BioFabric - BioFabric

BioFabric
VývojářiÚstav pro systémovou biologii
Stabilní uvolnění
1.0.0 / 27. července 2012
Operační systémJakékoli (Jáva -na základě)
LicenceLGPL
webová stránkaBioFabric home

BioFabric je otevřený zdroj softwarová aplikace pro kreslení grafu.[1][2][3] Prezentuje grafy jako diagram uzel-spoj, ale na rozdíl od jiných nástrojů pro kreslení grafů, které zobrazují uzly pomocí diskrétních symbolů, představuje uzly pomocí vodorovných čar.[4][5]

Odůvodnění

Tradiční metody spojování uzlů pro vizualizaci sítí se zhoršují, pokud jde o čitelnost při práci s velkými sítěmi, v důsledku šíření hraničních přechodů, které se pohrdavě nazývají „hairballs“.[6][7] BioFabric je jedním z řady alternativních přístupů určených výslovně k řešení tohoto problému škálovatelnosti,[6] zvolíte to tak, že zobrazíte uzly jako čáry na vodorovné ose, jeden na řádek; hrany jako čáry na svislé ose, jedna na sloup, končící na dvou řádcích přidružených k uzlům koncového bodu. Jako takové mají uzly a hrany každý svou vlastní dimenzi (na rozdíl od pouze hran s uzly, které jsou nedimenzionálními body). BioFabric využívá takto vytvořený další stupeň volnosti k umístění konců okrajů hran do skupin. Toto umístění může potenciálně nést sémantické informace, zatímco v grafice uzlů je umístění často libovolně generováno v rámci estetických omezení, například při silově řízeném kreslení grafu, a může mít za následek zjevně informativní artefakty.

Okraje jsou nakresleny (svisle) v tmavším odstínu než (vodorovné) uzly, což vytváří vizuální rozlišení. Další hrany zvětšují šířku grafu.

Oba konce odkazu jsou znázorněny jako čtverec, aby se posílil výše uvedený efekt i v malém měřítku. Směrované grafy také obsahují šipky.

Rozvoj

První verze 1.0.0 byla vydána v červenci 2012. Vývojové práce na BioFabricu pokračují. Implementace open source R byla vydána v roce 2013, RBioFabric,[8] pro použití s ​​balíčkem igraph,[9] a následně popsáno na weblogu projektu.[10]


Funkce

Vstup

  • Sítě lze importovat pomocí souborů SIF jako vstupu.

Související práce

Blakley a kol.[11] popsali, jak technika používaná společností BioFabric, kterou označují jako a kartografické znázornění, lze použít k porovnání sítí A a B srovnáním hran v (A ∖ B), (A ∩ B), a (B ∖ A), technika, která evokuje a Vennův diagram. Rossi a Magnani[12][13] se vyvinuly hodnocené sociogramy, což je prezentace podobná BioFabric, kde je řazení uzlů založeno na metrice hodnocení. Tento přístup přikládá délce hranových čar sémantický význam a lze jej použít k vizualizaci sortiment nebo disortativita sítě.

Reference

  1. ^ Longabaugh, William (2012), „Kombinace hairball s BioFabric: nový přístup k vizualizaci velkých sítí“ (PDF), BMC bioinformatika, 13: 275, doi:10.1186/1471-2105-13-275, PMC  3574047, PMID  23102059.
  2. ^ Andrews, Christopher (2014-04-15). „Middlebury College CS465 jaro 2014, přednáška 18: Hierarchie, grafy a sítě (ó můj), druhá část“ (PDF). Citováno 2016-01-07.
  3. ^ Kirk, Andy (19. 2. 2013). „To nejlepší z vizualizačního webu ... Leden 2013 - Vizualizace dat“. Archivovány od originál dne 11.02.2015. Citováno 2015-02-10.
  4. ^ Iliinsky, Noah (2013). „Hlubší příklady vizualizace“ (PDF). Archivovány od originál (PDF) dne 11.02.2015. Citováno 2015-02-10.
  5. ^ Jeffries, Tanya (06.02.2013). „BioFabric: česání linií z vlasových koulí!“. Citováno 2015-02-10.
  6. ^ A b Krzywinski, M .; Birol, I .; Jones, S. J .; Marra, M. A. (2011). „Grafy úlů - racionální přístup k vizualizaci sítí“. Briefings in Bioinformatics. 13 (5): 627–644. doi:10.1093 / bib / bbr069. ISSN  1467-5463. PMID  22155641.
  7. ^ Kosara, Robert (01.02.2012). „Graphs Beyond the Hairball“. Citováno 2015-02-10.
  8. ^ Longabaugh, William (01.07.2013). „GitHub: wjrl / RBioFabric“. Citováno 2015-03-07.
  9. ^ Základní tým igrafu. „balíček igraph R“. Citováno 2015-03-07. Nainstalujte a začněte používat balíček igraph R.
  10. ^ Longabaugh, William (01.07.2013). „Česání vlasů: červenec 2013“. Citováno 2015-03-07. Komentář k BioFabric (www.BioFabric.org), nový způsob vizualizace sítí.
  11. ^ Blakley, Bob; Blakley, GR; Blakley, Sean M (3. března 2014). „Jak kreslit grafy: Vidět a přepracovat velké sítě v oblasti bezpečnosti a biologie"". arXiv:1405.5523 [cs.HC ].
  12. ^ Rossi, Luca; Magnani, Matteo (2015), „Směrem k efektivní vizuální analýze v multiplexních a vícevrstvých sítích“, Chaos, solitony a fraktály, 72: 68–76, arXiv:1501.01666, Bibcode:2015 CSF .... 72 ... 68R, doi:10.1016 / j.chaos.2014.12.022.
  13. ^ Rossi, Luca; Magnani, Matteo (7. ledna 2015). "Směrem k efektivní vizuální analýze v multiplexních a vícevrstvých sítích". arXiv:1501.01666 [CSI ].

externí odkazy

Viz také