, Jensen LJ, von Mering C, Bork P (2016). „eggNOG 4.5: hierarchický ortologický rámec se zlepšenými funkčními anotacemi pro eukaryotické, prokaryotické a virové sekvence“. Nucleic Acids Res. 44 (D1): D286–93. doi:10.1093 / nar / gkv1248. PMC  4702882. PMID  26582926.
  2. ^ Tatusov RL, Koonin EV, Lipman DJ (1997). „Genomický pohled na rodiny proteinů“. Věda. 278 (5338): 631–7. Bibcode:1997Sci ... 278..631T. doi:10.1126 / science.278.5338.631. PMID  9381173.
  3. ^ Tatusov RL, Galperin MY, Natale DA, Koonin EV (2000). „Databáze COG: nástroj pro analýzu funkcí a evoluce proteinů v měřítku genomu“. Nucleic Acids Res. 28 (1): 33–6. doi:10.1093 / nar / 28.1.33. PMC  102395. PMID  10592175.
  4. ^ Powell, Sean; Szklarczyk, Damian; Trachana, Kalliopi; Roth, Alexander; Kuhn, Michael; Muller, Jean; Arnold, Roland; Rattei, Thomas; Letunic, Ivica; Doerks, Tobias; Jensen, Lars J; von Mering, Christian; Bork Pee r (leden 2012). „eggNOG v3.0: ortologické skupiny pokrývající 1133 organismů ve 41 různých taxonomických rozsazích“. Výzkum nukleových kyselin. 40 (D1): D284 – D289. doi:10.1093 / nar / gkr1060. PMC  3245133. PMID  22096231.
  5. ^ Jensen LJ, Julien P, Kuhn M, von Mering C, Muller J, Doerks T, Bork P (2008). "eggNOG: automatizovaná konstrukce a anotace ortologických skupin genů". Nucleic Acids Res. 36 (Problém s databází): D250–4. doi:10,1093 / nar / gkm796. PMC  2238944. PMID  17942413.

externí odkazy