DIALIGN-TX - DIALIGN-TX

tento článek potřebuje další citace pro ověření. Prosím pomozte vylepšit tento článek podle přidávání citací ke spolehlivým zdrojům. Zdroj bez zdroje může být napaden a odstraněn. Najít zdroje: „DIALIGN-TX“  – zprávy  · noviny  · knihy  · učenec  · JSTOR (Dubna 2008) (Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony)

DIALIGN-TX je vícenásobné zarovnání sekvence program napsaný Amarendranem R. Subramanianem a je podstatným vylepšením DIALIGN-T kombinací chamtivých a progresivních strategií zarovnání v novém algoritmu.

Originál DIALIGN-T je reimplementace programu vícenásobného vyrovnání DIALIGN. Díky několika vylepšením algoritmu vytváří výrazně lepší zarovnání na lokálně a globálně souvisejících sekvenčních sadách než předchozí verze DIALIGN. Stejně jako původní implementace programu však DIALIGN-T používá přímý chamtivý přístup k sestavení více zarovnání z místních párových sekvenčních podobností. Takové chamtivé přístupy mohou být citlivé na falešné náhodné podobnosti, a proto mohou vést k neoptimálním výsledkům. DIALIGN-TX je podstatné vylepšení DIALIGN-T, které kombinuje předchozí chamtivý algoritmus s přístupem progresivního zarovnávání.

Viz také

• DIALIGN-T
• Sekvenční zarovnávací software
• Clustal

Reference

• Subramanian AR, Kaufmann M, Morgenstern B. DIALIGN-TX: Chamtivé a progresivní přístupy pro segmentové vícenásobné seřazení sekvencí. Algoritmy pro molekulární biologii 2008, 3:6
• Subramanian AR, Weyer-Menkhoff J, Kaufmann M, Morgenstern B. DIALIGN-T: Vylepšený algoritmus pro seřazení více sekvencí na základě segmentů. BMC bioinformatika 2005, 6:66

externí odkazy

• Oficiální webové stránky