Doména použitelnosti - Applicability domain
| Tento článek má několik problémů. Prosím pomozte vylepši to nebo diskutovat o těchto problémech na internetu diskusní stránka. (Zjistěte, jak a kdy tyto zprávy ze šablony odebrat) | tento článek poskytuje nedostatečný kontext pro ty, kteří danému tématu nejsou obeznámeni. Prosím pomozte vylepšit článek podle poskytuje čtenáři více kontextu. (Listopad 2009) (Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony) |
(Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony) |
The doména použitelnosti (AD) společnosti a QSAR model je fyzikálně-chemický, strukturální nebo biologický prostor, znalosti nebo informace, na nichž byla vyvinuta cvičná sada modelu, a pro které lze použít předpovědi pro nové sloučeniny.
Účelem AD je uvést, zda jsou předpoklady modelu splněny a pro které chemikálie lze model spolehlivě použít. Obecně tomu tak je interpolace spíše než pro extrapolace. Doposud neexistuje jediný obecně přijímaný algoritmus pro stanovení AD: komplexní průzkum lze nalézt ve Zprávě a doporučeních ECVAM Workshopu 52.[1] Existuje poměrně systematický přístup k definování interpolačních oblastí.[2] Tento proces zahrnuje odstranění odlehlých hodnot a metodu distribuce hustoty pravděpodobnosti pomocí vzorkování váženého jádrem. Další široce používaný přístup ke strukturální AD regresních modelů QSAR je založen na páce vypočítané z diagonálních hodnot kloboukové matice modelování molekulárních deskriptorů.[3][4][5] Nedávná podrobná srovnávací studie několika algoritmů AD identifikovala standardní odchylku modelových předpovědí jako nejspolehlivější přístup.[6]K prozkoumání AD tréninkové sady chemických látek lze přímo analyzovat vlastnosti vícerozměrný deskriptorový prostor tréninkových sloučenin nebo více nepřímo přes vzdálenost (nebo podobnost) metriky. Při použití metrik vzdálenosti je třeba věnovat pozornost použití ortogonálního a významného vektorového prostoru. Toho lze dosáhnout různými způsoby a postupným výběrem funkcí analýza hlavních komponent.
Poznámky
- ^ Netzeva T, Worth A, Aldenberg T, Benigni R, Cronin M, Gramatica P, Jaworska J, Kahn S, Klopman G, Marchant C, Myatt G, Nikolova-Jeliazkova N, Patlewicz G, Perkins R, Roberts D, Schultz T, Stanton D, van de Sandt J, Tong W, Veith G, Yang C: Aktuální stav metod pro definování oblasti použitelnosti (kvantitativních) vztahů mezi strukturou a aktivitou. Altern Lab Anim 2005, 33: 1-19
- ^ Jaworska J, Nikolova-Jeliazkova N, Aldenberg T: Odhad domény použitelnosti QSAR projekcí prostoru deskriptoru cvičné sady: recenze. Altern Lab Anim 2005, 33 (5): 445-459
- ^ Atkinson AC, Plots, Transformations and Regression, Clarendon Press, Oxford, 1985, s. 282
- ^ Tropsha A, Gramatica P, Gombar VK, Důležitost být Earnest: Validace je absolutně nezbytná pro úspěšnou aplikaci a interpretaci modelů QSPR. QSAR Comb.Sci. 2003, 22: 69-77
- ^ Gramatica P, Principy validace modelů QSAR: interní a externí QSAR Comb.Sci. 2007, 26 (5): 694-701
- ^ Tetko IV, Sushko I, Pandey AK, Zhu H, Tropsha A, Papa E, Oberg T, Todeschini R, Fourches D, Varnek A. Kritické hodnocení modelů environmentální toxicity QSAR proti Tetrahymena pyriformis: zaměření na doménu použitelnosti a overfitting pomocí proměnné výběr. J Chem Inf Model. Září 2008; 48 (9): 1733-46.