Databáze a zdroje kruhové RNA (circRNA) - Circular RNA (circRNA) databases and resources

v molekulární biologie, Kruhové RNA (circRNA) odkazují na třídu kruhová RNA molekuly nalezené ve všech královstvích života.[1][2][3] Studie z roku 2013 naznačují, že cirkRNA hrají v roce důležitou regulační roli miRNA aktivita. Vědci zjistili, že CDR1as circRNA působí jako miR-7 super houba který obsahuje přibližně 70 cílových míst ze stejného miR-7 ve stejném přepisu.[4][5] Další cirkusová specifická varlata, oblast určující pohlaví Y (Sry), byla také nalezena jako a miR-138 mycí houba.[6] Zmíněné příklady naznačují, že účinky houby miRNA dosažené tvorbou cirkRNA mohou být obecným jevem. Protože miR-7 moduluje expresi několika onkogenů, mohou interakce ciRS-7 / miR-7 hrát důležitou roli v drahách souvisejících s rakovinou.[7]

Tento Databáze a zdroje kruhové RNA (circRNA) je kompilací databáze a webové portály a servery používané pro circRNA.

názevPopistypOdkazReference
CircRNABaseCircRNABase je navržen pro dekódování miRNA-CircRNA interakčních sítí z tisíců CircRNA a 108 datových souborů CLIP-Seq (HITS-CLIP, PAR-CLIP, iCLIP, CLASH).databázewebová stránka[8]
CircBasecircBase prozkoumejte veřejné datové sady circRNA a stáhněte si vlastní pythonové skripty potřebné k objevení circRNA ve vašich vlastních (ribominus) datech RNA-seq.databázewebová stránka[9]
CircNetCircNet zaznamenává veřejné a nové cirRNA a domnělé interakce cirRNA-miRNA. Všechny informace jsou prezentovány v interaktivním uživatelském rozhraní a jsou k dispozici ke stažení.databázewebová stránka[10]
Circ2TraitsCirc2Traits je komplexní databáze kruhové RNA potenciálně spojené s onemocněním a rysy.databázedatabáze[11]
Gokool a kol. 2019Krajina exprese kruhové RNA v lidském mozkuzdrojzdroj[12]

Reference

  1. ^ Memczak, S; Jens, M; Elefsinioti, A; Torti, F; Krueger, J; Rybak, A; Maier, L; Mackowiak, SD; Gregersen, LH; Munschauer, M; Loewer, A; Ziebold, U; Landthaler, M; Kocks, C; le Noble, F; Rajewsky, N (21. března 2013). „Kruhové RNA jsou velkou třídou zvířecích RNA s regulační účinností“. Příroda. 495 (7441): 333–338. Bibcode:2013Natur.495..333M. doi:10.1038 / příroda 11928. PMID  23446348.
  2. ^ Hansen, TB; Jensen, TI; Clausen, BH; Bramsen, JB; Finsen, B; Damgaard, CK; Kjems, J (21. března 2013). "Přírodní RNA kruhy fungují jako účinné mikroRNA houby". Příroda. 495 (7441): 384–388. Bibcode:2013 Natur.495..384H. doi:10.1038 / příroda11993. PMID  23446346.
  3. ^ Kosik, KS (21. března 2013). „Molekulární biologie: Kruhy přetvářejí svět RNA“. Příroda. 495 (7441): 322–324. Bibcode:2013Natur.495..322K. doi:10.1038 / příroda11956. PMID  23446351.
  4. ^ Memczak, S; Jens, M; Elefsinioti, A; Torti, F; Krueger, J; Rybak, A; Maier, L; Mackowiak, SD; Gregersen, LH; Munschauer, M; Loewer, A; Ziebold, U; Landthaler, M; Kocks, C; le Noble, F; Rajewsky, N (21. března 2013). „Kruhové RNA jsou velkou třídou zvířecích RNA s regulační účinností“. Příroda. 495 (7441): 333–338. Bibcode:2013Natur.495..333M. doi:10.1038 / příroda 11928. PMID  23446348.
  5. ^ Hansen, TB; Jensen, TI; Clausen, BH; Bramsen, JB; Finsen, B; Damgaard, CK; Kjems, J (21. března 2013). "Přírodní RNA kruhy fungují jako účinné mikroRNA houby". Příroda. 495 (7441): 384–388. Bibcode:2013 Natur.495..384H. doi:10.1038 / příroda11993. PMID  23446346.
  6. ^ Hansen, TB; Jensen, TI; Clausen, BH; Bramsen, JB; Finsen, B; Damgaard, CK; Kjems, J (21. března 2013). "Přírodní RNA kruhy fungují jako účinné mikroRNA houby". Příroda. 495 (7441): 384–388. Bibcode:2013 Natur.495..384H. doi:10.1038 / příroda11993. PMID  23446346.
  7. ^ Hansen, TB; Kjems, J; Damgaard, CK (15. září 2013). „Kruhová RNA a miR-7 u rakoviny“. Výzkum rakoviny. 73 (18): 5609–5612. doi:10.1158 / 0008-5472.CAN-13-1568. PMID  24014594.
  8. ^ Li, JH; Liu, S; Zhou, H; Qu, LH; Yang, JH (1. ledna 2014). „starBase v2.0: dekódování miRNA-ceRNA, miRNA-ncRNA a protein-RNA interakčních sítí z rozsáhlých dat CLIP-Seq“. Výzkum nukleových kyselin. 42 (1): D92–7. doi:10.1093 / nar / gkt1248. PMC  3964941. PMID  24297251.
  9. ^ Memczak, S; Jens, M; Elefsinioti, A; Torti, F; Krueger, J; Rybak, A; Maier, L; Mackowiak, SD; Gregersen, LH; Munschauer, M; Loewer, A; Ziebold, U; Landthaler, M; Kocks, C; le Noble, F; Rajewsky, N (21. března 2013). „Kruhové RNA jsou velkou třídou zvířecích RNA s regulační účinností“. Příroda. 495 (7441): 333–338. Bibcode:2013Natur.495..333M. doi:10.1038 / příroda 11928. PMID  23446348.
  10. ^ Liu, Yu-Chen; Li, Jian-Rong; Sun, Chuan-Hu; Andrews, Erik; Chao, Rou-Fang; Lin, Feng-Mao; Weng, Shun-Long; Hsu, Sheng-Da; Huang, Chieh-Chen (01.01.2016). „CircNet: databáze kruhových RNA odvozených z dat sekvenování transkriptomů“. Výzkum nukleových kyselin. 44 (D1): D209–215. doi:10.1093 / nar / gkv940. ISSN  1362-4962. PMC  4702939. PMID  26450965.
  11. ^ Ghosal, S; Das, S; Sen, R; Basak, P; Chakrabarti, J (2013). „Circ2Traits: komplexní databáze kruhové RNA potenciálně spojené s onemocněním a rysy“. Frontiers in Genetics. 4: 283. doi:10.3389 / fgene.2013.00283. PMC  3857533. PMID  24339831.
  12. ^ Gokool, A; Anwar, F; Voineagu, I (2019). „Krajina exprese kruhové RNA v lidském mozku“. Biologická psychiatrie. doi:10.1016 / j.biopsych.2019.07.029. PMID  31570194.

Circbase.org originální papír [1]

externí odkazy

  1. ^ RNA. 2014 listopad; 20 (11): 1666-70. doi: 10,1261 / rna.043687.113. Epub 2014 Sep 18.circBase: databáze pro kruhové RNA. Glažar P1, Papavasileiou P1, Rajewsky N2.