Zápletka se dvěma baterkami - Dual-flashlight plot

Graf se dvěma baterkami zobrazující vysoce výkonnou screeningovou datovou sadu.

Ve statistikách a zápletka se dvěma baterkami je typ bodového grafu, ve kterém je standardizovaný průměr kontrastní proměnné (SMCV ) je vynesen proti průměru a kontrastní proměnná představující srovnání zájmu.[1] Běžně používaný graf se dvěma baterkami je pro rozdíl mezi dvěma skupinami v experimentech s vysokou propustností, jako je mikročipy a vysoce výkonný screening studie, ve kterých zakreslíme SSMD versus průměrná změna skládání protokolu na y- a X-axes, respektive, pro všechny geny nebo sloučeniny (jako např siRNA nebo malé molekuly ) zkoumané v experimentu.[1] Jako celek body v grafu se dvěma baterkami vypadají jako paprsky baterky se dvěma hlavami, odtud název grafu se dvěma baterkami.[1]

Díky grafu se dvěma baterkami vidíme, jak jsou geny nebo sloučeniny distribuovány do každé kategorie ve velikostech efektů, jak je znázorněno na obrázku. Mezitím můžeme také vidět průměrnou násobnou změnu pro každý gen nebo sloučeninu. Pozemek se dvěma baterkami je podobný spiknutí sopky. V spiknutí sopky, p-hodnota (nebo q-hodnota[je zapotřebí objasnění ]), namísto SMCV nebo SSMD, je vyneseno proti průměrné změně složení [2].[3] Výhodou použití SMCV oproti hodnotě p (nebo hodnotě q) je to, že pokud existují nějaké nenulové skutečné účinky pro gen nebo sloučeninu, odhadovaná hodnota SMCV jde na hodnotu její populace, zatímco hodnota p (nebo q- hodnota) pro testování se žádný průměrný rozdíl (nebo nulový průměr kontrastu) nedostane na nulu, když se zvětší velikost vzorku.[4] Hodnota SMCV je tedy srovnatelná, zatímco hodnota p-hodnoty nebo q-hodnoty není srovnatelná v experimentech s různou velikostí vzorku, zvláště když mnoho zkoumaných genů nebo sloučenin nemá přesně nulové účinky. Záplet se dvěma baterkami má stejnou výhodu, jakou má SMCV, ve srovnání s spiknutí sopky.

Viz také

Další čtení

Reference

  1. ^ A b C Zhang XHD (2010). "Posouzení velikosti účinků genu nebo RNAi v multifaktorových vysoce výkonných experimentech". Farmakogenomika. 11 (2): 199–213. doi:10.2217 / PGS.09.136. PMID  20136359.
  2. ^ Jin W, Riley RM, Wolfinger RD, White KP, Passador-Gurgel G, Gibson G (2001). "Příspěvek pohlaví, genotypu a věku k transkripční variabilitě v Drosophila melanogaster". Genetika přírody. 29 (4): 389–95. doi:10.1038 / ng766. PMID  11726925. S2CID  16841881.
  3. ^ Cui X, Churchill GA (2003). "Statistické testy pro diferenciální expresi v cDNA microarray experimentech". Genome Biology. 4 (4): 210. doi:10.1186 / gb-2003-4-4-210. PMC  154570. PMID  12702200.
  4. ^ Zhang XHD (2010). "Přísně standardizovaný průměrný rozdíl, standardizovaný průměrný rozdíl a klasický t-test pro srovnání dvou skupin". Statistiky v biofarmaceutickém výzkumu. 2 (2): 292–99. doi:10.1198 / sbr.2009.0074. S2CID  119825625.