Spojený gen - Conjoined gene - Wikipedia

A spojený gen (CG) je definována jako gen, která vede k transkriptům kombinací alespoň části jednoho exonu z každého ze dvou nebo více odlišných známých (mateřských) genů, které leží na stejném chromozomu, jsou ve stejné orientaci a často (95%) se překládají nezávisle na různé proteiny . V některých případech jsou transkripty vytvořené CG přeloženy do formy chimérických nebo zcela nových proteinů.

CGDef 1.png
Obrázek 1: Kreslená reprezentace tvorby spojeného genu A-B z rodičovských genů A a B.

Několik alternativních jmen se používá k adresování spojených genů, včetně kombinovaného genu a komplexního genu,[1] fúzní gen, fúzní protein, přepis pro čtení, společně přepsané geny, přemostěné geny, překlenující geny, hybridní geny, přepisy překládající lokusy atd.

V současné době bylo v celém lidském genomu identifikováno 800 CG různými výzkumnými skupinami po celém světě, včetně Prakash et al.,[2] Akiva a kol.,[3] Parra a kol.,[4] Kim a kol.,[5] a v 1% lidského genomu v pilotním projektu ENCODE.[6] 36% všech těchto CG bylo možné validovat experimentálně pomocí RT-PCR a sekvenčních technik. Avšak pouze velmi omezený počet těchto CG se nachází ve veřejných zdrojích lidského genomu, jako je Databáze Entrez Gene, UCSC Genome Browser a Databáze anotací genomu obratlů (Vega). Bylo zjištěno, že více než 70% lidských spojených genů je konzervováno napříč jinými genomy obratlovců, přičemž obratlovci vyššího řádu vykazují větší ochranu, včetně nejbližšího předka člověka, šimpanze. Tvorba CG není omezena pouze na lidský genom, ale některé CG byly identifikovány také v jiných eukaryotických genomech, včetně myší a drosophil. Existuje několik webových zdrojů, které obsahují informace o některých CG kromě dalších fúzních genů, například ChimerDB a HYBRIDdb. Další databáze, Spojte se, je komplexní zdroj věnovaný pouze 800 spojeným genům identifikovaným v celém lidském genomu.

Viz také

Reference

  1. ^ Roginski a kol. (2004). „Lidský gen GRINL1A definuje komplexní transkripční jednotku, neobvyklou formu organizace genu u eukaryot“. Genomika. 84 (2): 265–276. doi:10.1016 / j.ygeno.2004.04.004. PMID  15233991.
  2. ^ Prakash T, Sharma VK, Adati N, Ozawa R, Kumar N a kol. (Říjen 2010). Michalak P (ed.). „Exprese spojených genů: Další mechanismus regulace genů u eukaryot“. PLOS ONE. 5 (10): e13284. doi:10.1371 / journal.pone.0013284. PMC  2953495. PMID  20967262.
  3. ^ Akiva P, Toporik A, Edelheit S a kol. (Leden 2006). "Fúze genů zprostředkovaná transkripcí v lidském genomu". Výzkum genomu. 16 (1): 30–6. doi:10,1101 / gr. 4137606. PMC  1356126. PMID  16344562.
  4. ^ Parra G, Reymond A, Dabbouseh N, et al. (Leden 2006). „Tandemový chimerismus jako prostředek ke zvýšení složitosti proteinů v lidském genomu“. Výzkum genomu. 16 (1): 37–44. doi:10,1101 / gr. 4145906. PMC  1356127. PMID  16344564.
  5. ^ Kim P, Yoon S, Kim N a kol. (Listopad 2009). „ChimerDB 2.0 - aktualizována znalostní databáze pro fúzní geny“. Výzkum nukleových kyselin. 38 (Problém s databází): D81 – D85. doi:10.1093 / nar / gkp982. PMC  2808913. PMID  19906715.
  6. ^ Denoeud F, Kapranov P, Ucla C a kol. (Červen 2007). „Prominentní využití distálních 5 'startovacích míst transkripce a objev velkého počtu dalších exonů v regionech ENCODE“. Výzkum genomu. 17 (6): 746–59. doi:10,1101 / gr. 5660607. PMC  1891335. PMID  17567994.