DNAnexus - DNAnexus

DNAnexus
Založený2009
produktycloudová analýza dat
webová stránkawww.dnanexus.com

DNAnexus je americká společnost, která poskytuje a cloudová data platforma pro analýzu a správu pro Data sekvence DNA. Je založen na Mountain View, Kalifornie, a byla založena v roce 2009 společností Stanfordská Univerzita profesoři Serafim Batzoglou a Arend Sidow a stanfordský počítačový vědec Andreas Sundquist.[1]

Dějiny

DNAnexus byl založen počátkem roku 2009 jako spin-off z Stanfordská Univerzita řešit potřebu výpočetní infrastruktury při sekvenční analýze DNA.[1]Společnost získala z financování rizikového kapitálu 1,55 milionu dolarů Kapitál prvního kola, K9 Ventures a SoftTech VC.[2]

V dubnu 2010 zahájila společnost DNAnexus svoji cloudovou sekvenční datovou službu.[1]

V srpnu 2011 společnost rozšířila proces náboru tím, že nabídla pobídku ve výši 20 000 USD plus celou sekvenci genomu zaměstnancům, kteří doporučili softwarový inženýr.[3][4][5]

V říjnu 2011 společnost DNAnexus oznámila, že získala 15 milionů dolarů Google Ventures, TPG Biotech, Kapitál prvního kola, SoftTech VC, K9 Ventures a Felicis Ventures.[6][7]

V roce 2012 byl CEO a spoluzakladatel DNAnexus Andreas Sundquist jmenován jedním z 10 nejlepších biotechnologií FierceBiotech.[8]

V říjnu 2013 společnost oznámila spolupráci s Centrem pro sekvenování lidského genomu v Baylor College of Medicine.[9] Prostřednictvím partnerství provedla společnost DNAnexus a vědci ze společnosti Baylor dosud největší cloudovou genomickou analýzu, při které bylo zpracováno 3 751 celých lidských genomů a 10 771 exomů.[10] Analýza byla provedena pomocí Webové služby Amazon infrastruktura a prováděna pro Kohorty pro výzkum srdce a stárnutí v genomové epidemiologii (CHARGE) konsorcium. Toto úsilí využilo 2,4 milionu jádrových hodin výpočetního času[11] a vygeneroval 430 terabajtů dat.[12]

Společnost oznámila v lednu 2014 sérii C rizikového financování ve výši 15 milionů USD.[13][14] Mezi investory patřili společnosti Claremont Creek Ventures, First Round Capital, Google Ventures a TPG Biotech.

Technologie

DNAnexus využívá cloudové výpočty od Amazon Web Services. Zákazníci společnosti DNAnexus používají tyto výpočetní prostředky ke spouštění analytických programů na datech sekvencí DNA ak ukládání těchto dat.[15] Produkt zahrnuje aplikace pro mapování čtení, RNA-seq, ChIP-seq a analýzu genomových variant.[16]

V říjnu 2011 následovaly zprávy, že Národní centrum pro biotechnologické informace by postupně zastavil financování svého archivu čtení sekvencí (SRA), společnost DNAnexus uvedla, že spolupracuje se službou Google Cloud Storage na hostování zrcadla databáze SRA. Systém SRA zahájila NCBI v roce 2007 ke shromažďování sekvenčních dat produkovaných sekvenčními nástroji nové generace.[17] Společnost DNAnexus vyvinula nové webové rozhraní pro SRA a spolupracovala se společností Google na hostování více než 350 terabajtů dat sekvencí DNA.[18] V červnu 2012 přestal DNAnexus hostovat data SRA poté, co NCBI oznámila, že bude pokračovat ve financování databáze.[17] Společnost nadále poskytuje rozhraní pro vyhledávání a procházení databáze SRA hostované NCBI.

V únoru 2012 společnost oznámila partnerství s Geisinger Health System a University of California, San Francisco, vyvinout technologii DNAnexus pro aplikaci v klinické medicíně.[19] V září 2013 společnost začala nabízet svou cloudovou platformu jako službu pro klinické testovací laboratoře pro analýzu dat sekvence DNA.[20]

V červnu 2013 zahájil DNAnexus program, který má vývojářům softwaru pomoci vytvářet aplikace, které lze na jeho platformě použít.[21]

Reference

  1. ^ A b C Karow, Julie. „Cílem společnosti DNAnexus je zmírnit bolesti hlavy sekvenční analýzy příští generace pomocí cloudové služby.“ V pořadí, 20. dubna 2010. http://www.genomeweb.com/sequencing/dnanexus-aims-alleviate-next-gen-sequence-analysis-headache-cloud-based-service
  2. ^ Ricketts, Camille. „DNAnexus získává 1,55 mil. USD za sekvenování DNA.“ VentureBeat, 3. srpna 2009. https://venturebeat.com/2009/08/03/dnanexus-raises-155m-for-dna-sequencing/
  3. ^ V Silicon Valley nastal opět boom - strana 2 - Los Angeles Times
  4. ^ Kompletní seznam doporučených postupů programu doporučování zaměstnanců (část 1 ze 2) - ERE.net
  5. ^ Zajímavý stimul pro doporučení Kariéra | GenomeWeb
  6. ^ Kincaid, Jasone. „DNAnexus zvyšuje 15 milionů dolarů, týmy se společností Google jsou hostitelem masivní databáze DNA.“ TechCrunch, 12. října 2011. https://techcrunch.com/2011/10/12/dnanexus-raises-15-million-teams-with-google-to-host-massive-dna-database/
  7. ^ Carrolle, Johne. „Google zasahuje do podpory nositele revoluce v genomice.“ FierceBiotech, 12. října 2011. http://www.fiercebiotech.com/story/google-steps-back-flag-bearer-genomics-revolution/2011-10-12
  8. ^ „Andreas Sundquist - Fierce's Top 10 Biotech Techies.“ FierceBiotech, březen 2012. http://www.fiercebiotechit.com/special-reports/fierce-s-top-10-biotech-techies/andreas-sundquist-fierces-top-10-biotech-techies
  9. ^ http://genengnews.com/gen-news-highlights/baylor-39-s-hgsc-dnanexus-amazon-team-up-in-cloud-based-analysis/81249025/?kwrd=dnanexus
  10. ^ Grens, Kerry. „Cloudová genomika.“ Vědec, 28. října 2013. http://www.the-scientist.com/?articles.view/articleNo/38044/title/Cloud-Based-Genomics/
  11. ^ Thomas, Uduak Grace. „Projekt DNANexus, Baylor ukazuje účinnost cloudu pro klinické studie výzkumu ve velkém měřítku.“ BioInform, 25. října 2013. http://www.genomeweb.com/informatics/dnanexus-baylor-project-shows-clouds-efficiency-large-scale-clinical-research-anal
  12. ^ Wheatley, Mike. „Uvnitř DNA Big Data: Budoucnost medicíny a skladování.“ Silicon Angle, 25. listopadu 2013. http://siliconangle.com/blog/2013/11/25/inside-the-dna-of-big-data-the-future-of-medicine-storage/
  13. ^ http://www.fiercebiotech.com/story/google-ventures-backs-dnanexuss-15m-round-rd-cloud-platform/2014-01-03
  14. ^ https://venturebeat.com/2014/01/03/dnanexus-builds-online-hub-for-scientists-to-store-and-share-genetic-data/
  15. ^ Harris, Derrick. „Velké investice ukazují slib velkých dat v biotechnologiích.“ GigaOm, 12. října 2011. http://gigaom.com/cloud/dnanexus-cloudant-biotech-deals/
  16. ^ Thomas, Uduaku. „DNAnexus přidává nástroj pro analýzu variant, připojuje se k partnerskému programu PacBio uprostřed rostoucího zájmu o cloud.“ BioInform, 4. února 2011. http://www.genomeweb.com/informatics/dnanexus-adds-variant-analysis-tool-joins-pacbio-partner-program-amid-mounting-i
  17. ^ A b Oznámení: Hlavní: Archiv čtení sekvence: NCBI / NLM / NIH Archivováno 8. února 2013, na Wayback Machine
  18. ^ „Společnost pomáhá vědcům rychleji rozluštit tajemství DNA pomocí cloudového úložiště Google.“ http://static.googleusercontent.com/external_content/untrusted_dlcp/www.google.com/en/us/enterprise/cloud/cases/pdf/dnanexus.pdf Archivováno 2012-05-25 na Wayback Machine
  19. ^ McBride, Ryane. „Společnost DNAnexus podporovaná společností Google Ventures uzavřela alianci, aby poskytla genomický software pro dokumenty.“ FierceBiotechIT, 14. února 2012. http://www.fiercebiotechit.com/story/google-ventures-backed-dnanexus-forms-alliance-provide-genomics-software-do/2012-02-14
  20. ^ Thomas, Uduak Grace. „DNANexus zjišťuje nové tržní příležitosti a spouští PaaS pro trh klinických testů.“ BioInform, 27. září 2013. http://www.genomeweb.com/informatics/sensing-new-market-opportunities-dnanexus-launches-paas-clinical-testing-market
  21. ^ http://www.genomeweb.com/informatics/downloads-and-upgrades-dnanexus-developer-program-active-infrastructure-hpc-life